tidying for 2.5 release
authorjprocter <Jim Procter>
Fri, 30 Apr 2010 14:10:29 +0000 (14:10 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Fri, 30 Apr 2010 14:10:29 +0000 (14:10 +0000)
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index 19bd13a..e18e273 100755 (executable)
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
---!>
-<head>
-<title>Release History</title>
-</head>
-<body>
-<p><strong>Release History</strong></p>
-<table border="1">
-       <tr>
-               <td width="60" nowrap>
-               <div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div>
-               </td>
-               <td>
-               <div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div>
-               </td>
-               <td>
-               <div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-
-               <td>
-               <div align="center"><strong>2.5</strong><br>
-               <em>30/4/2010</em></div>
-               </td>
-               <td>
-               <em>New Capabilities</em>
-               <ul>
-                       <li>URL links generated from description line for
-                       regular-expression based URL links (applet and application)
-                       <li>Non-positional feature URL links are shown in link menu</li>
-                       <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and structures</li>
-                       <li>Automatic Scrolling option in View menu to display the
-                       currently highlighted region of an alignment.</li>
-                       <li>Order an alignment by sequence length, or using the average score or total feature count for each sequence.</li>
-                       <li>Shading features by score or associated description</li>
-                       <li>Subdivide alignment and groups based on identity of selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
-                       <li>New hide/show options including Shift+Control+H to hide everything but the currently selected region.</li>
-                       <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
-</ul>
-<em>Application</em>
-<ul>
-       <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to support
-       retrieval from DAS sequence sources</li>
-       <li>Local DAS Sequence sources can be added via the command line
-       or via the Add local source dialog box.</li>
-       <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as database
-       references and protein_name is parsed as description line (BioSapiens
-       terms).</li>
-       <li>Enable or disable non-positional feature and database
-       references in sequence ID tooltip from View menu in application.</li>
-       <!--                    <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
-                       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
-       <li>Group-associated consensus, sequence logos and conservation
-       plots</li>
-       <li>Symbol distributions for each column can be exported and
-       visualized as sequence logos</li>
-       <li>Optionally scale multi-character column labels to fit within
-       each column of annotation row<!-- todo for applet --></li>
-       <li>Optional automatic sort of associated alignment view when a
-       new tree is opened.</li>
-       <li>Jalview Java Console</li>
-       <li>New preference items for sequence ID tooltip and consensus
-       annotation</li>
-       <li>Client to submit sequences and IDs to <a
-               href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a> Workflows</li>
-       <li><em>Vamsas Capabilities</em>
-       <ul>
-               <li>Improved VAMSAS synchronization (jalview archive used to
-               preserve views, structures, and tree display settings)</li>
-               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via command line</li>
-               <li>Sharing of selected regions between views and with other
-               VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
-               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
-       </ul>
-       </li>
-</ul>
-<em>Applet</em>
-<ul>
-       <li>Middle button resizes annotation row height</li>
-       <li>New Parameters
-       <ul>
-               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the associated
-               alignment view by the tree when a new tree is opened.</li>
-               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide branch
-               bootstraps (default is to show them if available)</li>
-               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide branch lengths
-               (default is to show them if available)</li>
-               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if unassociated
-               nodes should be highlighted in the tree view</li>
-               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) - increase the
-               height or width of a cell in the alignment grid relative to the
-               current font size.</li>
-       </ul>
-       </li>
-       <li>Non-positional features displayed in sequence ID tooltip</li>
-</ul>
-<em>Other</em>
-<ul>
-       <li>Features format: graduated colour definitions and
-       specification of feature scores</li>
-       <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
-       associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display properties
-       (ROW_PROPERTIES)</li>
-       <li>XML formats extended to support graduated feature
-       colourschemes, group associated annotation, and profile visualization
-       settings.</li>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Source field in GFF files parsed as feature source rather
-               than description</li>
-               <li>Non-positional features are now included in sequence feature
-               and gff files (controlled via non-positional feature visibility in
-               tooltip).</li>
-               <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
-               <li>Added URL embedding instructions to features file
-               documentation.</li>
-               <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as 'X' in
-               peptide product</li>
-               <li>Match case switch in find dialog box works for both sequence
-               ID and sequence string and query strings do not have to be in upper
-               case to match case-insensitively.</li>
-               <li>AMSA files only contain first column of multi-character
-               column annotation labels</li>
-               <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent with
-               documentation (e.g. Stockholm annotation can be exported and
-               re-imported)</li>
-               <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly name</li>
-               <li>Find incrementally searches ID string matches as well as
-               subsequence matches, and correctly reports total number of both.</li>
-               <li>Applet:
-               <ul>
-                       <li></li>
-               </ul>
-               </li>
-               <li>Application:
-               <ul>
-                       <li>Better handling of exceptions during sequence retrieval</li>
-                       <li>Dasobert generated non-positional feature URL link text
-                       excludes the start_end suffix (application)</li>
-                       <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
-                       <li>Sequence description lines properly shared via VAMSAS</li>
