Merge branch 'develop' into trialMerge
[jalview.git] / src / jalview / gui / Desktop.java
index 5071918..89499c1 100644 (file)
@@ -26,6 +26,7 @@ import jalview.api.AlignViewportI;
 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
 import jalview.bin.Cache;
 import jalview.bin.Jalview;
+import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
 import jalview.io.BackupFiles;
 import jalview.io.DataSourceType;
 import jalview.io.FileFormat;
@@ -42,7 +43,8 @@ import jalview.jbgui.GStructureViewer;
 import jalview.project.Jalview2XML;
 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 import jalview.urls.IdOrgSettings;
-import jalview.util.ImageMaker;
+import jalview.util.BrowserLauncher;
+import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
 import jalview.util.UrlConstants;
@@ -88,7 +90,6 @@ import java.util.ArrayList;
 import java.util.Hashtable;
 import java.util.List;
 import java.util.ListIterator;
-import java.util.StringTokenizer;
 import java.util.Vector;
 import java.util.concurrent.ExecutorService;
 import java.util.concurrent.Executors;
@@ -114,6 +115,7 @@ import javax.swing.JMenuItem;
 import javax.swing.JPanel;
 import javax.swing.JPopupMenu;
 import javax.swing.JProgressBar;
+import javax.swing.JTextField;
 import javax.swing.KeyStroke;
 import javax.swing.SwingUtilities;
 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
@@ -195,6 +197,13 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   public static MyDesktopPane desktop;
 
+  public static MyDesktopPane getDesktop()
+  {
+    // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
+    // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
+    return desktop;
+  }
+
   static int openFrameCount = 0;
 
   static final int xOffset = 30;
@@ -337,13 +346,16 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
    */
   public Desktop()
   {
+         super();
     /**
-     * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
-     * block are spawned off as threads rather than waited for during this
-     * constructor.
+     * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might block
+     * are spawned off as threads rather than waited for during this constructor.
      */
     instance = this;
-    doVamsasClientCheck();
+    if (!Platform.isJS())
+    {
+      doVamsasClientCheck();
+    }
 
     doConfigureStructurePrefs();
     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
@@ -353,6 +365,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
             false);
     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
+    
+    
     showMemusage.setSelected(selmemusage);
     desktop.setBackground(Color.white);
     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
@@ -360,14 +374,21 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
     // sp.getViewport().setView(desktop);
     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
+    
+    // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames. 
+       if (Platform.isJS()) 
+       {
+         getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
+       }
+    
     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
-
+    
     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
     // if previous window was maximised
     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
-            (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
-                    : Platform.isAMac()
+            (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
+                    : Platform.isAMacAndNotJS()
                             ? new AquaInternalFrameManager(
                                     desktop.getDesktopManager())
                             : desktop.getDesktopManager())));
@@ -380,33 +401,81 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     else
     {
       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
-      setBounds((screenSize.width - 900) / 2, (screenSize.height - 650) / 2,
-              900, 650);
+      int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
+      int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
+      setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
     }
-    jconsole = new Console(this, showjconsole);
-    // add essential build information
-    jconsole.setHeader(
-            "Jalview Version: " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
-                    + "\n" + "Jalview Installation: "
-                    + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION",
-                            "unknown")
-                    + "\n" + "Build Date: "
-                    + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
-                    + "\n" + "Java version: "
-                    + System.getProperty("java.version") + "\n"
-                    + System.getProperty("os.arch") + " "
-                    + System.getProperty("os.name") + " "
-                    + System.getProperty("os.version"));
+    
+    boolean doFullLoad = /** @j2sNative ! */true;
+    
+    if (doFullLoad) {
+      
+      jconsole = new Console(this, showjconsole);
+      // add essential build information
+      jconsole.setHeader("Jalview Version: "
+              + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
+              + "Jalview Installation: "
+              + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
+              + "\n" + "Build Date: "
+              + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
+              + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
+              + System.getProperty("os.arch") + " "
+              + System.getProperty("os.name") + " "
+              + System.getProperty("os.version"));
+
+      showConsole(showjconsole);
 
