Merge branch 'bug/JAL-3806_mappingCoversSequence' into releases/Release_2_11_1_Branch
[jalview.git] / utils / debian / debian / wrappers / jalview
1 #!/usr/bin/env bash
2 set -e
3 ARG1=$1
4
5 # copy the debian default settings if no user jalview settings file exist
6 if [ -n "${HOME}" -a \! -e ${HOME}/.jalview_properties ]; then
7   /bin/cp /etc/jalview_properties ${HOME}/.jalview_properties
8 fi
9
10 # check to see if $1 is set and is not start of other cli set args
11 OPEN=""
12 if [ -n "$ARG1" -a "$ARG1" = "${ARG1#-}" ]; then
13   # first argument exists and does not start with a "-"
14   OPEN="-open"
15 fi
16   
17 java -jar /usr/share/java/jalview.jar $OPEN "$@"