JAL-1645 Version-Rel Version 2.9 Year-Rel 2015 Licensing glob
[jalview.git] / src / jalview / gui / Console.java
index 20c672a..4118f91 100644 (file)
@@ -1,26 +1,46 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
+ * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  */
 package jalview.gui;
 
-import java.io.*;
-import java.awt.*;
-import java.awt.event.*;
-import javax.swing.*;
+import jalview.util.MessageManager;
+
+import java.awt.BorderLayout;
+import java.awt.Dimension;
+import java.awt.GraphicsEnvironment;
+import java.awt.Rectangle;
+import java.awt.Toolkit;
+import java.awt.event.ActionEvent;
+import java.awt.event.ActionListener;
+import java.awt.event.WindowAdapter;
+import java.awt.event.WindowEvent;
+import java.awt.event.WindowListener;
+import java.io.IOException;
+import java.io.PipedInputStream;
+import java.io.PipedOutputStream;
+import java.io.PrintStream;
+
+import javax.swing.JButton;
+import javax.swing.JFrame;
+import javax.swing.JScrollPane;
+import javax.swing.JTextArea;
 
 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
 
@@ -39,11 +59,12 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
   private JFrame frame;
 
   private JTextArea textArea;
-/* unused - tally and limit for lines in console window
-  int lines = 0;
 
-  int lim = 1000;
-*/
+  /*
+   * unused - tally and limit for lines in console window int lines = 0;
+   * 
+   * int lim = 1000;
+   */
   int byteslim = 102400, bytescut = 76800; // 100k and 75k cut point.
 
   private Thread reader, reader2, textAppender;
@@ -76,11 +97,13 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
   {
     initConsole(visible, true);
   }
-  
+
   /**
    * 
-   * @param visible - open the window
-   * @param redirect - redirect std*
+   * @param visible
+   *          - open the window
+   * @param redirect
+   *          - redirect std*
    */
   private void initConsole(boolean visible, boolean redirect)
   {
@@ -88,7 +111,7 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
     // textArea = cpt.getTextArea();
     textArea = new JTextArea();
     textArea.setEditable(false);
-    JButton button = new JButton("clear");
+    JButton button = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 
     // frame = cpt;
     frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
@@ -102,7 +125,9 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
     if (redirect)
     {
       redirectStreams();
-    } else {
+    }
+    else
+    {
       unredirectStreams();
     }
     quit = false; // signals the Threads that they should exit
@@ -121,45 +146,50 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
     textAppender.setDaemon(true);
     textAppender.start();
   }
-  PipedOutputStream pout=null,perr=null;
-  public void redirectStreams() {
-    if (pout==null)
+
+  PipedOutputStream pout = null, perr = null;
+
+  public void redirectStreams()
+  {
+    if (pout == null)
     {
       try
       {
         pout = new PipedOutputStream(this.pin);
         System.setOut(new PrintStream(pout, true));
-    } catch (java.io.IOException io)
-    {
-      textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
-              + io.getMessage());
-      io.printStackTrace(stderr);
-    } catch (SecurityException se)
-    {
-      textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
-              + se.getMessage());
-      se.printStackTrace(stderr);
-    }
+      } catch (java.io.IOException io)
+      {
+        textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
+                + io.getMessage());
+        io.printStackTrace(stderr);
+      } catch (SecurityException se)
+      {
+        textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
+                + se.getMessage());
+        se.printStackTrace(stderr);
+      }
 
-    try
-    {
-      perr = new PipedOutputStream(this.pin2);
-      System.setErr(new PrintStream(perr, true));
-    } catch (java.io.IOException io)
-    {
-      textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
-              + io.getMessage());
-      io.printStackTrace(stderr);
-    } catch (SecurityException se)
-    {
-      textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
-              + se.getMessage());
-      se.printStackTrace(stderr);
-    }
+      try
+      {
+        perr = new PipedOutputStream(this.pin2);
+        System.setErr(new PrintStream(perr, true));
+      } catch (java.io.IOException io)
+      {
+        textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
+                + io.getMessage());
+        io.printStackTrace(stderr);
+      } catch (SecurityException se)
+      {
+        textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
+                + se.getMessage());
+        se.printStackTrace(stderr);
+      }
     }
   }
-  public void unredirectStreams() {
-    if (pout!=null)
+
+  public void unredirectStreams()
+  {
+    if (pout != null)
     {
       try
       {
@@ -167,37 +197,37 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
         pout.flush();
         pout.close();
         pin = new PipedInputStream();
-        pout=null;
-    } catch (java.io.IOException io)
-    {
-      textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
-              + io.getMessage());
-      io.printStackTrace(stderr);
-    } catch (SecurityException se)
-    {
-      textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
-              + se.getMessage());
-      se.printStackTrace(stderr);
-    }
+        pout = null;
+      } catch (java.io.IOException io)
+      {
+        textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
+                + io.getMessage());
+        io.printStackTrace(stderr);
+      } catch (SecurityException se)
+      {
+        textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
+                + se.getMessage());
+        se.printStackTrace(stderr);
+      }
 
