test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.seqfetcher;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.List;
  27
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  29 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  30 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  31 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  32
  33 import org.junit.AfterClass;
  34 import org.junit.BeforeClass;
  35 import org.junit.Test;
  36
  37 /**
  38  * @author jimp
  39  *
  40  */
  41 public class DbRefFetcherTest
  42 {
  43
  44   /**
  45    * @throws java.lang.Exception
  46    */
  47   @BeforeClass
  48   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  49   {
  50   }
  51
  52   /**
  53    * @throws java.lang.Exception
  54    */
  55   @AfterClass
  56   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  57   {
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void testStandardProtDbs()
  62   {
  63     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  64   List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  65   for (String ddb : defdb)
  66   {
  67     SequenceFetcher sfetcher= new SequenceFetcher();
  68     List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  69
  70     if (srcesfordb != null)
  71     {
  72       srces.addAll(srcesfordb);
  73     }
  74   }
  75   DbSourceProxy uniprot=null;
  76   int i=0;
  77   // append the selected sequence sources to the default dbs
  78   for (DbSourceProxy s:srces)
  79   {
  80     if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  81     {
  82       i++;
  83     }
  84
  85     if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  86     {
  87       uniprot = s;
  88       break;
  89     }
  90   }
  91
  92   assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "+srces.size()+" sources (source was at position "+i+")", uniprot!=null && i<2);
  93   }
  94
  95 }