utils/install4j/auto_file_associations-i4j8.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 my $i4jversion = 8;
   6 if ($ARGV[0] eq "-v") {
   7   shift @ARGV;
   8   $i4jversion = shift @ARGV;
   9   die("-v i4jversion must be an integer [probably 7 or 8]") unless $i4jversion =~ m/^\d+$/;
  10 }
  11
  12 my $fileformats = $ARGV[0];
  13 $fileformats = "../../src/jalview/io/FileFormat.java" unless $fileformats;
  14
  15 # default mimetype will be text/x-$shortname
  16 # TODO: find an actual extension for mat, see JAL-Xxxxx for outstanding issues too
  17 # TODO: look up standard mime type used for BLASTfmt matrices, etc
  18 my $mimetypes = {
  19   rnaml => "application/rnaml+xml",
  20   biojson => "application/x-jalview-biojson+json",
  21   jnet => "application/x-jalview-jnet+text",
  22   features => "application/x-jalview-features+text",
  23   scorematrix => "application/x-jalview-scorematrix+text",
  24   pdb => "chemical/x-pdb",
  25   mmcif => "chemical/x-cif",
  26   mmcif2 => "chemical/x-mmcif",
  27   jalview => "application/x-jalview+xml+zip",
  28   jvl => "application/x-jalview-jvl+text",
  29   annotations => "application/x-jalview-annotations+text",
  30 };
  31
  32 my @dontaddshortname = qw(features json);
  33 my @dontaddextension = qw(html xml json jar mfa fastq);
  34 my $add_associations = {
  35   biojson => {shortname=>"biojson",name=>"BioJSON",extensions=>["biojson"]},
  36   gff2 => {shortname=>"gff2",name=>"Generic Features Format v2",extensions=>["gff2"]},
  37   gff3 => {shortname=>"gff3",name=>"Generic Features Format v3",extensions=>["gff3"]},
  38   features => {shortname=>"features",name=>"Jalview Features",extensions=>["features","jvfeatures"]},
  39   annotations => {shortname=>"annotations",name=>"Jalview Annotations",extensions=>["annotations","jvannotations"]},
  40   mmcif => {shortname=>"mmcif",name=>"CIF",extensions=>["cif"]},
  41   mmcif2 => {shortname=>"mmcif2",name=>"mmCIF",extensions=>["mcif","mmcif"]},
  42   jvl => {shortname=>"jvl",name=>"Jalview Launch",extensions=>["jvl"],iconfile=>"jvl_file"},
  43   jnet => {shortname=>"jnet",name=>"JnetFile",extensions=>["concise","jnet"]},
  44   scorematrix => {shortname=>"scorematrix",name=>"Substitution Matrix",extensions=>["mat"]},
  45 };
  46 my $add_extensions = {
  47   blc => ["blc"],
  48 };
  49 my @put_first = qw(jalview jvl);
  50
  51 my @non_primary = qw(mmcif mmcif2 pdb);
  52
  53 my $v = ($i4jversion >= 8)?$i4jversion:"";
  54 my $i4jtemplatefile = "file_associations_template-install4j${v}.xml";
  55 my $i4jtemplate;
  56 my $mactemplatefile = "file_associations_template-Info_plist.xml";
  57 my $mactemplate;
  58
  59 open(MT,"<$mactemplatefile") or die("Could not open '$mactemplatefile' for reading");
  60 while(<MT>){
  61   $mactemplate .= $_;
  62 }
  63 close(MT);
  64 open(IT,"<$i4jtemplatefile") or die("Could not open '$i4jtemplatefile' for reading");
  65 while(<IT>){
  66   $i4jtemplate .= $_;
  67 }
  68 close(IT);
  69 my $macauto;
  70 my $i4jauto;
  71
  72 my $macautofile = $mactemplatefile;
  73 $macautofile =~ s/template/auto$1/;
  74
  75 my $i4jautofile = $i4jtemplatefile;
  76 $i4jautofile =~ s/template/auto$1/;
  77
  78 for my $key (sort keys %$add_associations) {
  79   my $a = $add_associations->{$key};
  80   warn("Known file association for $a->{shortname} (".join(",",@{$a->{extensions}}).")\n");
  81 }
  82
  83 open(MA,">$macautofile") or die ("Could not open '$macautofile' for writing");
  84 print MA "<key>CFBundleDocumentTypes</key>\n<array>\n\n";
  85
  86 open(IA,">$i4jautofile") or die ("Could not open '$i4jautofile' for writing");
  87
  88 open(IN, "<$fileformats") or die ("Could not open '$fileformats' for reading");
  89 my $id = 10000;
  90 my $file_associations = {};
  91 while(my $line = <IN>) {
  92   $line =~ s/\s+/ /g;
  93   $line =~ s/(^ | $)//g;
  94   if ($line =~ m/^(\w+) ?\( ?"([^"]*)" ?, ?"([^"]*)" ?, ?(true|false) ?, ?(true|false) ?\)$/i) {
  95     my $shortname = lc($1);
  96     next if (grep($_ eq $shortname, @dontaddshortname));
  97     my $name = $2;
  98     my $extensions = $3;
  99     $extensions =~ s/\s+//g;
 100     my @possextensions = map(lc($_),split(m/,/,$extensions));
 101     my @extensions;
 102     my $addext = $add_extensions->{$shortname};
 103     if (ref($addext) eq "ARRAY") {
 104       push(@possextensions, @$addext);
