test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.seqfetcher;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.analysis.CrossRef;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  30 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  31 import jalview.util.DBRefUtils;
  32 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  33
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.testng.annotations.AfterClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 /**
  42  * @author jimp
  43  *
  44  */
  45 public class DbRefFetcherTest
  46 {
  47
  48   /**
  49    * @throws java.lang.Exception
  50    */
  51   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  52   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  53   {
  54     jalview.bin.Cache.initLogger();
  55   }
  56
  57   /**
  58    * @throws java.lang.Exception
  59    */
  60   @AfterClass
  61   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  62   {
  63   }
  64
  65   @Test(groups ={ "Functional" })
  66   public void testStandardProtDbs()
  67   {
  68     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  69     List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  70     for (String ddb : defdb)
  71     {
  72       SequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();
  73       List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  74
  75       if (srcesfordb != null)
  76       {
  77         srces.addAll(srcesfordb);
  78       }
  79     }
  80     DbSourceProxy uniprot = null;
  81     int i = 0;
  82     // append the selected sequence sources to the default dbs
  83     for (DbSourceProxy s : srces)
  84     {
  85       if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  86       {
  87         i++;
  88       }
  89
  90       if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  91       {
  92         uniprot = s;
  93         break;
  94       }
  95     }
  96
  97     assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "
  98             + srces.size() + " sources (source was at position " + i + ")",
  99             uniprot != null && i < 2);
 100   }
 101
 102   @Test(groups =
 103   { "External" })
 104   public void testEmblUniprotProductRecovery() throws Exception
 105   {
 106     String retrievalId = "CAA23748"; // "V00488";
 107     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(DBRefSource.EMBL).get(0);
 108     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 109     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 110   }
 111
 112   @Test(groups =
 113   { "External" })
 114   public void testEmblCDSUniprotProductRecovery() throws Exception
 115   {
 116     String retrievalId = "AAH29712";
 117     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(
 118             DBRefSource.EMBLCDS).get(0);
 119     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 120     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 121   }
 122
 123   private void verifyProteinNucleotideXref(String retrievalId,
 124           DbSourceProxy embl) throws Exception
 125   {
 126     AlignmentI alsq = embl.getSequenceRecords(retrievalId);
 127     assertNotNull("Couldn't find the EMBL record " + retrievalId, alsq);
 128     assertEquals("Didn't retrieve right number of records", 1, alsq.getHeight());
 129     DBRefEntry[] dr = DBRefUtils.selectRefs(alsq.getSequenceAt(0).getDBRef(), DBRefSource.PROTEINSEQ);
 130     assertNotNull(dr);
 131     assertEquals("Expected a single Uniprot cross reference", 1, dr.length);
 132     assertEquals("Expected cross refernce map to be one amino acid", dr[0]
 133             .getMap().getMappedWidth(), 1);
 134     assertEquals("Expected local refernce map to be 3 nucleotides", dr[0]
 135             .getMap().getWidth(), 3);
 136     AlignmentI sprods = CrossRef.findXrefSequences(alsq.getSequencesArray(), true, dr[0].getSource(), alsq.getDataset());
 137     assertNotNull(
 138             "Couldn't recover cross reference sequence from dataset. Was it ever added ?",
 139             sprods);
 140
 141
 142   }
 143 }