test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.seqfetcher;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.List;
  27
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  29 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  30 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  31 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  32
  33 import org.junit.AfterClass;
  34 import org.junit.BeforeClass;
  35 import org.junit.Test;
  36
  37 /**
  38  * @author jimp
  39  *
  40  */
  41 public class DbRefFetcherTest
  42 {
  43
  44   /**
  45    * @throws java.lang.Exception
  46    */
  47   @BeforeClass
  48   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  49   {
  50   }
  51
  52   /**
  53    * @throws java.lang.Exception
  54    */
  55   @AfterClass
  56   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  57   {
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void testStandardProtDbs()
  62   {
  63     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  64     List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  65     for (String ddb : defdb)
  66     {
  67       SequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();
  68       List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  69
  70       if (srcesfordb != null)
  71       {
  72         srces.addAll(srcesfordb);
  73       }
  74     }
  75     DbSourceProxy uniprot = null;
  76     int i = 0;
  77     // append the selected sequence sources to the default dbs
  78     for (DbSourceProxy s : srces)
  79     {
  80       if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  81       {
  82         i++;
  83       }
  84
  85       if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  86       {
  87         uniprot = s;
  88         break;
  89       }
  90     }
  91
  92     assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "
  93             + srces.size() + " sources (source was at position " + i + ")",
  94             uniprot != null && i < 2);
  95   }
  96
  97 }