-    showConsole(showjconsole);
+      showNews.setVisible(false);
+
+      experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
+
+      getIdentifiersOrgData();
+
+      checkURLLinks();
+
+      // Spawn a thread that shows the splashscreen
+
+      SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
+      {
+        @Override
+        public void run()
+        {
+          new SplashScreen();
+        }
+      });
+
+      // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
+      // takes to open it later on.
+      new Thread(new Runnable()
+      {
+        @Override
+        public void run()
+        {
+          Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
+          String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
+          JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
+                  fileFormat);
+          Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
+        }
+      }).start();
+      // Add the service change listener
+      changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
+              new PropertyChangeListener()
+              {
 
-    showNews.setVisible(false);
+                @Override
+                public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
+                {
+                  Cache.log.debug("Firing service changed event for "
+                          + evt.getNewValue());
+                  JalviewServicesChanged(evt);
+                }
 
-    experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
+              });
 
-    getIdentifiersOrgData();
+    } 
 
-    checkURLLinks();
+    this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 
     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
     {
@@ -440,45 +509,6 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     });
     desktop.addMouseListener(ma);
 
-    this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
-    // Spawn a thread that shows the splashscreen
-    SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
-    {
-      @Override
-      public void run()
-      {
-        new SplashScreen();
-      }
-    });
-
-    // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
-    // takes to open it later on.
-    new Thread(new Runnable()
-    {
-      @Override
-      public void run()
-      {
-        Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
-        String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
-        JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
-                fileFormat);
-        Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
-      }
-    }).start();
-    // Add the service change listener
-    changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
-            new PropertyChangeListener()
-            {
-
-              @Override
-              public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
-              {
-                Cache.log.debug("Firing service changed event for "
-                        + evt.getNewValue());
-                JalviewServicesChanged(evt);
-              }
-
-            });
   }
 
   /**
@@ -526,7 +556,6 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       public void run()
       {
         Cache.log.debug("Starting news thread.");
-
         jvnews = new BlogReader(me);
         showNews.setVisible(true);
         Cache.log.debug("Completed news thread.");
@@ -566,26 +595,23 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   void showNews(boolean visible)
   {
+    Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
+    showNews.setSelected(visible);
+    if (visible && !jvnews.isVisible())
     {
-      Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
-      showNews.setSelected(visible);
-      if (visible && !jvnews.isVisible())
+      new Thread(new Runnable()
       {
-        new Thread(new Runnable()
+        @Override
+        public void run()
         {
-          @Override
-          public void run()
-          {
-            long now = System.currentTimeMillis();
-            Desktop.instance.setProgressBar(
-                    MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
-                    now);
-            jvnews.refreshNews();
-            Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
-            jvnews.showNews();
-          }
-        }).start();
-      }
+          long now = System.currentTimeMillis();
+          Desktop.instance.setProgressBar(
+                  MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
+          jvnews.refreshNews();
+          Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
+          jvnews.showNews();
+        }
+      }).start();
     }
   }
 
@@ -649,7 +675,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   private void doVamsasClientCheck()
   {
-    if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
+    if (Cache.vamsasJarsPresent())
     {
       setupVamsasDisconnectedGui();
       VamsasMenu.setVisible(true);
@@ -858,7 +884,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     frame.setResizable(resizable);
     frame.setMaximizable(resizable);
     frame.setIconifiable(resizable);
-    frame.setOpaque(false);
+    frame.setOpaque(/** @j2sNative true || */
+            false);
 
     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
     {
@@ -923,7 +950,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
           frame.setIcon(false);
         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
         {
-
+          // System.err.println(ex.toString());
         }
       }
     });
@@ -950,8 +977,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   }
 
   /**
-   * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
-   * the window
+   * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close the
+   * window
    * 
    * @param frame
    */
@@ -1030,7 +1057,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     // Java's Transferable for native dnd
     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
     Transferable t = evt.getTransferable();
-    List<String> files = new ArrayList<>();
+    List<Object> files = new ArrayList<>();
     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
 
     try
@@ -1048,13 +1075,15 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       {
         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
         {
-          String file = files.get(i).toString();
+          // BH 2018 File or String
+          Object file = files.get(i);
+          String fileName = file.toString();
           DataSourceType protocol = (protocols == null)
                   ? DataSourceType.FILE
                   : protocols.get(i);
           FileFormatI format = null;
 
