JAL-1620 version bump and release notes
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Setting.java
index e7ea921..bf942b9 100644 (file)
@@ -1,14 +1,27 @@
 /*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  */
-
 package jalview.schemabinding.version2;
 
-  //---------------------------------/
- //- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -19,648 +32,671 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Setting implements java.io.Serializable {
-
-
-      //--------------------------/
-     //- Class/Member Variables -/
-    //--------------------------/
-
-    /**
-     * Field _type.
-     */
-    private java.lang.String _type;
-
-    /**
-     * Field _colour.
-     */
-    private int _colour;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _colour
-     */
-    private boolean _has_colour;
-
-    /**
-     * Field _display.
-     */
-    private boolean _display;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _display
-     */
-    private boolean _has_display;
-
-    /**
-     * Field _order.
-     */
-    private float _order;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _order
-     */
-    private boolean _has_order;
-
-    /**
-     * Optional minimum colour for graduated feature colour
-     */
-    private int _mincolour;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _mincolour
-     */
-    private boolean _has_mincolour;
-
-    /**
-     * threshold value for graduated feature colour
-     */
-    private float _threshold;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _threshold
-     */
-    private boolean _has_threshold;
-
-    /**
-     * threshold type for graduated feature colour
-     */
-    private int _threshstate;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _threshstate
-     */
-    private boolean _has_threshstate;
-
-    /**
-     * Field _max.
-     */
-    private float _max;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _max
-     */
-    private boolean _has_max;
-
-    /**
-     * Field _min.
-     */
-    private float _min;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _min
-     */
-    private boolean _has_min;
-
-    /**
-     * Field _colourByLabel.
-     */
-    private boolean _colourByLabel;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _colourByLabel
-     */
-    private boolean _has_colourByLabel;
-
-    /**
-     * Field _autoScale.
-     */
-    private boolean _autoScale;
-
-    /**
-     * keeps track of state for field: _autoScale
-     */
-    private boolean _has_autoScale;
-
-
-      //----------------/
-     //- Constructors -/
-    //----------------/
-
-    public Setting() {
-        super();
-    }
-
-
-      //-----------/
-     //- Methods -/
-    //-----------/
-
-    /**
-     */
-    public void deleteAutoScale(
-    ) {
-        this._has_autoScale= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteColour(
-    ) {
-        this._has_colour= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteColourByLabel(
-    ) {
-        this._has_colourByLabel= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteDisplay(
-    ) {
-        this._has_display= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteMax(
-    ) {
-        this._has_max= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteMin(
-    ) {
-        this._has_min= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteMincolour(
-    ) {
-        this._has_mincolour= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteOrder(
-    ) {
-        this._has_order= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteThreshold(
-    ) {
-        this._has_threshold= false;
-    }
-
-    /**
-     */
-    public void deleteThreshstate(
-    ) {
-        this._has_threshstate= false;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'autoScale'.
-     * 
-     * @return the value of field 'AutoScale'.
-     */
-    public boolean getAutoScale(
-    ) {
-        return this._autoScale;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'colour'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Colour'.
-     */
-    public int getColour(
-    ) {
-        return this._colour;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'colourByLabel'.
-     * 
-     * @return the value of field 'ColourByLabel'.
-     */
-    public boolean getColourByLabel(
-    ) {
-        return this._colourByLabel;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'display'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Display'.
-     */
-    public boolean getDisplay(
-    ) {
-        return this._display;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'max'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Max'.
-     */
-    public float getMax(
-    ) {
-        return this._max;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'min'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Min'.
-     */
-    public float getMin(
-    ) {
-        return this._min;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'mincolour'. The field
-     * 'mincolour' has the following description: Optional minimum
-     * colour for graduated feature colour
-     * 
-     * @return the value of field 'Mincolour'.
-     */
-    public int getMincolour(
-    ) {
-        return this._mincolour;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'order'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Order'.
