test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.DBRefEntryI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureMappingClient.StructureMappingException;
  36 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  37
  38 import java.io.File;
  39 import java.io.IOException;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Arrays;
  42 import java.util.HashMap;
  43 import java.util.Iterator;
  44 import java.util.Map;
  45
  46 import org.testng.Assert;
  47 import org.testng.FileAssert;
  48 import org.testng.annotations.AfterTest;
  49 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  50 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  51 import org.testng.annotations.Test;
  52
  53 import MCview.Atom;
  54 import MCview.PDBfile;
  55
  56 public class SiftsClientTest
  57 {
  58
  59   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  60   public void setUpJvOptionPane()
  61   {
  62     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  63     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  64   }
  65
  66   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  67           .getProperty("user.home")
  68           + File.separatorChar
  69           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  70
  71   private String testPDBId = "1a70";
  72
  73   private SiftsClient siftsClient = null;
  74
  75   SequenceI testSeq = new Sequence(
  76           "P00221",
  77           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  78                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  79                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.", 1, 147);
  80
  81   int u = SiftsClient.UNASSIGNED;
  82
  83   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  84
  85   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  86   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  87   {
  88     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2 });
  89     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7 });
  90     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12 });
  91     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24 });
  92     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33 });
  93     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40 });
  94     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47 });
  95     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55 });
  96     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62 });
  97     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69 });
  98     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76 });
  99     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83 });
 100     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87 });
 101     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95 });
 102     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102 });
 103     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111 });
 104     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122 });
 105     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131 });
 106     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137 });
 107     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144 });
 108     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152 });
 109     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160 });
 110     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167 });
 111     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179 });
 112     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187 });
 113     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195 });
 114     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203 });
 115     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208 });
 116     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213 });
 117     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222 });
 118     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231 });
 119     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240 });
 120     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244 });
 121     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252 });
 122     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260 });
 123     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268 });
 124     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275 });
 125     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287 });
 126     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293 });
 127     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299 });
 128     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310 });
 129     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315 });
 130     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319 });
 131     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325 });
 132     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331 });
 133     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337 });
 134     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343 });
 135     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349 });
 136     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354 });
 137     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358 });
 138     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367 });
 139     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375 });
 140     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384 });
 141     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391 });
 142     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395 });
 143     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401 });
 144     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409 });
 145     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417 });
 146     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426 });
 147     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434 });
 148     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442 });
 149     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451 });
 150     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457 });
 151     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468 });
 152     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476 });
 153     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484 });
 154     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492 });
 155     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500 });
 156     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509 });
 157     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517 });
 158     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525 });
 159     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534 });
 160     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538 });
 161     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552 });
 162     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559 });
 163     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567 });
 164     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574 });
 165     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580 });
 166     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585 });
 167     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590 });
 168     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602 });
 169     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609 });
 170     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616 });
 171     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622 });