-          if (file.endsWith(".jar"))
+          if (fileName.endsWith(".jar"))
           {
             format = FileFormat.Jalview;
 
@@ -1064,7 +1093,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
           }
 
-          new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
+          new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
 
         }
       } catch (Exception ex)
@@ -1094,49 +1123,44 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
 
-    int value = chooser.showOpenDialog(this);
-
-    if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
+    chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
     {
-      String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
-      Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
-              chooser.getSelectedFile().getParent());
+      @Override
+      public void run()
+      {
+        File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
+        Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
 
-      FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
+        FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
 
-      /*
-       * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
-       * Skip this step for dynamically added file formats, because
-       * IdentifyFile does not know how to recognise them.
-       */
-      if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
-      {
-        try
-        {
-          format = new IdentifyFile().identify(choice, DataSourceType.FILE);
-        } catch (FileFormatException e)
+        /*
+         * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
+         * Skip this step for dynamically added file formats, because
+         * IdentifyFile does not know how to recognise them.
+         */
+        if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
         {
-          // format = null; //??
+          try
+          {
+            format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
+                    DataSourceType.FILE);
+          } catch (FileFormatException e)
+          {
+            // format = null; //??
+          }
         }
-      }
 
-      if (viewport != null)
-      {
-        new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, DataSourceType.FILE,
-                format);
+        new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
+                DataSourceType.FILE, format);
       }
-      else
-      {
-        new FileLoader().LoadFile(choice, DataSourceType.FILE, format);
-      }
-    }
+    });
+    chooser.showOpenDialog(this);
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
+   * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
    * 
-   * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
+   * @param viewport
    */
   @Override
   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
@@ -1145,87 +1169,102 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     // for viewing
     JLabel label = new JLabel(
             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
-    final JComboBox history = new JComboBox();
 
     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
     panel.add(label);
-    panel.add(history);
-    history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
-    history.setEditable(true);
-    history.addItem("http://www.");
-
-    String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
-
-    StringTokenizer st;
-
-    if (historyItems != null)
-    {
-      st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
-
-      while (st.hasMoreTokens())
-      {
-        history.addItem(st.nextElement());
-      }
-    }
-
-    int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
-            MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
-            JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
-
-    if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
-    {
-      return;
-    }
-
-    String url = history.getSelectedItem().toString();
-
-    if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
+    
+    /*
+     * the URL to fetch is
+     * Java: an editable combobox with history
+     * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
+     */
+    JComponent history;
+    String urlBase = "http://www.";
+    if (Platform.isJS())
     {
-      if (viewport != null)
-      {
-        new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
-                FileFormat.Jalview);
-      }
-      else
-      {
-        new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
-                FileFormat.Jalview);
-      }
+      history = new JTextField(urlBase, 35);
     }
     else
     {
-      FileFormatI format = null;
-      try
-      {
-        format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
-      } catch (FileFormatException e)
+      JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
+      asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
+      asCombo.setEditable(true);
+      asCombo.addItem(urlBase);
+      String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
+      if (historyItems != null)
       {
-        // TODO revise error handling, distinguish between
-        // URL not found and response not valid
+        for (String token : historyItems.split("\\t"))
+        {
+          asCombo.addItem(token);
+        }
       }
+      history = asCombo;
+    }
+    panel.add(history);
 
-      if (format == null)
+    Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
+        MessageManager.getString("action.cancel") };
+    Runnable action = new Runnable() {
+      @Override
+      public void run()
       {
-        JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
-                MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
-                        new Object[]
-                        { url }),
-                MessageManager.getString("label.url_not_found"),
-                JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+        String url = Platform.isJS() ? ((JTextField) history).getText()
+                : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
+                        .toString();
 
-        return;
-      }
+        if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
+        {
+          if (viewport != null)
+          {
+            new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
+                    FileFormat.Jalview);
+          }
+          else
+          {
+            new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
+                    FileFormat.Jalview);
+          }
+        }
+        else
+        {
+          FileFormatI format = null;
+          try
+          {
+            format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
+          } catch (FileFormatException e)
+          {
+            // TODO revise error handling, distinguish between
+            // URL not found and response not valid
+          }
 