-     */
-    public float getOrder(
-    ) {
-        return this._order;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'threshold'. The field
-     * 'threshold' has the following description: threshold value
-     * for graduated feature colour
-     * 
-     * @return the value of field 'Threshold'.
-     */
-    public float getThreshold(
-    ) {
-        return this._threshold;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'threshstate'. The field
-     * 'threshstate' has the following description: threshold type
-     * for graduated feature colour
-     * 
-     * @return the value of field 'Threshstate'.
-     */
-    public int getThreshstate(
-    ) {
-        return this._threshstate;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'type'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Type'.
-     */
-    public java.lang.String getType(
-    ) {
-        return this._type;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasAutoScale.
-     * 
-     * @return true if at least one AutoScale has been added
-     */
-    public boolean hasAutoScale(
-    ) {
-        return this._has_autoScale;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasColour.
-     * 
-     * @return true if at least one Colour has been added
-     */
-    public boolean hasColour(
-    ) {
-        return this._has_colour;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasColourByLabel.
-     * 
-     * @return true if at least one ColourByLabel has been added
-     */
-    public boolean hasColourByLabel(
-    ) {
-        return this._has_colourByLabel;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasDisplay.
-     * 
-     * @return true if at least one Display has been added
-     */
-    public boolean hasDisplay(
-    ) {
-        return this._has_display;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasMax.
-     * 
-     * @return true if at least one Max has been added
-     */
-    public boolean hasMax(
-    ) {
-        return this._has_max;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasMin.
-     * 
-     * @return true if at least one Min has been added
-     */
-    public boolean hasMin(
-    ) {
-        return this._has_min;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasMincolour.
-     * 
-     * @return true if at least one Mincolour has been added
-     */
-    public boolean hasMincolour(
-    ) {
-        return this._has_mincolour;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasOrder.
-     * 
-     * @return true if at least one Order has been added
-     */
-    public boolean hasOrder(
-    ) {
-        return this._has_order;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasThreshold.
-     * 
-     * @return true if at least one Threshold has been added
-     */
-    public boolean hasThreshold(
-    ) {
-        return this._has_threshold;
-    }
-
-    /**
-     * Method hasThreshstate.
-     * 
-     * @return true if at least one Threshstate has been added
-     */
-    public boolean hasThreshstate(
-    ) {
-        return this._has_threshstate;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'autoScale'.
-     * 
-     * @return the value of field 'AutoScale'.
-     */
-    public boolean isAutoScale(
-    ) {
-        return this._autoScale;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'colourByLabel'.
-     * 
-     * @return the value of field 'ColourByLabel'.
-     */
-    public boolean isColourByLabel(
-    ) {
-        return this._colourByLabel;
-    }
-
-    /**
-     * Returns the value of field 'display'.
-     * 
-     * @return the value of field 'Display'.
-     */
-    public boolean isDisplay(
-    ) {
-        return this._display;
-    }
-
-    /**
-     * Method isValid.
-     * 
-     * @return true if this object is valid according to the schema
-     */
-    public boolean isValid(
-    ) {
-        try {
-            validate();
-        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
-            return false;
-        }
-        return true;
-    }
-
-    /**
-     * 
-     * 
-     * @param out
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     */
-    public void marshal(
-            final java.io.Writer out)
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        Marshaller.marshal(this, out);
-    }
-
-    /**
-     * 
-     * 
-     * @param handler
-     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
-     * marshaling
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
-     */
-    public void marshal(
-            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        Marshaller.marshal(this, handler);
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'autoScale'.
-     * 
-     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.
-     */
-    public void setAutoScale(
-            final boolean autoScale) {
-        this._autoScale = autoScale;
-        this._has_autoScale = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'colour'.
-     * 
-     * @param colour the value of field 'colour'.
-     */
-    public void setColour(
-            final int colour) {
-        this._colour = colour;
-        this._has_colour = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'colourByLabel'.
-     * 
-     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.
