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JAL-1620 version bump and release notes
[jalview.git] / help / html / io / fileformats.html
diff --git a/help/html/io/fileformats.html b/help/html/io/fileformats.html
index 517da1a..de15dab 100755 (executable)
--- a/help/html/io/fileformats.html
+++ b/help/html/io/fileformats.html
@@ -1,22 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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--->
+ -->
 <head>
 <title>Alignment Fileformats</title>
 <style type="text/css">
@@ -29,7 +31,7 @@ td {
 </head>
 <body>
 
-<p><strong>Alignment Fileformats</strong>
+<p><strong>Alignment File Formats</strong>
 <p>Jalview understands a wide range of sequence alignment formats. In
 order to determine which format has been used for an alignment,
 jalview tries to detect some text or formatting unique to one of the formats:
@@ -41,7 +43,7 @@ jalview tries to detect some text or formatting unique to one of the formats:
 <tr>
 <td width="17%">FASTA</td>
 <td width="60%">&gt;SequenceName<br>
-THISISASEQENCE<br></td>
+THISISASEQUENCE<br></td>
 <td width="23%">.fa, .fasta</td>
 </tr><tr><td width="17%">MSF</td>
 <td width="60%">!! AA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0<br>
@@ -62,13 +64,18 @@ THISISASEQENCE<br></td>
 &gt;Seq2</td>
 <td width="23%">.blc</td>
 </tr><tr><td width="17%">PFAM</td>
-<td width="60%">SequenceName THISISASEQENCE</td>
+<td width="60%">SequenceName THISISASEQUENCE</td>
 <td width="23%">.pfam</td>
 </tr><tr>
 <td width="17%">Stockholm</td>
 <td width="60%"># STOCKHOLM VersionNumber<br>
 <em>...</em><br>//</td>
 <td width="23%">.stk, .sto</td>
+</tr><tr>
+<td width="17%">Phylip</td>
+<td width="60%">Line starts with two numbers separated by white space<br>
+<em>...</em><br>//</td>
+<td width="23%">.phy</td>
 </tr>
 </table>
 <p>The file extensions are used to associate jalview alignment icons