-      if (viewport != null)
-      {
-        new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
-                format);
-      }
-      else
-      {
-        new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
-      }
-    }
+          if (format == null)
+          {
+            String msg = MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate", url);
+            JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, msg,
+                    MessageManager.getString("label.url_not_found"),
+                    JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+
+            return;
+          }
+
+          if (viewport != null)
+          {
+            new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
+                    format);
+          }
+          else
+          {
+            new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
+          }
+        }
+      }};
+    String dialogOption = MessageManager
+            .getString("label.input_alignment_from_url");
+    JvOptionPane.newOptionDialog(desktop).setResponseHandler(0, action)
+            .showInternalDialog(panel, dialogOption,
+                    JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
+                    JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
+                    MessageManager.getString("action.ok"));
   }
 
   /**
@@ -1387,19 +1426,24 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   }
 
   /**
-   * DOCUMENT ME!
-   * 
-   * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
+   * Action on requesting Help documentation
    */
   @Override
-  public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
+  public void documentationMenuItem_actionPerformed()
   {
     try
     {
-      Help.showHelpWindow();
+      if (Platform.isJS())
+      {
+        BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
+      }
+      else
+      {
+        Help.showHelpWindow();
+      }
     } catch (Exception ex)
     {
+      System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
     }
   }
 
@@ -1503,11 +1547,14 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
    */
   void showConsole(boolean selected)
   {
-    showConsole.setSelected(selected);
     // TODO: decide if we should update properties file
-    Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
-            Boolean.valueOf(selected).toString());
-    jconsole.setVisible(selected);
+    if (jconsole != null) // BH 2018
+    {
+      showConsole.setSelected(selected);
+      Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
+              Boolean.valueOf(selected).toString());
+      jconsole.setVisible(selected);
+    }
   }
 
   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
@@ -1600,8 +1647,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   }
 
   /**
-   * Shows a file chooser dialog and writes out the current session as a Jalview
-   * project file
+   * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
+   * Jalview project file
    */
   @Override
   public void saveState_actionPerformed()
@@ -1683,7 +1730,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
         }
       }).start();
-    }
+      }
   }
 
   @Override
@@ -1718,45 +1765,44 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
                                             // allowBackupFiles
     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
-
-    int value = chooser.showOpenDialog(this);
-
-    if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
+    chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
     {
-      final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
-      setProjectFile(selectedFile);
-      final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
-      Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
-      new Thread(new Runnable()
+      @Override
+      public void run()
       {
-        @Override
-        public void run()
+        File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
+        setProjectFile(selectedFile);
+        String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
+        Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
+        new Thread(new Runnable()
         {
-          setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
-                  "label.loading_jalview_project", new Object[]
-                  { choice }), choice.hashCode());
-          try
-          {
-            new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
-          } catch (OutOfMemoryError oom)
-          {
-            new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
-          } catch (Exception ex)
+          @Override
+          public void run()
           {
-            Cache.log.error(
-                    "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
-            JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
-                    MessageManager.formatMessage(
-                            "label.error_whilst_loading_project_from",
-                            new Object[]
-                            { choice }),
-                    MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
-                    JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+               try 
+            {
+              new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
+            } catch (OutOfMemoryError oom)
+               {
+                 new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
+               } catch (Exception ex)
+               {
+                 Cache.log.error(
+                         "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
+                 JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
+                         MessageManager.formatMessage(
+                                 "label.error_whilst_loading_project_from",
+                               new Object[]
+                                   { choice }),
+                         MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
+                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+               }
           }
-          setProgressBar(null, choice.hashCode());
-        }
-      }).start();
-    }
+        }).start();
+      }
+    });
+    
+    chooser.showOpenDialog(this);
   }
 
