utils/splitstockholm.pl

   1 #*******************************************************************************
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3 # Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #*******************************************************************************
  18 #!/usr/bin/perl\r
  19 # Splits a concatenated set of Stockholm Files into several individual files.\r
  20 \r
  21 use strict;\r
  22 use FileHandle;\r
  23 my $ac;\r
  24 my $lns="";\r
  25 my $fh;\r
  26 while (<>) {\r
  27     if ($_=~m!^//!) {\r
  28         $fh->print("//\n");\r
  29         $fh->close();\r
  30         $ac = undef;\r
  31         $lns = "";\r
  32     } else {\r
  33         if ($_=~/GF\s+AC\s+([0-9.RPF]+)/) { \r
  34             $ac=$1; \r
  35             ($fh=new FileHandle)->open(">$ac.stk") or die("Couldn't open file '$ac.stk'"); \r
  36             $lns=~/^. STOCKHOLM 1.0/ or $fh->print("# STOCKHOLM 1.0\n");\r
  37         };\r
  38         if (defined($fh)) {\r
  39             if (defined $lns) { \r
  40                 $fh->print($lns); $lns=undef; }\r
  41             \r
  42             $fh->print($_);\r
  43         } else {\r
  44             $lns .= $_;\r
  45         }\r
  46     }\r
  47 }\r