update author list in license for (JAL-826)
[jalview.git] / src / jalview / util / ShiftList.java
index be416dc..e57b872 100644 (file)
@@ -1,20 +1,19 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  * \r
- * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
- * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * This file is part of Jalview.\r
  * \r
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
- * GNU General Public License for more details.\r
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
- * along with this program; if not, write to the Free Software\r
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  */\r
 package jalview.util;\r
 \r
@@ -38,9 +37,9 @@ public class ShiftList
    * addShift\r
    * \r
    * @param pos\r
-   *                start position for shift (in original reference frame)\r
+   *          start position for shift (in original reference frame)\r
    * @param shift\r
-   *                length of shift\r
+   *          length of shift\r
    */\r
   public void addShift(int pos, int shift)\r
   {\r
@@ -66,7 +65,7 @@ public class ShiftList
    * shift\r
    * \r
    * @param pos\r
-   *                int\r
+   *          int\r
    * @return int shifted position\r
    */\r
   public int shift(int pos)\r
@@ -118,8 +117,8 @@ public class ShiftList
   }\r
 \r
   /**\r
-   * parse a 1d map of position 1<i<n to L<pos[i]<N such as that returned\r
-   * from SequenceI.gapMap()\r
+   * parse a 1d map of position 1<i<n to L<pos[i]<N such as that returned from\r
+   * SequenceI.gapMap()\r
    * \r
    * @param gapMap\r
    * @return shifts from map index to mapped position\r