-     */
-    public void setColourByLabel(
-            final boolean colourByLabel) {
-        this._colourByLabel = colourByLabel;
-        this._has_colourByLabel = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'display'.
-     * 
-     * @param display the value of field 'display'.
-     */
-    public void setDisplay(
-            final boolean display) {
-        this._display = display;
-        this._has_display = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'max'.
-     * 
-     * @param max the value of field 'max'.
-     */
-    public void setMax(
-            final float max) {
-        this._max = max;
-        this._has_max = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'min'.
-     * 
-     * @param min the value of field 'min'.
-     */
-    public void setMin(
-            final float min) {
-        this._min = min;
-        this._has_min = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour'
-     * has the following description: Optional minimum colour for
-     * graduated feature colour
-     * 
-     * @param mincolour the value of field 'mincolour'.
-     */
-    public void setMincolour(
-            final int mincolour) {
-        this._mincolour = mincolour;
-        this._has_mincolour = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'order'.
-     * 
-     * @param order the value of field 'order'.
-     */
-    public void setOrder(
-            final float order) {
-        this._order = order;
-        this._has_order = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'threshold'. The field 'threshold'
-     * has the following description: threshold value for graduated
-     * feature colour
-     * 
-     * @param threshold the value of field 'threshold'.
-     */
-    public void setThreshold(
-            final float threshold) {
-        this._threshold = threshold;
-        this._has_threshold = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'threshstate'. The field
-     * 'threshstate' has the following description: threshold type
-     * for graduated feature colour
-     * 
-     * @param threshstate the value of field 'threshstate'.
-     */
-    public void setThreshstate(
-            final int threshstate) {
-        this._threshstate = threshstate;
-        this._has_threshstate = true;
-    }
-
-    /**
-     * Sets the value of field 'type'.
-     * 
-     * @param type the value of field 'type'.
-     */
-    public void setType(
-            final java.lang.String type) {
-        this._type = type;
-    }
-
-    /**
-     * Method unmarshal.
-     * 
-     * @param reader
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Settin
-     */
-    public static jalview.schemabinding.version2.Setting unmarshal(
-            final java.io.Reader reader)
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Setting.class, reader);
-    }
-
-    /**
-     * 
-     * 
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
-     * object is an invalid instance according to the schema
-     */
-    public void validate(
-    )
-    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
-        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-        validator.validate(this);
-    }
+public class Setting implements java.io.Serializable
+{
+
+  // --------------------------/
+  // - Class/Member Variables -/
+  // --------------------------/
+
+  /**
+   * Field _type.
+   */
+  private java.lang.String _type;
+
+  /**
+   * Field _colour.
+   */
+  private int _colour;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _colour
+   */
+  private boolean _has_colour;
+
+  /**
+   * Field _display.
+   */
+  private boolean _display;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _display
+   */
+  private boolean _has_display;
+
+  /**
+   * Field _order.
+   */
+  private float _order;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _order
+   */
+  private boolean _has_order;
+
+  /**
+   * Optional minimum colour for graduated feature colour
+   * 
+   */
+  private int _mincolour;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _mincolour
+   */
+  private boolean _has_mincolour;
+
+  /**
+   * threshold value for graduated feature colour
+   * 
+   */
+  private float _threshold;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _threshold
+   */
+  private boolean _has_threshold;
+
+  /**
+   * threshold type for graduated feature colour
+   * 
+   */
+  private int _threshstate;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _threshstate
+   */
+  private boolean _has_threshstate;
+
+  /**
+   * Field _max.
+   */
+  private float _max;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _max
+   */
+  private boolean _has_max;
+
+  /**
+   * Field _min.
+   */
+  private float _min;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _min
+   */
+  private boolean _has_min;
+
+  /**
+   * Field _colourByLabel.
+   */
+  private boolean _colourByLabel;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _colourByLabel
+   */
+  private boolean _has_colourByLabel;
+
+  /**
+   * Field _autoScale.
