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JAL-1620 version bump and release notes
[jalview.git] / help / html / menus / alwview.html
diff --git a/help/html/menus/alwview.html b/help/html/menus/alwview.html
index 85ffe36..23b0103 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwview.html
+++ b/help/html/menus/alwview.html
@@ -1,4 +1,24 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>Alignment Window Menus</title>
 </head>
@@ -18,33 +38,6 @@
     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
-  <li><strong>Show Annotations<br>
-    </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be 
-    displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation 
-    calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
-    <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
-    <ul><li>
-       <strong>Apply to all groups<br></strong>
-       When ticked, any settings will be applied to all autocalculated annotation.
-       </li> 
-       <li>
-       <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
-       Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
-       </li>
-       <li>
-       <strong>Show Consensus Profile<br></strong>
-               Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
-       </li>
-       <li>
-       <strong>Group Conservation<br></strong>
-       When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
-       </li>
-       <li>
-       <strong>Apply to all groups<br></strong>
-       When ticked, display a consensus row for all groups.
-       </li>
-       </ul>
-    </li>
   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse 
@@ -52,7 +45,7 @@
   </li>
   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
-  <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
+  <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings...</a></strong><em><br>
     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display 
     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features 
     from DAS annotation servers.</em></li>