-                       <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all data
-                       sources</li>
-                       <li>Ensured that command line das feature retrieval completes
-                       before alignment figures are generated.</li>
-                       <li>Reduced time taken when opening file browser for first time.</li>
-                       <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or submitting
-                       an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
-               </ul>
-               </li>
-       </ul>
-       </td>
-
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center"><strong>2.4.0.b2</strong><br>
-               28/10/2009</div>
-               </td>
-               <td>
-               <ul>
-                       <li>Experimental support for google analytics usage tracking.</li>
-                       <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
-               </ul>
-               </td>
-               <td>
-               <ul>
-                       <li>Race condition in applet preventing startup in jre1.6.0u12+.</li>
-                       <li>Exception when feature created from selection beyond length
-                       of sequence.</li>
-                       <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
-                       <li>Sequence associated annotation rows associate with all
-                       sequences with a given id</li>
-                       <li>Find function matches case-insensitively for sequence ID
-                       string searches</li>
-                       <li>Non-standard characters do not cause pairwise alignment to
-                       fail with exception</li>
-               </ul>
-               <em>Application Issues</em>
-               <ul>
-                       <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
-                       <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all data
-                       sources</li>
-               </ul>
-               <em>InstallAnywhere Issues</em>
-               <ul>
-                       <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update issue with
-                       installAnywhere mechanism)</li>
-                       <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere version
-                       (java class versioning error fixed)</li>
-               </ul>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-
-               <div align="center"><strong>2.4</strong><br>
-               27/8/2008</div>
-               </td>
-               <td><em>User Interface</em>
-               <ul>
-                       <li>Linked highlighting of codon and amino acid from translation
-                       and protein products</li>
-                       <li>Linked highlighting of structure associated with residue
-                       mapping to codon position</li>
-                       <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers and
-                       'clear' button</li>
-                       <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's Tools menu</li>
-                       <li>Extract score function to parse whitespace separated numeric
-                       data in description line</li>
-                       <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
-                       <li>Tooltip for sequence associated annotation give name of
-                       sequence</li>
-               </ul>
-               <em>Web Services and URL fetching</em>
-               <ul>
-                       <li>JPred3 web service</li>
-                       <li>Prototype sequence search client (no public services
-                       available yet)</li>
-                       <li>Fetch either seed alignment or full alignment from PFAM</li>
-                       <li>URL Links created for matching database cross references as
-                       well as sequence ID</li>
-                       <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
-               </ul>
-               <em>Sequence Database Connectivity</em>
-               <ul>
-                       <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other databases
-                       </li>
-                       <li>Generalised database reference retrieval and validation to
-                       all fetchable databases</li>
-                       <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the sequence
-                       command</li>
-               </ul>
-               <em>Import and Export</em>
-               <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
-               <li>Jalview projects record alignment dataset associations, EMBL
-               products, and cDNA sequence mappings</li>
-               <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation File</li>
-               <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
-               triplet as name of colourscheme</li>
-</ul>
-<em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
-<ul>
-       <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
-       <li>local editing and update of sequences in VAMSAS alignments
-       (experimental)</li>
-       <li>Create new or select existing session to join</li>
-       <li>load and save of vamsas documents</li>
-</ul>
-<em>Application command line</em>
-<ul>
-       <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing from
-       applet)</li>
-       <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames of DAS
-       servers to query for alignment features</li>
-       <li>-dasserver command line argument to add new servers that are
-       also automatically queried for features</li>
-       <li>-groovy command line argument executes a given groovy script
-       after all input data has been loaded and parsed</li>
-</ul>
-<em>Applet-Application data exchange</em>
-<ul>
-       <li>Trees passed as applet parameters can be passed to application
-       (when using &quot;View in full application&quot;)</li>
-</ul>
-<em>Applet Parameters</em>
-<ul>
-       <li>feature group display control parameter</li>
-       <li>debug parameter</li>
-       <li>showbutton parameter</li>
-</ul>
-<em>Applet API methods</em>
-<ul>
-       <li>newView public method</li>
-       <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
-       <li>Feature display control methods</li>
-       <li>get list of currently selected sequences</li>
-</ul>
-<em>New Jalview distribution features</em>
-<ul>
-       <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
-       <li>RELEASE file gives build properties for the latest Jalview
-       release.</li>
-       <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate property
-       controls execution of obfuscator</li>
-       <li>Build target for generating source distribution</li>
-       <li>Debug flag for javacc</li>
-       <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
-       jalview.bin.Cache</li>
-       <li>Continuous Build Integration for stable and development
-       version of Application, Applet and source distribution</li>
-</ul>
-
-</td>
-<td>
-<ul>
-       <li>selected region output includes visible annotations (for
-       certain formats)</li>
-       <li>edit label/displaychar contains existing label/char for
-       editing</li>
-       <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
-       <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
-       <li>Newick string generator makes compact representations</li>
