utils/splitstockholm.pl

   1 #!/usr/bin/perl\r
   2 # Splits a concatenated set of Stockholm Files into several individual files.\r
   3 \r
   4 use strict;\r
   5 use FileHandle;\r
   6 my $ac;\r
   7 my $lns="";\r
   8 my $fh;\r
   9 while (<>) {\r
  10     if ($_=~m!^//!) {\r
  11         $fh->print("//\n");\r
  12         $fh->close();\r
  13         $ac = undef;\r
  14         $lns = "";\r
  15     } else {\r
  16         if ($_=~/GF\s+AC\s+([0-9.RPF]+)/) { \r
  17             $ac=$1; \r
  18             ($fh=new FileHandle)->open(">$ac.stk") or die("Couldn't open file '$ac.stk'"); \r
  19             $lns=~/^. STOCKHOLM 1.0/ or $fh->print("# STOCKHOLM 1.0\n");\r
  20         };\r
  21         if (defined($fh)) {\r
  22             if (defined $lns) { \r
  23                 $fh->print($lns); $lns=undef; }\r
  24             \r
  25             $fh->print($_);\r
  26         } else {\r
  27             $lns .= $_;\r
  28         }\r
  29     }\r
  30 }\r