utils/splitstockholm.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2 #*******************************************************************************
   3 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4 # Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5 #
   6 # This file is part of Jalview.
   7 #
   8 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9 # modify it under the terms of the GNU General Public License
  10 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11 #
  12 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 #*******************************************************************************
  19 \r
  20 # Splits a concatenated set of Stockholm Files into several individual files.\r
  21 \r
  22 use strict;\r
  23 use FileHandle;\r
  24 my $ac;\r
  25 my $lns="";\r
  26 my $fh;\r
  27 while (<>) {\r
  28     if ($_=~m!^//!) {\r
  29         $fh->print("//\n");\r
  30         $fh->close();\r
  31         $ac = undef;\r
  32         $lns = "";\r
  33     } else {\r
  34         if ($_=~/GF\s+AC\s+([0-9.RPF]+)/) { \r
  35             $ac=$1; \r
  36             ($fh=new FileHandle)->open(">$ac.stk") or die("Couldn't open file '$ac.stk'"); \r
  37             $lns=~/^. STOCKHOLM 1.0/ or $fh->print("# STOCKHOLM 1.0\n");\r
  38         };\r
  39         if (defined($fh)) {\r
  40             if (defined $lns) { \r
  41                 $fh->print($lns); $lns=undef; }\r
  42             \r
  43             $fh->print($_);\r
  44         } else {\r
  45             $lns .= $_;\r
  46         }\r
  47     }\r
  48 }\r