 172     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630 });
 173     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637 });
 174     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644 });
 175     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652 });
 176     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661 });
 177     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668 });
 178     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678 });
 179     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687 });
 180     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696 });
 181     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705 });
 182     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714 });
 183     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722 });
 184     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729 });
 185   }
 186
 187   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 188   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException, IOException
 189   {
 190     // read test props before manipulating config
 191     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 192     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 193     // test reproducibility
 194     new SiftsSettings();
 195     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 196             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 197     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 198     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 199     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 200     PDBfile pdbFile;
 201     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/"
 202             + testPDBId + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 203     siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 204   }
 205
 206   @AfterTest(alwaysRun = true)
 207   public void cleanUpSiftsClient()
 208   {
 209     siftsClient = null;
 210   }
 211
 212   @Test(groups = { "Network" })
 213   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException, IOException
 214   {
 215     File siftsFile;
 216     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 217     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 218     long t1 = siftsFile.lastModified();
 219
 220     // re-read file should be returned from cache
 221     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 222     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 223     long t2 = siftsFile.lastModified();
 224     assertEquals(t1, t2);
 225
 226     /*
 227      * force fetch by having 0 expiry of cache
 228      * also wait one second, because file timestamp does not
 229      * give millisecond resolution :-(
 230      */
 231     synchronized (this)
 232     {
 233       try
 234       {
 235         wait(1000);
 236       } catch (InterruptedException e)
 237       {
 238       }
 239     }
 240     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 241     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 242     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 243     long t3 = siftsFile.lastModified();
 244     assertTrue(t3 > t2, "file timestamp unchanged at " + t3);
 245
 246     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 247   }
 248
 249   @Test(groups = { "Network" })
 250   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException, IOException
 251   {
 252     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 253     // is deleted
 254     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 255     File siftsFile;
 256     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 257     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 258     SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 259   }
 260
 261   @Test(groups = { "Network" })
 262   public void getAllMappingAccessionTest()
 263   {
 264     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 265     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 266     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 267   }
 268
 269   @Test(groups = { "Network" })
 270   public void getGreedyMappingTest()
 271   {
 272     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 273     Assert.assertNotNull(testSeq);
 274     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 275
 276     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 277     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 278     testSeq.addDBRef(dbRef);
 279     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 280
 281     try
 282     {
 283       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient.getGreedyMapping(
 284               "A", testSeq, null);
 285       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 286       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 287 <<<<<<< HEAD
 288       // Can't do Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 289       // because this fails in our version of TestNG
 290       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 291       Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 292               .iterator();
 293       while (it.hasNext())
 294       {
 295         Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 296         Assert.assertTrue(actualMapping.containsKey(pair.getKey()));
 297         Assert.assertEquals(actualMapping.get(pair.getKey()),
 298                 pair.getValue());
 299       }
 300
 301 =======
 302       // Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 303       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 304       // Test key set
 305       Assert.assertEquals(actualMapping.keySet(), expectedMapping.keySet());
 306       // Test entry set
 307       for (int key : expectedMapping.keySet())
 308       {
 309         Assert.assertTrue(Arrays.equals(expectedMapping.get(key),
 310                 actualMapping.get(key)));
 311       }
 312 >>>>>>> f80180a53bf16dc72ecdd4ace0f70c83cb0d274a
 313     } catch (Exception e)
 314     {
 315       e.printStackTrace();
 316       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 317     }
 318   }
 319
 320   @Test(groups = { "Network" })
 321   private void getAtomIndexTest()
 322   {
 323     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 324     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 325     atom.resNumber = 43;
 326     atom.atomIndex = 7;
 327     atoms.add(atom);
 328     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 329     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, -1);
 330     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 331     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 332   }
 333
 334   @Test(
 335     groups = { "Network" },
 336     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 337   private void getAtomIndexNullTest()
 338   {
 339     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 340   }
 341
 342   @Test(groups = { "Network" })
 343   private void padWithGapsTest()
 344   {
 345
 346   }
 347
 348   @Test(
 349 groups = { "Network" },
 350     expectedExceptions = StructureMappingException.class)
 351   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 352           throws IllegalArgumentException, StructureMappingException
 353   {
 354     siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 355   }
 356
 357   @Test(
 358 groups = { "Network" },
 359     expectedExceptions = StructureMappingException.class)
 360   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 361           throws IllegalArgumentException, StructureMappingException
 362   {
 363     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 364   }
