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JAL-1620 version bump and release notes
[jalview.git] / help / html / calculations / consensus.html
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html
index dfb568e..7c56611 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,26 +1,29 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>
 <body>
 <p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>
 <p>The consensus displayed below the alignment is the percentage of the modal 
-  residue per column. By default this calculation takes includes gaps in column. 
+  residue per column. By default this calculation includes gaps in columns. 
   You can choose to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label 
   &quot;Consensus&quot; to the left of the consensus bar chart. 
 <p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a &quot;+&quot; symbol 
@@ -30,6 +33,17 @@
 <p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from 
 the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the 
 clipboard. 
-</p>
+
+<p><strong>Sequence logo</strong></p>
+       By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
+       indicates the relative amount of residues per column which can be
+       estimated by its size in the logo. The tooltip of a column gives the
+       exact numbers for all occurring residues.
+       <br />If columns of the alignment are very diverse, then it can
+       sometimes be difficult to see the sequence logo - in this case, right
+       click on the annotation row label and select
+       <strong>Normalise Consensus Logo</strong> to scale all columns of the
+       logo to the same height.
+       </p>
 </body>
 </html>