+   */
+  private boolean _autoScale;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _autoScale
+   */
+  private boolean _has_autoScale;
+
+  // ----------------/
+  // - Constructors -/
+  // ----------------/
+
+  public Setting()
+  {
+    super();
+  }
+
+  // -----------/
+  // - Methods -/
+  // -----------/
+
+  /**
+     */
+  public void deleteAutoScale()
+  {
+    this._has_autoScale = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteColour()
+  {
+    this._has_colour = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteColourByLabel()
+  {
+    this._has_colourByLabel = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteDisplay()
+  {
+    this._has_display = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteMax()
+  {
+    this._has_max = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteMin()
+  {
+    this._has_min = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteMincolour()
+  {
+    this._has_mincolour = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteOrder()
+  {
+    this._has_order = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteThreshold()
+  {
+    this._has_threshold = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteThreshstate()
+  {
+    this._has_threshstate = false;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'autoScale'.
+   * 
+   * @return the value of field 'AutoScale'.
+   */
+  public boolean getAutoScale()
+  {
+    return this._autoScale;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'colour'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Colour'.
+   */
+  public int getColour()
+  {
+    return this._colour;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'colourByLabel'.
+   * 
+   * @return the value of field 'ColourByLabel'.
+   */
+  public boolean getColourByLabel()
+  {
+    return this._colourByLabel;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'display'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Display'.
+   */
+  public boolean getDisplay()
+  {
+    return this._display;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'max'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Max'.
+   */
+  public float getMax()
+  {
+    return this._max;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'min'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Min'.
+   */
+  public float getMin()
+  {
+    return this._min;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour' has the
+   * following description: Optional minimum colour for graduated feature colour
+   * 
+   * 
+   * @return the value of field 'Mincolour'.
+   */
+  public int getMincolour()
+  {
+    return this._mincolour;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'order'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Order'.
+   */
+  public float getOrder()
+  {
+    return this._order;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'threshold'. The field 'threshold' has the
+   * following description: threshold value for graduated feature colour
+   * 
+   * 
+   * @return the value of field 'Threshold'.
+   */
+  public float getThreshold()
+  {
+    return this._threshold;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'threshstate'. The field 'threshstate' has the
+   * following description: threshold type for graduated feature colour
+   * 
+   * 
+   * @return the value of field 'Threshstate'.
+   */
+  public int getThreshstate()
+  {
+    return this._threshstate;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'type'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Type'.
+   */
+  public java.lang.String getType()
+  {
+    return this._type;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasAutoScale.
+   * 
+   * @return true if at least one AutoScale has been added
+   */
+  public boolean hasAutoScale()
+  {
+    return this._has_autoScale;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasColour.
+   * 
+   * @return true if at least one Colour has been added
+   */
+  public boolean hasColour()
+  {
+    return this._has_colour;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasColourByLabel.
+   * 
+   * @return true if at least one ColourByLabel has been added
+   */
+  public boolean hasColourByLabel()
+  {
+    return this._has_colourByLabel;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasDisplay.
+   * 
+   * @return true if at least one Display has been added
+   */
+  public boolean hasDisplay()
+  {
+    return this._has_display;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasMax.
+   * 
+   * @return true if at least one Max has been added
+   */
+  public boolean hasMax()
+  {
+    return this._has_max;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasMin.
+   * 
+   * @return true if at least one Min has been added
+   */
+  public boolean hasMin()
+  {
+    return this._has_min;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasMincolour.
+   * 
+   * @return true if at least one Mincolour has been added
+   */
+  public boolean hasMincolour()
+  {
+    return this._has_mincolour;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasOrder.
+   * 
+   * @return true if at least one Order has been added
+   */
+  public boolean hasOrder()
+  {
+    return this._has_order;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasThreshold.
+   * 
+   * @return true if at least one Threshold has been added
+   */
+  public boolean hasThreshold()
+  {
+    return this._has_threshold;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasThreshstate.