   @Override
@@ -1769,7 +1815,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
 
-  public void startLoading(final String fileName)
+  public void startLoading(final Object fileName)
   {
     if (fileLoadingCount == 0)
     {
@@ -1971,9 +2017,9 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   /**
    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
-   * identifier back in to this frame as additional views, and close the
-   * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
-   * views. We take the lot.
+   * identifier back in to this frame as additional views, and close the expanded
+   * views. Note the expanded frames may themselves have multiple views. We take
+   * the lot.
    * 
    * @param source
    */
@@ -2017,6 +2063,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   @Override
   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
+    // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
+
     if (v_client == null)
     {
       // Load and try to start a session.
@@ -2293,6 +2341,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   @Override
   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
+    // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
+
     if (v_client != null)
     {
       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
@@ -2469,14 +2519,13 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   /**
    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
-   * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
-   * low.
+   * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs low.
    * 
    * @author AMW
    */
-  public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
+  public class MyDesktopPane extends JDesktopPane
+          implements Runnable
   {
-
     private static final float ONE_MB = 1048576f;
 
     boolean showMemoryUsage = false;
@@ -2712,8 +2761,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   }
 
   /**
-   * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
-   * binding when opened
+   * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this binding
+   * when opened
    */
   protected void addQuitHandler()
   {
@@ -2770,6 +2819,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   @Override
   public void setProgressBar(String message, long id)
   {
+           Platform.timeCheck("Desktop " + message, Platform.TIME_MARK);     
+
     if (progressBars == null)
     {
       progressBars = new Hashtable<>();
@@ -2846,9 +2897,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   }
 
   /**
-   * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
-   * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
-   * av.
+   * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance. It
+   * will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av.
    * 
    * @param viewport
    * @return alignFrame for viewport
@@ -3188,34 +3238,45 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     block.release();
   }
 
+  /**
+   * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
+   * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
+   * has been set). The file name is generated as
+   * 
+   * <pre>
+   * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
+   * </pre>
+   */
   @Override
   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
+    // currently the menu option to do this is not shown
     invalidate();
-    File of;
-    ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
-            this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
-            getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
-                    + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
-            "View of desktop", null, 0, false);
-    try
-    {
-      paintAll(im.getGraphics());
-      im.writeImage();
-    } catch (Exception q)
+
+    int width = getWidth();
+    int height = getHeight();
+    File of = new File(
+            "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
+    ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
     {
-      Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
-              q);
-      return;
-    }
-    Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
-            + of.getAbsolutePath());
+      @Override
+      public void exportImage(Graphics g) throws Exception
+      {
+        paintAll(g);
+        Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
+                + of.getAbsolutePath());
+      }
+    };
+    String title = "View of desktop";
+    ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
+            title);
+    exporter.doExport(of, this, width, height, title);
   }
 
   /**
    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
-   * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
-   * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
+   * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size and
+   * location last time the view was expanded (if any). However it does not
    * remember the split pane divider location - this is set to match the
    * 'exploding' frame.
    * 
@@ -3381,11 +3442,31 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
    *          - the payload from the drop event
    * @throws Exception
    */
-  public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
+  public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
           Transferable t) throws Exception
   {
 
+    // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from SwingJS
+
+    // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
+    // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
+    // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
+    // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
+    // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
+    // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
+    // File file = (File) list.get(j);
+    // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
+    // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
+    // evt.getLocation());
+    // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget) evt.getSource()).getComponent();
+    // target.setText(new String(data));
+    // }
+    // dtde.dropComplete(true);
+    // return;
+    // }
+    //
+
     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
     try
@@ -3415,7 +3496,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
         }
         else
         {
-          if (Platform.isAMac())
+          if (Platform.isAMacAndNotJS())
           {
             System.err.println(
                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
@@ -3434,7 +3515,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       for (Object file : (List) t
               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
       {
-        files.add(((File) file).toString());
+        files.add(file);
         protocols.add(DataSourceType.FILE);
       }
     }
@@ -3532,22 +3613,23 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
         }
       }
     }
-    if (Platform.isWindows())
-
+    if (Platform.isWindowsAndNotJS())
     {
       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
 
       // resolve any .lnk files in the file drop
       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
       {
-        String source = files.get(f).toLowerCase();
+        String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
                         || source.endsWith(".site")))
         {
           try
           {
-            File lf = new File(files.get(f));
+            Object obj = files.get(f);
+            File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
+                    : new File((String) obj));
             // process link file to get a URL
             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
@@ -3578,10 +3660,10 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   }
 
   /**
-   * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
-   * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
-   * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
-   * specified alignment panel.
+   * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently for
+   * either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally be
+   * restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a specified
+   * alignment panel.
    * 
    * @param apanel
    *          if not null, only return viewers linked to this panel