JAL-1620 version bump and release notes
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / Finder.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index f9962a6..fd73869
@@ -1,20 +1,22 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
- * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  */
 package jalview.appletgui;
 
@@ -24,6 +26,7 @@ import java.awt.*;
 import java.awt.event.*;
 
 import jalview.datamodel.*;
+import jalview.util.MessageManager;
 
 public class Finder extends Panel implements ActionListener
 {
@@ -37,7 +40,7 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
 
   int seqIndex = 0;
 
-  int resIndex = 0;
+  int resIndex = -1;
 
   public Finder(final AlignmentPanel ap)
   {
@@ -54,7 +57,8 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
     this.ap = ap;
     frame = new Frame();
     frame.add(this);
-    jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
+    jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
+            MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
     frame.repaint();
     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
     {
@@ -80,7 +84,7 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
 
     else if (evt.getSource() == findAll)
     {
-      resIndex = 0;
+      resIndex = -1;
       seqIndex = 0;
       doSearch(true);
     }
@@ -116,14 +120,14 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
 
   void doSearch(boolean findAll)
   {
-    if (jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame != null)
+    if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
     {
-      ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;
+      ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
       av = ap.av;
     }
     createNewGroup.setEnabled(false);
-    jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(av
-            .getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
+    jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
+            av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
     finder.setFindAll(findAll);
 
@@ -134,36 +138,69 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
     resIndex = finder.getResIndex();
     searchResults = finder.getSearchResults();
     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
-
-    if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)
+    boolean haveResults = false;
+    // set or reset the GUI
+    if ((idMatch.size() > 0))
     {
+      haveResults = true;
       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
     }
+    else
+    {
+      ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
+    }
 
     if (searchResults.getSize() > 0)
     {
+      haveResults = true;
       createNewGroup.setEnabled(true);
 
     }
     else
     {
       searchResults = null;
-      resIndex = 0;
-      seqIndex = 0;
     }
 
     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
     // seqCanvas
     ap.highlightSearchResults(searchResults);
-
-    if (findAll)
+    // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
+    // 'SelectRegion' selection
+    if (!haveResults)
     {
-      String message = (searchResults == null ? 0 : searchResults.getSize())
-              + " matches found.";
-      ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString
-              + " : " + message);
+      ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
+              .getString("label.finished_searching"));
+      resIndex = -1;
+      seqIndex = 0;
     }
+    else
+    {
+      if (findAll)
+      {
+        String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
+                + " IDs" : "";
+        if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
+                && searchResults.getSize() > 0)
+        {
+          message += " and ";
+        }
+        if (searchResults != null)
+        {
+          message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
+        }
+        ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
+                "label.search_results", new String[]
+                { searchString, message }));
 
+      }
+      else
+      {
+        // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
+        ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
+                "label.found_match_for", new String[]
+                { searchString }));
+      }
+    }
   }
 
   Label jLabel1 = new Label();
@@ -185,7 +222,7 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
   private void jbInit() throws Exception
   {
     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
-    jLabel1.setText("Find");
+    jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));
     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
     this.setLayout(null);
     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
@@ -200,11 +237,11 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
     });
     textfield.addActionListener(this);
     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
-    findAll.setLabel("Find all");
+    findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
     findAll.addActionListener(this);
     findNext.setEnabled(false);
     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
-    findNext.setLabel("Find Next");
+    findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
     findNext.addActionListener(this);
     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
@@ -213,9 +250,9 @@ public class Finder extends Panel implements ActionListener
     gridLayout1.setVgap(2);
     createNewGroup.setEnabled(false);
     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
-    createNewGroup.setLabel("New Feature");
+    createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
     createNewGroup.addActionListener(this);
-    caseSensitive.setLabel("Match Case");
+    caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
     jPanel1.add(findNext, null);
     jPanel1.add(findAll, null);