test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.seqfetcher;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26 import org.testng.annotations.AfterClass;
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import jalview.analysis.CrossRef;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.util.DBRefUtils;
  37 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  38
  39 /**
  40  * @author jimp
  41  *
  42  */
  43 public class DbRefFetcherTest
  44 {
  45
  46   /**
  47    * @throws java.lang.Exception
  48    */
  49   @BeforeClass
  50   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  51   {
  52     jalview.bin.Cache.initLogger();
  53   }
  54
  55   /**
  56    * @throws java.lang.Exception
  57    */
  58   @AfterClass
  59   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  60   {
  61   }
  62
  63   @Test
  64   public void testStandardProtDbs()
  65   {
  66     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  67     List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  68     for (String ddb : defdb)
  69     {
  70       SequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();
  71       List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  72
  73       if (srcesfordb != null)
  74       {
  75         srces.addAll(srcesfordb);
  76       }
  77     }
  78     DbSourceProxy uniprot = null;
  79     int i = 0;
  80     // append the selected sequence sources to the default dbs
  81     for (DbSourceProxy s : srces)
  82     {
  83       if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  84       {
  85         i++;
  86       }
  87
  88       if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  89       {
  90         uniprot = s;
  91         break;
  92       }
  93     }
  94
  95     assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "
  96             + srces.size() + " sources (source was at position " + i + ")",
  97             uniprot != null && i < 2);
  98   }
  99
 100   @Test
 101   public void testEmblUniprotProductRecovery() throws Exception
 102   {
 103     String retrievalId = "CAA23748"; // "V00488";
 104     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(DBRefSource.EMBL).get(0);
 105     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 106     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 107   }
 108
 109   @Test
 110   public void testEmblCDSUniprotProductRecovery() throws Exception
 111   {
 112     String retrievalId = "AAH29712";
 113     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(
 114             DBRefSource.EMBLCDS).get(0);
 115     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 116     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 117   }
 118
 119   private void verifyProteinNucleotideXref(String retrievalId,
 120           DbSourceProxy embl) throws Exception
 121   {
 122     AlignmentI alsq = embl.getSequenceRecords(retrievalId);
 123     assertNotNull("Couldn't find the EMBL record " + retrievalId, alsq);
 124     assertEquals("Didn't retrieve right number of records", 1, alsq.getHeight());
 125     DBRefEntry[] dr = DBRefUtils.selectRefs(alsq.getSequenceAt(0).getDBRef(), DBRefSource.PROTEINSEQ);
 126     assertNotNull(dr);
 127     assertEquals("Expected a single Uniprot cross reference", 1, dr.length);
 128     assertEquals("Expected cross refernce map to be one amino acid", dr[0]
 129             .getMap().getMappedWidth(), 1);
 130     assertEquals("Expected local refernce map to be 3 nucleotides", dr[0]
 131             .getMap().getWidth(), 3);
 132     AlignmentI sprods = CrossRef.findXrefSequences(alsq.getSequencesArray(), true, dr[0].getSource(), alsq.getDataset());
 133     assertNotNull(
 134             "Couldn't recover cross reference sequence from dataset. Was it ever added ?",
 135             sprods);
 136
 137
 138   }
 139 }