JAL-3438 spotless for 2.11.2.0
[jalview.git] / src / jalview / util / Platform.java
index 286ded1..573e2d5 100644 (file)
  */
 package jalview.util;
 
+import jalview.javascript.json.JSON;
+
 import java.awt.Toolkit;
 import java.awt.event.MouseEvent;
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileOutputStream;
+import java.io.FileReader;
+import java.io.IOException;
+import java.io.InputStream;
+import java.io.InputStreamReader;
+import java.io.Reader;
+import java.net.URL;
+import java.util.Properties;
 
 import javax.swing.SwingUtilities;
 
+import org.json.simple.parser.JSONParser;
+import org.json.simple.parser.ParseException;
+
 /**
  * System platform information used by Applet and Application
  * 
@@ -33,29 +48,49 @@ import javax.swing.SwingUtilities;
 public class Platform
 {
 
-  private static boolean isJS = /** @j2sNative true || */false;
+  private static boolean isJS = /** @j2sNative true || */
+          false;
+
+  private static Boolean isNoJSMac = null, isNoJSWin = null, isMac = null,
+          isWin = null, isLinux = null;
 
-  private static Boolean isNoJSMac = null, isNoJSWin = null, 
-                 isMac = null, isWin = null;
-  
   private static Boolean isHeadless = null;
 
   /**
    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
+   * 
    * @return
    */
   public static boolean isMac()
   {
-         return (isMac == null ? (isMac = (System.getProperty("os.name").indexOf("Mac") >= 0)) : isMac);
+    return (isMac == null
+            ? (isMac = (System.getProperty("os.name").indexOf("Mac") >= 0))
+            : isMac);
   }
 
   /**
    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
+   * 
+   * @return
+   */
+  public static boolean isWin()
+  {
+    return (isWin == null
+            ? (isWin = (System.getProperty("os.name").indexOf("Win") >= 0))
+            : isWin);
+  }
+
+  /**
+   * added to check LaF for Linux
+   * 
    * @return
    */
-  public static boolean isWin() 
+  public static boolean isLinux()
   {
-         return (isWin == null ? (isWin = (System.getProperty("os.name").indexOf("Win") >= 0)) : isWin);
+    return (isLinux == null
+            ? (isLinux = (System.getProperty("os.name")
+                    .indexOf("Linux") >= 0))
+            : isLinux);
   }
 
   /**
@@ -64,7 +99,7 @@ public class Platform
    */
   public static boolean isJS()
   {
-       return isJS;
+    return isJS;
   }
 
   /**
@@ -76,18 +111,18 @@ public class Platform
    */
   public static boolean isAMacAndNotJS()
   {
-       return (isNoJSMac == null ? (isNoJSMac = !isJS && isMac()) : isNoJSMac);
+    return (isNoJSMac == null ? (isNoJSMac = !isJS && isMac()) : isNoJSMac);
   }
 
-/**
+  /**
    * Check if we are on a Microsoft plaform...
    * 
    * @return true if we have to cope with another platform variation
    */
   public static boolean isWindowsAndNotJS()
   {
-       return (isNoJSWin == null ? (isNoJSWin = !isJS && isWin()) : isNoJSWin);
-   }
+    return (isNoJSWin == null ? (isNoJSWin = !isJS && isWin()) : isNoJSWin);
+  }
 
   /**
    * 
@@ -113,30 +148,22 @@ public class Platform
   }
 
   /**
-   * escape a string according to the local platform's escape character
+   * Answers the input with every backslash replaced with a double backslash (an
+   * 'escaped' single backslash)
    * 
-   * @param file
-   * @return escaped file
+   * @param s
+   * @return
    */
-  public static String escapeString(String file)
+  public static String escapeBackslashes(String s)
   {
-    StringBuffer f = new StringBuffer();
-    int p = 0, lastp = 0;
-    while ((p = file.indexOf('\\', lastp)) > -1)
-    {
-      f.append(file.subSequence(lastp, p));
-      f.append("\\\\");
-      lastp = p + 1;
-    }
-    f.append(file.substring(lastp));
-    return f.toString();
+    return s == null ? null : s.replace("\\", "\\\\");
   }
 
   /**
    * Answers true if the mouse event has Meta-down (Command key on Mac) or
    * Ctrl-down (on other o/s). Note this answers _false_ if the Ctrl key is
-   * pressed instead of the Meta/Cmd key on Mac. To test for Ctrl-pressed on Mac,
-   * you can use e.isPopupTrigger().
+   * pressed instead of the Meta/Cmd key on Mac. To test for Ctrl-pressed on
+   * Mac, you can use e.isPopupTrigger().
    * 
    * @param e
    * @return
@@ -155,70 +182,479 @@ public class Platform
    */
   protected static boolean isControlDown(MouseEvent e, boolean aMac)
   {
-    if (!aMac) {
-        return e.isControlDown();      
+    if (!aMac)
+    {
+      return e.isControlDown();
+
+      // Jalview 2.11 code below: above is as amended for JalviewJS
+      // /*
+      // * answer false for right mouse button
+      // */
+      // if (e.isPopupTrigger())
+      // {
+      // return false;
+      // }
+      // return
+      // (jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx() //
+      // .getMenuShortcutKeyMaskEx()
+      // & jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper
+      // .getModifiersEx(e)) != 0; // getModifiers()) != 0;
     }
-      // answer false for right mouse button
-      // shortcut key will be META for a Mac 
-    return !e.isPopupTrigger() 
-                 && (Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask() & e.getModifiers()) != 0;
-      // could we use e.isMetaDown() here?
+    // answer false for right mouse button
+    // shortcut key will be META for a Mac
+    return !e.isPopupTrigger()
+            && (Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()
+                    & e.getModifiers()) != 0;
+    // could we use e.isMetaDown() here?
   }
 
+  // BH: I don't know about that previous method. Here is what SwingJS uses.
+  // Notice the distinction in mouse events. (BUTTON3_MASK == META)
+  //
+  // private static boolean isPopupTrigger(int id, int mods, boolean isWin) {
+  // boolean rt = ((mods & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0);
+  // if (isWin) {
+  // if (id != MouseEvent.MOUSE_RELEASED)
+  // return false;
+  ////
+  //// // Oddly, Windows returns InputEvent.META_DOWN_MASK on release, though
+  //// // BUTTON3_DOWN_MASK for pressed. So here we just accept both.
+  ////
+  //// actually, we can use XXX_MASK, not XXX_DOWN_MASK and avoid this issue,
+  // because
+  //// J2S adds the appropriate extended (0x3FC0) and simple (0x3F) modifiers.
+  ////
+  // return rt;
+  // } else {
+  // // mac, linux, unix
+  // if (id != MouseEvent.MOUSE_PRESSED)
+  // return false;
+  // boolean lt = ((mods & InputEvent.BUTTON1_MASK) != 0);
+  // boolean ctrl = ((mods & InputEvent.CTRL_MASK) != 0);
+  // return rt || (ctrl && lt);
+  // }
+  // }
+  //
+
   /**
-   * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and right button
-   * to test for the right-mouse pressed event in Windows
-   * that would have opened a menu or a Mac. 
+   * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and right button to test for the
+   * right-mouse pressed event in Windows that would have opened a menu or a
+   * Mac.
    * 
    * @param e
    * @return
    */
-  public static boolean isWinRightButton(MouseEvent e) 
+  public static boolean isWinRightButton(MouseEvent e)
   {
-         // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS, 
+    // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS,
 
-         return isWin() && SwingUtilities.isRightMouseButton(e);
+    return isWin() && SwingUtilities.isRightMouseButton(e);
   }
-  
-  
+
   /**
-   * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and middle button -- for mouse wheeling 
+   * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and middle button -- for mouse wheeling
    * without pressing the button.
    * 
    * @param e
    * @return
    */
-  public static boolean isWinMiddleButton(MouseEvent e) 
+  public static boolean isWinMiddleButton(MouseEvent e)
   {
-       // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS
-         return isWin() && SwingUtilities.isMiddleMouseButton(e);
+    // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS
+    return isWin() && SwingUtilities.isMiddleMouseButton(e);
   }
 
-  public static boolean allowMnemonics() 
+  public static boolean allowMnemonics()
   {
-       return !isMac();
+    return !isMac();
   }
-  
+
   public final static int TIME_RESET = 0;
-  public final static int TIME_MARK  = 1;
-  
-  public static long time, mark;
-  
-  public static void timeCheck(String msg, int mode) {
-         switch (mode) {
-         case TIME_RESET:
-                 time = mark = System.currentTimeMillis();
-                 System.err.println("Platform: timer reset\t\t\t" + msg);
-                 break;
-         case TIME_MARK:
-                 long t = System.currentTimeMillis();
-                 if (time == 0)
-                         time = mark = t;
-                 System.err.println("Platform: timer mark\t" + ((t - time)/1000f) + "\t" + ((t - mark)/1000f) + "\t" + msg);
-                 mark = t;
-                 break;
-         }
-  }
-
-   
+
+  public final static int TIME_MARK = 1;
+
+  public static final int TIME_SET = 2;
+
+  public static final int TIME_GET = 3;
+
+  public static long time, mark, set, duration;
+
+  public static void timeCheck(String msg, int mode)
+  {
+    long t = System.currentTimeMillis();
+    switch (mode)
+    {
+    case TIME_RESET:
+      time = mark = t;
+      if (msg != null)
+      {
+        System.err.println("Platform: timer reset\t\t\t" + msg);
+      }
+      break;
+    case TIME_MARK:
+      if (set > 0)
+      {
+        duration += (t - set);
+      }
+      else
+      {
+        if (time == 0)
+        {
+          time = mark = t;
+        }
+        if (msg != null)
+        {
+          System.err.println("Platform: timer mark\t" + ((t - time) / 1000f)
+                  + "\t" + ((t - mark) / 1000f) + "\t" + msg);
+        }
+        mark = t;
+      }
+      break;
+    case TIME_SET:
+      set = t;
+      break;
+    case TIME_GET:
+      if (msg != null)
+      {
+        System.err.println("Platform: timer dur\t" + ((t - time) / 1000f)
+                + "\t" + ((duration) / 1000f) + "\t" + msg);
+      }
+      set = 0;
+      break;
+    }
+  }
+
+  public static void cacheFileData(String path, Object data)
+  {
+    if (!isJS() || data == null)
+    {
+      return;
+    }
+    /**
+     * @j2sNative
+     * 
+     *            swingjs.JSUtil.cacheFileData$S$O(path, data);
+     * 
+     */
+  }
+
+  public static void cacheFileData(File file)
+  {
+    byte[] data;
+    if (!isJS() || (data = Platform.getFileBytes(file)) == null)
+    {
+      return;
+    }
+    cacheFileData(file.toString(), data);
+  }
+
+  public static byte[] getFileBytes(File f)
+  {
+    return /** @j2sNative f && swingjs.JSUtil.getFileAsBytes$O(f) || */
+    null;
+  }
+
+  public static byte[] getFileAsBytes(String fileStr)
+  {
+    byte[] bytes = null;
+    // BH 2018 hack for no support for access-origin
+    /**
+     * @j2sNative bytes = swingjs.JSUtil.getFileAsBytes$O(fileStr)
+     */
+    cacheFileData(fileStr, bytes);
+    return bytes;
+  }
+
+  @SuppressWarnings("unused")
+  public static String getFileAsString(String url)
+  {
+    String ret = null;
+    /**
+     * @j2sNative
+     * 
+     *            ret = swingjs.JSUtil.getFileAsString$S(url);
+     * 
+     * 
+     */
+    cacheFileData(url, ret);
+    return ret;
+  }
+
+  public static boolean setFileBytes(File f, String urlstring)
+  {
+    if (!isJS())
+    {
+      return false;
+    }
+    @SuppressWarnings("unused")
+    byte[] bytes = getFileAsBytes(urlstring);
+    // TODO temporary doubling of ç§˜bytes and _bytes;
+    // just remove _bytes when new transpiler has been installed
+    /**
+     * @j2sNative f.\u79d8bytes = f._bytes = bytes;
+     */
+    return true;
+  }
+
+  public static void addJ2SBinaryType(String ext)
+  {
+    /**
+     * @j2sNative
+     * 
+     *            J2S._binaryTypes.push("." + ext + "?");
+     * 
+     */
+  }
+
+  /**
+   * Encode the URI using JavaScript encodeURIComponent
+   * 
+   * @param value
+   * @return encoded value
+   */
+  public static String encodeURI(String value)
+  {
+    /**
+     * @j2sNative value = encodeURIComponent(value);
+     */
+    return value;
+  }
+
+  /**
+   * Open the URL using a simple window call if this is JavaScript
+   * 
+   * @param url
+   * @return true if window has been opened
+   */
+  public static boolean openURL(String url)
+  {
+    if (!isJS())
+    {
+      return false;
+    }
+    /**
+     * @j2sNative
+     * 
+     * 
+     *            window.open(url);
+     */
+    return true;
+  }
+
+  public static String getUniqueAppletID()
+  {
+    /**
+     * @j2sNative return swingjs.JSUtil.getApplet$()._uniqueId;
+     *
+     */
+    return null;
+
+  }
+
+  /**
+   * Read the Info block for this applet.
+   * 
+   * @param prefix
+   *          "jalview_"
+   * @param p