 105     }
 106     for my $possext (@possextensions) {
 107       next if grep($_ eq $possext, @extensions);
 108       next if grep($_ eq $possext, @dontaddextension);
 109       push(@extensions,$possext);
 110     }
 111     next unless scalar(@extensions);
 112     $file_associations->{$shortname} = {
 113       shortname => $shortname,
 114       name => $name,
 115       extensions => \@extensions
 116     };
 117     warn("Reading file association for $shortname (".join(",",@extensions).")\n");
 118   }
 119 }
 120 close(IN);
 121
 122 my %all_associations = (%$file_associations, %$add_associations);
 123
 124 my @ordered = (@put_first, @non_primary);
 125 for my $key (sort keys %all_associations) {
 126   next if grep($_ eq $key, @ordered);
 127   push(@ordered, $key);
 128 }
 129 my $num = $#ordered + 1;
 130
 131 warn("--\n");
 132
 133 my $i4jcount = 0;
 134 for my $shortname (@ordered) {
 135   my $a = $all_associations{$shortname};
 136   next if (ref($a) ne "HASH");
 137
 138   my $name = $a->{name};
 139   my $extensions = $a->{extensions};
 140   my $mimetype = $mimetypes->{$shortname};
 141   $mimetype = "application/x-$shortname+txt" unless $mimetype;
 142
 143   my $iconfile = $a->{iconfile};
 144   $iconfile = "Jalview-File" unless $iconfile;
 145
 146   my $primary = (! grep($_ eq $shortname, @non_primary));
 147   my $primarystring = $primary?"true":"false";
 148   my $role = $primary?"Editor":"Viewer";
 149
 150   my @extensions = @$extensions;
 151
 152   my $xname = xml_escape($name);
 153   my $xmimetype = xml_escape($mimetype);
 154   my $xshortname = xml_escape($shortname);
 155   my $xiconfile = xml_escape($iconfile);
 156   my $xrole = xml_escape($role);
 157   my $xROLE = xml_escape(uc($role));
 158   my $xprimarystring = xml_escape($primarystring);
 159
 160   my $macentry = $mactemplate;
 161   $macentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$xname/g;
 162   $macentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$xshortname/g;
 163   $macentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$xmimetype/g;
 164   $macentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$xiconfile/g;
 165   $macentry =~ s/\$\$ROLE\$\$/$xrole/g;
 166   $macentry =~ s/\$\$PRIMARY\$\$/$xprimarystring/g;
 167   while ($macentry =~ m/\$\$([^\$]*)EXTENSIONS([^\$]*)\$\$/) {
 168     my $pre = $1;
 169     my $post = $2;
 170     my $macextensions;
 171     for my $ext (@extensions) {
 172       my $xext = xml_escape($ext);
 173       $macextensions .= $pre.$xext.$post;
 174     }
 175     $macentry =~ s/\$\$${pre}EXTENSIONS${post}\$\$/$macextensions/g;
 176   }
 177   print MA $macentry;
 178
 179   my $i4jentry = $i4jtemplate;
 180   $i4jentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$xname/g;
 181   $i4jentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$xshortname/g;
 182   $i4jentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$xmimetype/g;
 183   $i4jentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$xiconfile/g;
 184   $i4jentry =~ s/\$\$PRIMARY\$\$/$xprimarystring/g;
 185   $i4jentry =~ s/\$\$MACASSOCIATIONROLE\$\$/$xROLE/g;
 186
 187   my $ext = join(",",sort(@extensions));
 188   my $xdisplayext = xml_escape(join(", ", map(".$_",sort(@extensions))));
 189   my $progresspercent = int(($i4jcount/$num)*100);
 190   $progresspercent = 100 if $progresspercent > 100;
 191   $i4jcount++;
 192   my $xext = xml_escape($ext);
 193   my $addunixextension = "true";
 194
 195   $i4jentry =~ s/\$\$ADDUNIXEXTENSION\$\$/$addunixextension/g;
 196   $i4jentry =~ s/\$\$EXTENSION\$\$/$xext/g;
 197   $i4jentry =~ s/\$\$DISPLAYEXTENSION\$\$/$xdisplayext/g;
 198   $i4jentry =~ s/\$\$PROGRESSPERCENT\$\$/$progresspercent/g;
 199   $i4jentry =~ s/\$\$ID\$\$/$id/g;
 200   $id++;
 201   $i4jentry =~ s/\$\$ID1\$\$/$id/g;
 202   $id++;
 203   $i4jentry =~ s/\$\$ID2\$\$/$id/g;
 204   $id++;
 205
 206   print IA $i4jentry;
 207
 208   delete $all_associations{$shortname};
 209   warn("Writing entry for $name (".join(",",@$extensions).": $mimetype)\n");
 210 }
 211
 212 close(IA);
 213 print MA "</array>\n";
 214 close(MA);
 215
 216 sub xml_escape {
 217   my $x = shift;
 218   # stolen from Pod::Simple::XMLOutStream in base distro
 219   $x =~ s/([^-\n\t !\#\$\%\(\)\*\+,\.\~\/\:\;=\?\@\[\\\]\^_\`\{\|\}a-zA-Z0-9])/'&#'.(ord($1)).';'/eg;
 220   return $x;
 221 }