test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.ws.seqfetcher;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  28 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  29 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  30
  31 import org.junit.AfterClass;
  32 import org.junit.BeforeClass;
  33 import org.junit.Test;
  34
  35 /**
  36  * @author jimp
  37  *
  38  */
  39 public class DbRefFetcherTest
  40 {
  41
  42   /**
  43    * @throws java.lang.Exception
  44    */
  45   @BeforeClass
  46   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  47   {
  48   }
  49
  50   /**
  51    * @throws java.lang.Exception
  52    */
  53   @AfterClass
  54   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  55   {
  56   }
  57
  58   @Test
  59   public void testStandardProtDbs()
  60   {
  61     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  62   List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  63   for (String ddb : defdb)
  64   {
  65     SequenceFetcher sfetcher= new SequenceFetcher();
  66     List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  67
  68     if (srcesfordb != null)
  69     {
  70       srces.addAll(srcesfordb);
  71     }
  72   }
  73   DbSourceProxy uniprot=null;
  74   int i=0;
  75   // append the selected sequence sources to the default dbs
  76   for (DbSourceProxy s:srces)
  77   {
  78     if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  79     {
  80       i++;
  81     }
  82
  83     if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  84     {
  85       uniprot = s;
  86       break;
  87     }
  88   }
  89
  90   assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "+srces.size()+" sources (source was at position "+i+")", uniprot!=null && i<2);
  91   }
  92
  93 }