utils/getdown/bin/jalview.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 declare -a ARGS=("${@}")
   4 ARG1=$1
   5
   6 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   7 function readlinkf() {
   8   FINDFILE="$1"
   9   FILE="${FINDFILE}"
  10   PREVFILE=""
  11   C=0
  12   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  13   FOUND=0
  14   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  15     PREVFILE="${FILE}"
  16     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  17     if [ -z "${FILE}" ]; then
  18       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  19       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  20       FOUND=1
  21     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  22       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  23       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  24     fi
  25     C=$((C+1))
  26   done
  27   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  28     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  29     exit 1
  30   fi
  31   echo "${FILE}"
  32 }
  33
  34 ISMACOS=0
  35 if [ "$( uname -s )" = "Darwin" ]; then
  36   ISMACOS=1
  37 fi
  38
  39 # check for headless mode
  40 HEADLESS=0
  41 GUI=0
  42 HELP=0
  43 DEBUG=0
  44 for ARG in "${@}"; do
  45   case "${ARG}" in
  46     "--headless")
  47       HEADLESS=1
  48       ;;
  49     "--help")
  50       HELP=1
  51       ;;
  52     --help-*)
  53       HELP=1
  54       ;;
  55     "--gui")
  56       GUI=1
  57       ;;
  58     "--debug")
  59       DEBUG=1
  60       ;;
  61   esac
  62
  63   if [ "${HELP}" = 1 ]; then
  64     # --help takes precedence
  65     HEADLESS=1
  66     GUI=0
  67   elif [ "${GUI}" = 1 ]; then
  68     # --gui takes precedence over --headless
  69     HEADLESS=0
  70   fi
  71 done
  72
  73 declare -a JVMARGS=()
  74
  75 # set vars for being inside the macos App Bundle
  76 if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  77 # MACOS ONLY
  78   DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  79   APPDIR="${DIR%/bin}"
  80   JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  81   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Xdock:icon=${APPDIR}/resource/jalview_logo.png" )
  82 else
  83 # NOT MACOS
  84   DIR="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
  85   APPDIR="${DIR%/bin}"
  86   JAVA="${APPDIR}/jre/bin/java"
  87 fi
  88
  89 if [ "${HEADLESS}" = 1 ]; then
  90   # this suppresses the Java icon appearing in the macOS Dock and maybe other things in other OSes
  91   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Djava.awt.headless=true" )
  92 fi
  93
  94 SYSJAVA=java
  95 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  96
  97 CLASSPATH=""
  98 # save an array of JAR paths in case we're in WSL (see later)
  99 declare -a JARPATHS=()
 100 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
 101   # always check grep and sed regexes on macos -- they're not the same
 102 for JAR in $(grep -e '^code[[:space:]]*=[[:space:]]*' "${GETDOWNTXT}" | while read -r line; do echo $line | sed -E -e 's/code[[:space:]]*=[[:space:]]*//;'; done);
 103   do
 104     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
 105     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
 106     JARPATHS=( "${JARPATHS[@]}" "${APPDIR}/${JAR}" )
 107   done
 108 else
 109   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
 110   exit 3
 111 fi
 112
 113 # WINDOWS ONLY (Cygwin or WSL)
 114 # change paths for Cygwin or Windows Subsystem for Linux (WSL)
 115 if [ "${ISMACOS}" != 1 ]; then # older macos doesn't like uname -o, best to avoid
 116   if [ "$(uname -o)" = "Cygwin" ]; then
 117   # CYGWIN
 118     CLASSPATH=$(cygpath -pw "${CLASSPATH}")
 119     # now for some arg paths fun. only translating paths starting with './', '../', '/' or '~'
 120     ARGS=()
 121     for ARG in "${@}"; do
 122       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 123         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(cygpath -aw "${ARG}")" )
 124       else
 125         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 126       fi
 127     done
 128   elif uname -r | grep -i microsoft | grep -i wsl >/dev/null; then
 129   # WSL
 130     CLASSPATH=""
 131     for JARPATH in "${JARPATHS[@]}"; do
 132       [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH};"
 133       CLASSPATH="${CLASSPATH}$(wslpath -aw "${JARPATH}")"
 134     done
 135     ARGS=()
 136     for ARG in "${@}"; do
 137       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 138         # annoyingly wslpath does not work if the file doesn't exist!
 139         ARGBASENAME="$(basename "${ARG}")"
 140         ARGDIRNAME="$(dirname "${ARG}")"
 141         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(wslpath -aw "${ARGDIRNAME}")\\${ARGBASENAME}" )
 142       else
 143         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 144       fi
 145     done
 146     JAVA="${JAVA}.exe"
 147     SYSJAVA="java.exe"
 148   fi
 149 fi
 150
 151 # get console width -- three ways to try, just in case
 152 if command -v tput 2>&1 >/dev/null; then
 153   COLUMNS=$(tput cols) 2>/dev/null
 154 elif command -v stty 2>&1 >/dev/null; then
 155   COLUMNS=$(stty size | cut -d" " -f2) 2>/dev/null
 156 elif command -v resize 2>&1 >/dev/null; then
 157   COLUMNS=$(resize -u | grep COLUMNS= | sed -e 's/.*=//;s/;//') 2>/dev/null
 158 fi
 159 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-DCONSOLEWIDTH=${COLUMNS}" )
 160 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Dgetdownappdir=${APPDIR}" )
 161
 162 # Is there a bundled Java?  If not just try one in the PATH (do need .exe in WSL)
 163 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
 164   JAVA=$SYSJAVA
 165   echo "Cannot find bundled java, using system ${JAVA} and hoping for the best!" >&2
 166 fi
 167
 168 if [ "${DEBUG}" = 1 ]; then
 169  echo Shell running: \""${JAVA}"\" \""${JVMARGS[@]}"\" -cp \""${CLASSPATH}"\" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"
 170 fi
 171
 172 "${JAVA}" "${JVMARGS[@]}" -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"