git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge: 497958b 68dcaa7
[jalview.git] / help / html / features / viewingpdbs.html
diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html
index 1f49498..99f17fe 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -24,11 +24,25 @@
 </head>
 <body>
 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
-
-<p>Jalview can view protein structures associated with a sequence
-via the <strong>"Structure&rarr;"</strong> submenu from a
-sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.</p>
-<p>The following menu entries are provided for viewing structure data<br>
+       <p>
+               Jalview can view protein structures associated with a sequence via the
+               <strong>"Structure&rarr;"</strong> submenu from a sequence's <a
+                       href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.
+       </p>
+       The
+       <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
+       2.3. Jalview 2.8.2 included support for <a href="chimera.html">Chimera</a>, provided it is
+       installed and can be launched by Jalview. The default viewer can be
+       configured in the
+       <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a> in the
+       <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
+       <p>
+               Structure data imported into Jalview can also be processed to display
+               secondary structure and temperature factor annotation. See the <a
+                       href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page for
+               more information.
+       </p>
+       <p>The following menu entries are provided for viewing structure data<br>
   <ul>
     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View
         Structure&#8594;</strong> submenu allows a single PDB structure to be chosen
@@ -40,14 +54,13 @@ sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.</p>
       with the current selection, superposed according to the currently selected region of the alignment.<br/><em>This
       capability was added in Jalview 2.7</em>
     </li>
-    <li><a name="viewreps"/>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
+    <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
         representative structures
     </strong> option will open a new window containing exactly one structure per
       currently selected sequence.<br />
     <em>The View representative structures option was introduced in
         Jalview 2.8.1</em></li>
   </ul>
-  <br> 
 </p>
 
 <p>If a single pdb
@@ -55,19 +68,19 @@ structure is selected, one of the following will happen:</p>
 
 <ul>
        <li>If no structures are open, then an interactive display of the
-       structure will be opened in a new window</li>
+       structure will be opened in a new window.</li>
 
        <li>If another structure is already shown for the current
        alignment, then you will be asked if you want to add and <a
                href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
-       the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>)</li>
+       the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>).</li>
 
        <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
        to associate the sequence with an existing view of the selected
        structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
 
        <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
-       PDB viewer</a> help page for more information about the display.</li>
+       </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for more information about the display.</li>
 </ul>
        <p><strong>Associating PDB files with Sequences</strong></p>
        <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence