JAL-3251 added optional attributes Sequence.biotype, Mapping.mappingType
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Fri, 7 Jun 2019 13:03:58 +0000 (14:03 +0100)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Fri, 7 Jun 2019 13:20:04 +0000 (14:20 +0100)
Conflicts:
src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationColourScheme.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleMatrix.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleVector.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MapListType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java
src/jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/jalview/PcaDataType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ThresholdType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.java
src/jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/package-info.java

26 files changed:
schemas/vamsas.xsd
src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationColourScheme.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleMatrix.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleVector.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MapListType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java
src/jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/jalview/PcaDataType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ThresholdType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.java
src/jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/package-info.java

index 2ef0c15..20c19dd 100755 (executable)
                                                        </xs:element>
                                                </xs:choice>
                                        </xs:sequence>
+                                       <xs:attribute name="mappingType" type="xs:string" use="optional">
+                                               <xs:annotation>
+                                                       <xs:documentation>Biotype of the mapping e.g. CdsToPeptide</xs:documentation>
+                                               </xs:annotation>
+                                       </xs:attribute>
                                </xs:extension>
                        </xs:complexContent>    
                </xs:complexType>
                                                        </xs:documentation>
                                                </xs:annotation>
                                        </xs:attribute>
+                                       <xs:attribute name="biotype" type="xs:string" use="optional">
+                                               <xs:annotation>
+                                                       <xs:documentation>
+                                                               Biotype of the sequence (if known)
+                                                       </xs:documentation>
+                                               </xs:annotation>
+                                       </xs:attribute>
                                </xs:extension>
                        </xs:complexContent>
                </xs:complexType>
index 83f1ee2..3e84f59 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index 0dbcad0..3149d77 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
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 //
 
 
@@ -10,6 +10,7 @@ package jalview.xml.binding.jalview;
 
 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
+import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
@@ -41,6 +42,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  *           &lt;/element>
  *         &lt;/choice>
  *       &lt;/sequence>
+ *       &lt;attribute name="mappingType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *     &lt;/extension>
  *   &lt;/complexContent>
  * &lt;/complexType>
@@ -61,6 +63,8 @@ public class Mapping
     @XmlElement(name = "Sequence")
     protected Sequence sequence;
     protected String dseqFor;
+    @XmlAttribute(name = "mappingType")
+    protected String mappingType;
 
     /**
      * Gets the value of the sequence property.
@@ -110,4 +114,28 @@ public class Mapping
         this.dseqFor = value;
     }
 
+    /**
+     * Gets the value of the mappingType property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public String getMappingType() {
+        return mappingType;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the mappingType property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setMappingType(String value) {
+        this.mappingType = value;
+    }
+
 }
index 15fc45d..e13c4c5 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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+// Generated on: 2019.06.07 at 02:14:40 PM BST 
 //
 
 
index 6858f07..5063042 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
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+// Generated on: 2019.06.07 at 02:14:40 PM BST 
 //
 
 
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 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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-// Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
+// Generated on: 2019.06.07 at 02:14:40 PM BST 
 //
 
 
index 843ea6c..9f0bf91 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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-// Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
+// Generated on: 2019.06.07 at 02:14:40 PM BST 
 //
 
 
index 4442017..8da342c 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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-// Generated on: 2019.02.06 at 10:59:19 AM GMT 
+// Generated on: 2019.06.07 at 02:14:40 PM BST 
 //
 
 
@@ -45,6 +45,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  *         &lt;/element>
  *       &lt;/sequence>
  *       &lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *     &lt;/extension>
  *   &lt;/complexContent>
  * &lt;/complexType>
@@ -65,6 +66,8 @@ public class Sequence
     protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
     @XmlAttribute(name = "dsseqid")
     protected String dsseqid;
+    @XmlAttribute(name = "biotype")
+    protected String biotype;
 
     /**
      * Gets the value of the dbRef property.
@@ -119,6 +122,30 @@ public class Sequence
         this.dsseqid = value;
     }
 
+    /**
+     * Gets the value of the biotype property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public String getBiotype() {
+        return biotype;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the biotype property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setBiotype(String value) {
+        this.biotype = value;
+    }
+
 
     /**
      * <p>Java class for anonymous complex type.
index 0fc7771..d187631 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
+// Generated on: 2019.06.07 at 02:14:40 PM BST 
 //
 
 
index 07b8c24..46f5fa6 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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