+   * 
+   * @return true if at least one Threshstate has been added
+   */
+  public boolean hasThreshstate()
+  {
+    return this._has_threshstate;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'autoScale'.
+   * 
+   * @return the value of field 'AutoScale'.
+   */
+  public boolean isAutoScale()
+  {
+    return this._autoScale;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'colourByLabel'.
+   * 
+   * @return the value of field 'ColourByLabel'.
+   */
+  public boolean isColourByLabel()
+  {
+    return this._colourByLabel;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'display'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Display'.
+   */
+  public boolean isDisplay()
+  {
+    return this._display;
+  }
+
+  /**
+   * Method isValid.
+   * 
+   * @return true if this object is valid according to the schema
+   */
+  public boolean isValid()
+  {
+    try
+    {
+      validate();
+    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
+    {
+      return false;
+    }
+    return true;
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param out
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void marshal(final java.io.Writer out)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, out);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param handler
+   * @throws java.io.IOException
+   *           if an IOException occurs during marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   */
+  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+          throws java.io.IOException,
+          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, handler);
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'autoScale'.
+   * 
+   * @param autoScale
+   *          the value of field 'autoScale'.
+   */
+  public void setAutoScale(final boolean autoScale)
+  {
+    this._autoScale = autoScale;
+    this._has_autoScale = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'colour'.
+   * 
+   * @param colour
+   *          the value of field 'colour'.
+   */
+  public void setColour(final int colour)
+  {
+    this._colour = colour;
+    this._has_colour = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'colourByLabel'.
+   * 
+   * @param colourByLabel
+   *          the value of field 'colourByLabel'.
+   */
+  public void setColourByLabel(final boolean colourByLabel)
+  {
+    this._colourByLabel = colourByLabel;
+    this._has_colourByLabel = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'display'.
+   * 
+   * @param display
+   *          the value of field 'display'.
+   */
+  public void setDisplay(final boolean display)
+  {
+    this._display = display;
+    this._has_display = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'max'.
+   * 
+   * @param max
+   *          the value of field 'max'.
+   */
+  public void setMax(final float max)
+  {
+    this._max = max;
+    this._has_max = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'min'.
+   * 
+   * @param min
+   *          the value of field 'min'.
+   */
+  public void setMin(final float min)
+  {
+    this._min = min;
+    this._has_min = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour' has the
+   * following description: Optional minimum colour for graduated feature colour
+   * 
+   * 
+   * @param mincolour
+   *          the value of field 'mincolour'.
+   */
+  public void setMincolour(final int mincolour)
+  {
+    this._mincolour = mincolour;
+    this._has_mincolour = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'order'.
+   * 
+   * @param order
+   *          the value of field 'order'.
+   */
+  public void setOrder(final float order)
+  {
+    this._order = order;
+    this._has_order = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'threshold'. The field 'threshold' has the
+   * following description: threshold value for graduated feature colour
+   * 
+   * 
+   * @param threshold
+   *          the value of field 'threshold'.
+   */
+  public void setThreshold(final float threshold)
+  {
+    this._threshold = threshold;
+    this._has_threshold = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'threshstate'. The field 'threshstate' has the
+   * following description: threshold type for graduated feature colour
+   * 
+   * 
+   * @param threshstate
+   *          the value of field 'threshstate'.
+   */
+  public void setThreshstate(final int threshstate)
+  {
+    this._threshstate = threshstate;
+    this._has_threshstate = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'type'.
+   * 
+   * @param type
+   *          the value of field 'type'.
+   */
+  public void setType(final java.lang.String type)
+  {
+    this._type = type;
+  }
+
+  /**
+   * Method unmarshal.
+   * 
+   * @param reader
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Settin
+   */
+  public static jalview.schemabinding.version2.Setting unmarshal(
+          final java.io.Reader reader)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) Unmarshaller.unmarshal(
+            jalview.schemabinding.version2.Setting.class, reader);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+    validator.validate(this);
+  }
 
 }