JAL-1517 update copyright to version 2.8.2
[jalview.git] / help / html / features / featuresettings.html
index 9335d93..d0a9ab7 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
@@ -37,15 +37,29 @@ they are currently being displayed (only the ticked features and groups
 are displayed). <strong><em>You can change the colour or
 shading style used for a feature in the associated alignment by clicking
 on its colour box.</em></strong></p>
-  <p>
-    <strong><em>Selecting alignment columns by feature</em></strong><br>
-    <strong>Double-click</strong> a feature to add all the columns where
-    that feature is found to the current column selection. <strong>Shift+Double-click</strong>
-    will add all the columns where that feature is <strong>not</strong>
-    found. You can also find these options in the feature's pop-up menu
-    (see below). <br />
-    <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
-  </p>
+       <p>
+               <a name="selectbyfeature"><strong><em>Selecting
+                                       alignment columns by feature</em></strong></a><br> <strong>Double-clicking
+                       a feature type</strong> in the <strong>Feature
+                       Settings</strong> dialog allows you to select columns in the
+               alignment that contain (or do not contain) features of that type. If a
+               region of the alignment is currently selected, then only features in
+               the current selection will be searched. The following keys affect the
+               way in which selections are made:<ul>
+               <li>Hold down <strong>Alt</strong> to select columns not
+                       containing features of a particular type.
+               </li>
+               <li>Hold down <strong>Shift</strong> to add columns to the
+                       current selection.
+               </li>
+               <li>Press <strong>Command/Windows key</strong> to toggle column
+                       selection state (XOR)
+               </li>
+       </ul>
+       Options are also provided in the feature's pop-up menu (see below).
+       <br />
+       <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
+       </p>
   <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
 allows you to sort the alignment or current selection using that feature