-    try
-    {
-      System.setErr(stderr);
-      perr.flush();
-      perr.close();
-      pin2 = new PipedInputStream();
-      perr = null;
-    } catch (java.io.IOException io)
-    {
-      textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
-              + io.getMessage());
+      try
+      {
+        System.setErr(stderr);
+        perr.flush();
+        perr.close();
+        pin2 = new PipedInputStream();
+        perr = null;
+      } catch (java.io.IOException io)
+      {
+        textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
+                + io.getMessage());
         io.printStackTrace(stderr);
-    } catch (SecurityException se)
-    {
-      textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
-              + se.getMessage());
-      se.printStackTrace(stderr);
-    }
+      } catch (SecurityException se)
+      {
+        textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
+                + se.getMessage());
+        se.printStackTrace(stderr);
+      }
     }
   }
 
@@ -205,7 +235,7 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
   {
     // testing part
     // you may omit this part for your application
-    // 
+    //
 
     System.out.println("Hello World 2");
     System.out.println("All fonts available to Graphic2D:\n");
@@ -245,11 +275,13 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
   {
     this(desktop, true);
   }
+
   /**
    * attach a console to the desktop - the desktop will open it if requested.
    * 
    * @param desktop
-   * @param showjconsole - if true, then redirect stdout immediately
+   * @param showjconsole
+   *          - if true, then redirect stdout immediately
    */
   public Console(Desktop desktop, boolean showjconsole)
   {
@@ -274,40 +306,37 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
     org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(jappender);
   }
 
-
   public synchronized void stopConsole()
   {
     quit = true;
     this.notifyAll();
-    /*reader.notify(); 
-    reader2.notify(); 
-    if (errorThrower!=null) 
-      errorThrower.notify(); // stop all threads
-    if (textAppender!=null)
-      textAppender.notify();
-    */
-    if (pout!=null)
-    {
-    try
-    {
-      reader.join(10);
-      pin.close();
-    } catch (Exception e)
-    {
-    }
-    try
-    {
-      reader2.join(10);
-      pin2.close();
-    } catch (Exception e)
+    /*
+     * reader.notify(); reader2.notify(); if (errorThrower!=null)
+     * errorThrower.notify(); // stop all threads if (textAppender!=null)
+     * textAppender.notify();
+     */
+    if (pout != null)
     {
-    }
-    try
-    {
-      textAppender.join(10);
-    } catch (Exception e)
-    {
-    }
+      try
+      {
+        reader.join(10);
+        pin.close();
+      } catch (Exception e)
+      {
+      }
+      try
+      {
+        reader2.join(10);
+        pin2.close();
+      } catch (Exception e)
+      {
+      }
+      try
+      {
+        textAppender.join(10);
+      } catch (Exception e)
+      {
+      }
     }
     if (!frame.isVisible())
     {
@@ -321,7 +350,9 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
     frame.setVisible(false);
     closeConsoleGui();
   }
-  private void closeConsoleGui() {
+
+  private void closeConsoleGui()
+  {
     updateConsole = false;
     if (parent == null)
     {
@@ -338,7 +369,7 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
   {
     frame.setVisible(false); // default behaviour of JFrame
     closeConsoleGui();
-    
+
     // frame.dispose();
   }
 
@@ -354,7 +385,7 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
     {
       while (Thread.currentThread() == reader)
       {
-        if (pin==null || pin.available() == 0)
+        if (pin == null || pin.available() == 0)
         {
           try
           {
@@ -374,8 +405,8 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
           stdout.print(input);
           long time = System.nanoTime();
           appendToTextArea(input);
-          //stderr.println("Time taken to stdout append:\t"
-          //        + (System.nanoTime() - time) + " ns");
+          // stderr.println("Time taken to stdout append:\t"
+          // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
           // lines++;
         }
         if (quit)
@@ -403,8 +434,8 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
           stderr.print(input);
           long time = System.nanoTime();
           appendToTextArea(input);
-          //stderr.println("Time taken to stderr append:\t"
-          //        + (System.nanoTime() - time) + " ns");
+          // stderr.println("Time taken to stderr append:\t"
+          // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
           // lines++;
         }
         if (quit)
@@ -486,7 +517,7 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
       {
       }
       throw new NullPointerException(
-              "Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console");
+              MessageManager.getString("exception.application_test_npe"));
     }
   }
 
@@ -541,8 +572,8 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
           {
             long time = System.nanoTime();
             textArea.replaceRange(header, 0, tlength - bytescut);
-            //stderr.println("Time taken to cut:\t"
-            //        + (System.nanoTime() - time) + " ns");
+            // stderr.println("Time taken to cut:\t"
+            // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
           }
           else
           {
@@ -612,19 +643,23 @@ public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
   }
 
   /**
-   * set the banner that appears at the top of the console output 
+   * set the banner that appears at the top of the console output
+   * 
    * @param string
    */
   public void setHeader(String string)
   {
     header = string;
-    if (header.charAt(header.length()-1)!='\n') {
-      header+="\n";
+    if (header.charAt(header.length() - 1) != '\n')
+    {
+      header += "\n";
     }
     textArea.insert(header, 0);
   }
+
   /**
    * get the banner
+   * 
    * @return
    */
   public String getHeader()