test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.seqfetcher;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.analysis.CrossRef;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  30 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  31 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.util.DBRefUtils;
  35 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  36
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.List;
  39
  40 import org.testng.annotations.AfterClass;
  41 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 /**
  45  * @author jimp
  46  *
  47  */
  48 public class DbRefFetcherTest
  49 {
  50
  51   /**
  52    * @throws java.lang.Exception
  53    */
  54   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  55   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  56   {
  57     jalview.bin.Cache.initLogger();
  58   }
  59
  60   /**
  61    * @throws java.lang.Exception
  62    */
  63   @AfterClass
  64   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  65   {
  66   }
  67
  68   /**
  69    * Tests that standard protein database sources include Uniprot (as the first)
  70    * and also PDB. (Additional sources are dependent on available of DAS
  71    * services.)
  72    */
  73   @Test(groups = { "Functional" })
  74   public void testStandardProtDbs()
  75   {
  76     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  77     List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  78     for (String ddb : defdb)
  79     {
  80       SequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();
  81       List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  82
  83       if (srcesfordb != null)
  84       {
  85         srces.addAll(srcesfordb);
  86       }
  87     }
  88
  89     int i = 0;
  90     int uniprotPos = -1;
  91     int pdbPos = -1;
  92     // append the selected sequence sources to the default dbs
  93     for (DbSourceProxy s : srces)
  94     {
  95       if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  96       {
  97         uniprotPos = i;
  98       }
  99       if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Pdb)
 100       {
 101         pdbPos = i;
 102       }
 103       i++;
 104     }
 105
 106     assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "
 107             + srces.size() + " sources (source was at position "
 108             + uniprotPos + ")", uniprotPos == 0);
 109     assertTrue("Failed to find PDB source amongst " + srces.size()
 110             + " sources", pdbPos >= 0);
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Tests retrieval of one entry from EMBL. Test is dependent on availability
 115    * of network and the EMBL service.
 116    *
 117    * @throws Exception
 118    */
 119   @Test(groups = { "External" })
 120   public void testEmblUniprotProductRecovery() throws Exception
 121   {
 122     String retrievalId = "V00488";
 123     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(
 124             DBRefSource.EMBL).get(0);
 125     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 126     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Tests retrieval of one entry from EMBLCDS. Test is dependent on
 131    * availability of network and the EMBLCDS service.
 132    *
 133    * @throws Exception
 134    */
 135   @Test(groups = { "External" })
 136   public void testEmblCDSUniprotProductRecovery() throws Exception
 137   {
 138     String retrievalId = "AAH29712";
 139     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(
 140             DBRefSource.EMBLCDS).get(0);
 141     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 142     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Helper method to perform database retrieval and verification of results.
 147    *
 148    * @param retrievalId
 149    * @param embl
 150    * @throws Exception
 151    */
 152   private void verifyProteinNucleotideXref(String retrievalId,
 153           DbSourceProxy embl) throws Exception
 154   {
 155     AlignmentI alsq = embl.getSequenceRecords(retrievalId);
 156     assertNotNull("Couldn't find the EMBL record " + retrievalId, alsq);
 157     assertEquals("Didn't retrieve right number of records", 1,
 158             alsq.getHeight());
 159     SequenceI seq = alsq.getSequenceAt(0);
 160     assertEquals("Wrong sequence name", embl.getDbSource() + "|"
 161             + retrievalId, seq.getName());
 162     SequenceFeature[] sfs = seq.getSequenceFeatures();
 163     assertNotNull("Sequence features missing", sfs);
 164     assertTrue(
 165             "Feature not CDS",
 166             FeatureProperties.isCodingFeature(embl.getDbSource(),
 167                     sfs[0].getType()));
 168     assertEquals(embl.getDbSource(), sfs[0].getFeatureGroup());
 169     DBRefEntry[] dr = DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(),
 170             DBRefSource.PROTEINSEQ);
 171     assertNotNull(dr);
 172     assertEquals("Expected a single Uniprot cross reference", 1, dr.length);
 173     assertEquals("Expected cross reference map to be one amino acid", dr[0]
 174             .getMap().getMappedWidth(), 1);
 175     assertEquals("Expected local reference map to be 3 nucleotides", dr[0]
 176             .getMap().getWidth(), 3);
 177     AlignmentI sprods = CrossRef.findXrefSequences(
 178             alsq.getSequencesArray(), true, dr[0].getSource(),
 179             alsq.getDataset());
 180     assertNotNull(
 181             "Couldn't recover cross reference sequence from dataset. Was it ever added ?",
 182             sprods);
 183     assertEquals("Didn't xref right number of records", 1,
 184             sprods.getHeight());
 185     SequenceI proteinSeq = sprods.getSequenceAt(0);
 186     assertEquals(proteinSeq.getSequenceAsString(), dr[0].getMap().getTo()
 187             .getSequenceAsString());
 188     assertEquals(dr[0].getSource() + "|" + dr[0].getAccessionId(),
 189             proteinSeq.getName());
 190   }
 191 }