+   * @return unique id for this applet
+   */
+  public static void readInfoProperties(String prefix, Properties p)
+  {
+    if (!isJS())
+    {
+      return;
+    }
+    String id = getUniqueAppletID();
+    String key = "", value = "";
+    /**
+     * @j2sNative var info = swingjs.JSUtil.getApplet$().__Info || {}; for (var
+     *            key in info) { if (key.indexOf(prefix) == 0) { value = "" +
+     *            info[key];
+     */
+
+    System.out.println(
+            "Platform id=" + id + " reading Info." + key + " = " + value);
+    p.put(id + "_" + key, value);
+
+    /**
+     * @j2sNative
+     * 
+     * 
+     *            } }
+     */
+  }
+
+  public static void setAjaxJSON(URL url)
+  {
+    if (isJS())
+    {
+      JSON.setAjax(url);
+    }
+  }
+
+  public static Object parseJSON(InputStream response)
+          throws IOException, ParseException
+  {
+    if (isJS())
+    {
+      return JSON.parse(response);
+    }
+
+    BufferedReader br = null;
+    try
+    {
+      br = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
+      return new JSONParser().parse(br);
+    } finally
+    {
+      if (br != null)
+      {
+        try
+        {
+          br.close();
+        } catch (IOException e)
+        {
+          // ignore
+        }
+      }
+    }
+  }
+
+  public static Object parseJSON(String json) throws ParseException
+  {
+    return (isJS() ? JSON.parse(json) : new JSONParser().parse(json));
+  }
+
+  public static Object parseJSON(Reader r)
+          throws IOException, ParseException
+  {
+    if (r == null)
+    {
+      return null;
+    }
+
+    if (!isJS())
+    {
+      return new JSONParser().parse(r);
+    }
+    // Using a file reader is not currently supported in SwingJS JavaScript
+
+    if (r instanceof FileReader)
+    {
+      throw new IOException(
+              "StringJS does not support FileReader parsing for JSON -- but it could...");
+    }
+    return JSON.parse(r);
+
+  }
+
+  /**
+   * Dump the input stream to an output file.
+   * 
+   * @param is
+   * @param outFile
+   * @throws IOException
+   *           if the file cannot be created or there is a problem reading the
+   *           input stream.
+   */
+  public static void streamToFile(InputStream is, File outFile)
+          throws IOException
+  {
+    if (isJS() && /**
+                   * @j2sNative outFile.setBytes$O && outFile.setBytes$O(is) &&
+                   */
+            true)
+    {
+      return;
+    }
+    FileOutputStream fio = new FileOutputStream(outFile);
+    try
+    {
+      byte[] bb = new byte[32 * 1024];
+      int l;
+      while ((l = is.read(bb)) > 0)
+      {
+        fio.write(bb, 0, l);
+      }
+    } finally
+    {
+      fio.close();
+    }
+  }
+
+  /**
+   * Add a known domain that implements access-control-allow-origin:*
+   * 
+   * These should be reviewed periodically.
+   * 
+   * @param domain
+   *          for a service that is not allowing ajax
+   * 
+   * @author hansonr@stolaf.edu
+   * 
+   */
+  public static void addJ2SDirectDatabaseCall(String domain)
+  {
+
+    if (isJS())
+    {
+      System.out.println(
+              "Platform adding known access-control-allow-origin * for domain "
+                      + domain);
+      /**
+       * @j2sNative
+       * 
+       *            J2S.addDirectDatabaseCall(domain);
+       */
+    }
+
+  }
+
+  public static void getURLCommandArguments()
+  {
+    try
+    {
+      /**
+       * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview. Include
+       * only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's
+       * __Info.args element to this value.
+       * 
+       * @j2sNative var a =
+       *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
+       *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]); a &&
+       *            (System.out.println("URL arguments detected were "+a)) &&
+       *            (J2S.thisApplet.__Info.urlargs = a.split(" "));
+       *            (!J2S.thisApplet.__Info.args || J2S.thisApplet.__Info.args
+       *            == "" || J2S.thisApplet.__Info.args == "??") &&
+       *            (J2S.thisApplet.__Info.args = a) && (System.out.println("URL
+       *            arguments were passed to J2S main."));
+       */
+    } catch (Throwable t)
+    {
+    }
+  }
+
+  /**
+   * A (case sensitive) file path comparator that ignores the difference between
+   * / and \
+   * 
+   * @param path1
+   * @param path2
+   * @return
+   */
+  public static boolean pathEquals(String path1, String path2)
+  {
+    if (path1 == null)
+    {
+      return path2 == null;
+    }
+    if (path2 == null)
+    {
+      return false;
+    }
+    String p1 = path1.replace('\\', '/');
+    String p2 = path2.replace('\\', '/');
+    return p1.equals(p2);
+  }
 }