test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.seqfetcher;
   5
   6 import static org.junit.Assert.*;
   7
   8 import java.util.ArrayList;
   9 import java.util.List;
  10
  11 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  12 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  13 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  14 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  15
  16 import org.junit.AfterClass;
  17 import org.junit.BeforeClass;
  18 import org.junit.Test;
  19
  20 /**
  21  * @author jimp
  22  *
  23  */
  24 public class DbRefFetcherTest
  25 {
  26
  27   /**
  28    * @throws java.lang.Exception
  29    */
  30   @BeforeClass
  31   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  32   {
  33   }
  34
  35   /**
  36    * @throws java.lang.Exception
  37    */
  38   @AfterClass
  39   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  40   {
  41   }
  42
  43   @Test
  44   public void testStandardProtDbs()
  45   {
  46     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  47   List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  48   for (String ddb : defdb)
  49   {
  50     SequenceFetcher sfetcher= new SequenceFetcher();
  51     List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  52
  53     if (srcesfordb != null)
  54     {
  55       srces.addAll(srcesfordb);
  56     }
  57   }
  58   DbSourceProxy uniprot=null;
  59   int i=0;
  60   // append the selected sequence sources to the default dbs
  61   for (DbSourceProxy s:srces)
  62   {
  63     if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  64     {
  65       i++;
  66     }
  67
  68     if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  69     {
  70       uniprot = s;
  71       break;
  72     }
  73   }
  74
  75   assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "+srces.size()+" sources (source was at position "+i+")", uniprot!=null && i<2);
  76   }
  77
  78 }