 365
 366   @Test(groups = { "Network" })
 367   public void getValidSourceDBRefTest() throws SiftsException
 368   {
 369     DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 370             .getValidSourceDBRef(testSeq);
 371     DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 372     expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 373     expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 374     expectedDBRef.setVersion("");
 375     Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 376   }
 377
 378   @Test(
 379 groups = { "Network" },
 380     expectedExceptions = SiftsException.class)
 381   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 382   {
 383     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 384     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 385   }
 386
 387   @Test(
 388 groups = { "Network" },
 389     expectedExceptions = SiftsException.class)
 390   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 391   {
 392     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 393     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 394     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR");
 395     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 396     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 397   }
 398
 399   @Test(groups = { "Network" })
 400   public void isValidDBRefEntryTest()
 401   {
 402     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 403     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 404     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 405     validDBRef.setVersion("");
 406     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 407   }
 408
 409   @Test(groups = { "Network" })
 410   public void getSiftsStructureMappingTest()
 411           throws StructureMappingException, Exception
 412   {
 413     Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 414     StructureMapping strucMapping = siftsClient.getStructureMapping(
 415             testSeq, testPDBId, "A");
 416     String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 417             + "Method: SIFTS\n\n"
 418             + "P00221 :  51 - 147 Maps to \n"
 419             + "1A70|A :  1 - 97\n\n"
 420             + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 421             + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 422             + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 423
 424             + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 425             + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 426             + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 427
 428             "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 429
 430     Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 431             expectedMappingOutput);
 432
 433 <<<<<<< HEAD
 434     // Can't do Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 435     // because this fails in our version of TestNG
 436     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().size(),
 437             expectedMapping.size());
 438     Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 439             .iterator();
 440     while (it.hasNext())
 441     {
 442       Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 443       Assert.assertTrue(strucMapping.getMapping()
 444               .containsKey(pair.getKey()));
 445       Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().get(pair.getKey()),
 446               pair.getValue());
 447 =======
 448     // Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 449     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().size(),
 450             expectedMapping.size());
 451     // Test key set
 452     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().keySet(),
 453             expectedMapping.keySet());
 454     // Test entry set
 455     for (int key : expectedMapping.keySet())
 456     {
 457       Assert.assertTrue(Arrays.equals(expectedMapping.get(key),
 458               strucMapping.getMapping().get(key)));
 459 >>>>>>> f80180a53bf16dc72ecdd4ace0f70c83cb0d274a
 460     }
 461   }
 462
 463   @Test(groups = { "Network" })
 464   public void getEntityCountTest()
 465   {
 466     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 467     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 468     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 469   }
 470
 471   @Test(groups = { "Network" })
 472   public void getDbAccessionIdTest()
 473   {
 474     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 475     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 476     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 477   }
 478
 479   @Test(groups = { "Network" })
 480   public void getDbCoordSysTest()
 481   {
 482     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 483     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 484     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 485   }
 486
 487   @Test(groups = { "Network" })
 488   public void getDbSourceTest()
 489   {
 490     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 491     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 492     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 493   }
 494
 495   @Test(groups = { "Network" })
 496   public void getDbVersionTest()
 497   {
 498     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 499     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 500     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 501   }
 502
 503   @Test(groups = { "Network" })
 504   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest1() throws IOException,
 505           SiftsException
 506   {
 507     SiftsClient siftsClientX = null;
 508     PDBfile pdbFile;
 509     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/2nq2"
 510             + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 511     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 512     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 513     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 514     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 515     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 516     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 517     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 518     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 519     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 520
 521   }
 522
 523   @Test(groups = { "Network" })
 524   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest2() throws IOException,
 525           SiftsException
 526   {
 527     // This test is for a SIFTS file in which entity A should map to chain P for
 528     // the given PDB Id. All the other chains shouldn't be mapped as there are
 529     // no SIFTS entity records for them.
 530     SiftsClient siftsClientX = null;
 531     PDBfile pdbFile;
 532     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/3ucu.cif",
 533             DataSourceType.FILE);
 534     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 535     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("P");
 536     Entity entityP = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 537     Entity entityR = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("R");
 538     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 539     Assert.assertNotEquals(entityR, "A");
 540     Assert.assertNotEquals(entityP, "A");
 541     Assert.assertNotEquals(entityR, "R");
 542     Assert.assertNotEquals(entityP, "P");
 543     Assert.assertNull(entityR);
 544     Assert.assertNull(entityP);
 545
 546   }
 547 }