utils/getdown/bin/jalview.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 declare -a ARGS=("${@}")
   4 ARG1=$1
   5
   6 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   7 function readlinkf() {
   8   FINDFILE="$1"
   9   FILE="${FINDFILE}"
  10   PREVFILE=""
  11   C=0
  12   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  13   FOUND=0
  14   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  15     PREVFILE="${FILE}"
  16     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  17     if [ -z "${FILE}" ]; then
  18       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  19       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  20       FOUND=1
  21     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  22       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  23       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  24     fi
  25     C=$((C+1))
  26   done
  27   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  28     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  29     exit 1
  30   fi
  31   echo "${FILE}"
  32 }
  33
  34 ISMACOS=0
  35 if [ "$( uname -s )" = "Darwin" ]; then
  36   ISMACOS=1
  37 fi
  38
  39 # check for headless mode
  40 HEADLESS=0
  41 GUI=0
  42 HELP=0
  43 DEBUG=0
  44 for RAWARG in "${@}"; do
  45   ARG="${RAWARG%%=*}"
  46   case "${ARG}" in
  47     --headless|--output|--image|--structureimage)
  48       HEADLESS=1
  49       ;;
  50     --help|--help-*|--version|-h)
  51       HELP=1
  52       ;;
  53     --gui)
  54       GUI=1
  55       ;;
  56     --debug)
  57       DEBUG=1
  58       ;;
  59   esac
  60
  61   if [ "${HELP}" = 1 ]; then
  62     # --help takes precedence
  63     HEADLESS=1
  64     GUI=0
  65   elif [ "${GUI}" = 1 ]; then
  66     # --gui takes precedence over --headless
  67     HEADLESS=0
  68   fi
  69 done
  70
  71 declare -a JVMARGS=()
  72
  73 # set vars for being inside the macos App Bundle
  74 if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  75 # MACOS ONLY
  76   DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  77   APPDIR="${DIR%/bin}"
  78   JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  79   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Xdock:icon=${APPDIR}/resource/jalview_logo.png" )
  80 else
  81 # NOT MACOS
  82   DIR="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
  83   APPDIR="${DIR%/bin}"
  84   JAVA="${APPDIR}/jre/bin/java"
  85 fi
  86
  87 if [ "${HEADLESS}" = 1 ]; then
  88   # this suppresses the Java icon appearing in the macOS Dock and maybe other things in other OSes
  89   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Djava.awt.headless=true" )
  90 fi
  91
  92 SYSJAVA=java
  93 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  94
  95 CLASSPATH=""
  96 # save an array of JAR paths in case we're in WSL (see later)
  97 declare -a JARPATHS=()
  98 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
  99   # always check grep and sed regexes on macos -- they're not the same
 100 for JAR in $(grep -e '^code[[:space:]]*=[[:space:]]*' "${GETDOWNTXT}" | while read -r line; do echo $line | sed -E -e 's/code[[:space:]]*=[[:space:]]*//;'; done);
 101   do
 102     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
 103     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
 104     JARPATHS=( "${JARPATHS[@]}" "${APPDIR}/${JAR}" )
 105   done
 106 else
 107   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
 108   exit 3
 109 fi
 110
 111 # WINDOWS ONLY (Cygwin or WSL)
 112 # change paths for Cygwin or Windows Subsystem for Linux (WSL)
 113 if [ "${ISMACOS}" != 1 ]; then # older macos doesn't like uname -o, best to avoid
 114   if [ "$(uname -o)" = "Cygwin" ]; then
 115   # CYGWIN
 116     CLASSPATH=$(cygpath -pw "${CLASSPATH}")
 117     # now for some arg paths fun. only translating paths starting with './', '../', '/' or '~'
 118     ARGS=()
 119     for ARG in "${@}"; do
 120       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 121         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(cygpath -aw "${ARG}")" )
 122       else
 123         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 124       fi
 125     done
 126   elif uname -r | grep -i microsoft | grep -i wsl >/dev/null; then
 127   # WSL
 128     CLASSPATH=""
 129     for JARPATH in "${JARPATHS[@]}"; do
 130       [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH};"
 131       CLASSPATH="${CLASSPATH}$(wslpath -aw "${JARPATH}")"
 132     done
 133     ARGS=()
 134     for ARG in "${@}"; do
 135       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 136         # annoyingly wslpath does not work if the file doesn't exist!
 137         ARGBASENAME="$(basename "${ARG}")"
 138         ARGDIRNAME="$(dirname "${ARG}")"
 139         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(wslpath -aw "${ARGDIRNAME}")\\${ARGBASENAME}" )
 140       else
 141         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 142       fi
 143     done
 144     JAVA="${JAVA}.exe"
 145     SYSJAVA="java.exe"
 146   fi
 147 fi
 148
 149 # get console width -- three ways to try, just in case
 150 if command -v tput 2>&1 >/dev/null; then
 151   COLUMNS=$(tput cols) 2>/dev/null
 152 elif command -v stty 2>&1 >/dev/null; then
 153   COLUMNS=$(stty size | cut -d" " -f2) 2>/dev/null
 154 elif command -v resize 2>&1 >/dev/null; then
 155   COLUMNS=$(resize -u | grep COLUMNS= | sed -e 's/.*=//;s/;//') 2>/dev/null
 156 fi
 157 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-DCONSOLEWIDTH=${COLUMNS}" )
 158 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Dgetdownappdir=${APPDIR}" )
 159
 160 # Is there a bundled Java?  If not just try one in the PATH (do need .exe in WSL)
 161 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
 162   JAVA=$SYSJAVA
 163   echo "Cannot find bundled java, using system ${JAVA} and hoping for the best!" >&2
 164 fi
 165
 166 if [ "${DEBUG}" = 1 ]; then
 167  echo Shell running: \""${JAVA}"\" \""${JVMARGS[@]}"\" -cp \""${CLASSPATH}"\" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"
 168 fi
 169
 170 "${JAVA}" "${JVMARGS[@]}" -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"