-       <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with comments</li>
-       <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing filenames
-       containing a ':'</li>
-       <li>Fixed exception when parsing GFF files containing global
-       sequence features</li>
-       <li>Alignment datasets are finalized only when number of
-       references from alignment sequences goes to zero</li>
-       <li>Close of tree branch colour box without colour selection
-       causes cascading exceptions</li>
-       <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
-       <li>better reporting of non-fatal warnings to user when file
-       parsing fails.</li>
-       <li>Save works when Jalview project is default format</li>
-       <li>Save as dialog opened if current alignment format is not a
-       valid output format</li>
-       <li>Uniprot canonical names introduced for both das and vamsas</li>
-       <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
-       <li>error messages passed up and output when data read fails</li>
-       <li>edit undo recovers previous dataset sequence when sequence is
-       edited</li>
-       <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like those
-       generated by MODELLER) to be read in properly</li>
-       <li>allow reading of JPred concise files as a normal filetype</li>
-       <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties import
-       fixed for PFAM records</li>
-       <li>Structure view windows have correct name in Desktop window
-       list</li>
-       <li>annotation consisting of sequence associated scores can be
-       read and written correctly to annotation file</li>
-       <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works correctly</li>
-       <li>Fixed display of hidden sequence markers and non-italic font
-       for representatives in Applet</li>
-       <li>Applet Menus are always embedded in applet window on Macs.</li>
-       <li>Newly shown features appear at top of stack (in Applet)</li>
-       <li>Annotations added via parameter not drawn properly due to null
-       pointer exceptions</li>
-       <li>Secondary structure lines are drawn starting from first column
-       of alignment</li>
-       <li>Uniprot XML import updated for new schema release in July 2008</li>
-       <li>Sequence feature to sequence ID match for Features file is
-       case-insensitive</li>
-       <li>Sequence features read from Features file appended to all
-       sequences with matching IDs</li>
-       <li>PDB structure coloured correctly for associated views
-       containing a sub-sequence</li>
-       <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
-       <li>feature and annotation file applet parameters referring to
-       different directories are retrieved correctly</li>
-       <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
-       <li>Fixed application hang whilst waiting for splash-screen
-       version check to complete</li>
-       <li>Applet properly URLencodes input parameter values when passing
-       them to the launchApp service</li>
-       <li>display name and local features preserved in results retrieved
-       from web service</li>
-       <li>Visual delay indication for sequence retrieval and sequence
-       fetcher initialisation</li>
-       <li>updated Application to use DAS 1.53e version of dasobert DAS
-       client</li>
-       <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file association</li>
-       <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
-       sequences</li>
-</ul>
-</td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.3</strong><br>
-       9/5/07</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
-               <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
-               <li>Slide sequences</li>
-               <li>Edit sequence in place</li>
-               <li>EMBL CDS features</li>
-               <li>DAS Feature mapping</li>
-               <li>Feature ordering</li>
-               <li>Alignment Properties</li>
-               <li>Annotation Scores</li>
-               <li>Sort by scores</li>
-               <li>Feature/annotation editing in applet</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
-               <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
-               <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
-               <li>Feature group display state in XML</li>
-               <li>Feature ordering in XML</li>
-               <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
-               <li>Stockholm alignment properties</li>
-               <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
-               <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
-               <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
-               <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
-       </ul>
-       </td>
-
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.2.1</strong><br>
-       12/2/07</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Non standard characters can be read and displayed
-               <li>Annotations/Features can be imported/exported to the applet
-               via textbox
-               <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group name &amp;
-               description
-               <li>Preference setting to display sequence name in italics
-               <li>Annotation file format extended to allow Sequence_groups to
-               be defined
-               <li>Default opening of alignment overview panel can be specified
-               in preferences
-               <li>PDB residue numbering annotation added to associated
-               sequences
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6 installed
-               <li>Annotation file export / import bugs fixed
-               <li>PNG / EPS image output bugs fixed
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.2</strong><br>
-       27/11/06</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Multiple views on alignment
-               <li>Sequence feature editing
-               <li>&quot;Reload&quot; alignment
-               <li>&quot;Save&quot; to current filename
-               <li>Background dependent text colour
-               <li>Right align sequence ids
-               <li>User-defined lower case residue colours
-               <li>Format Menu
-               <li>Select Menu
-               <li>Menu item accelerator keys
-               <li>Control-V pastes to current alignment
-               <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
-               <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
-               <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
-               <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>New memory efficient Undo/Redo System
-               <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
-               calculations
-               <li>Region Conservation/Consensus recalculated after edits
-               <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end of
-               alignment)
-               <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
-               <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions display
-               correctly
-               <li>Re-instated Zoom function for PCA
-               <li>Sequence descriptions conserved in web service analysis
-               results
-               <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by &#8739;
-               <li>WsDbFetch query/result association resolved
-               <li>Tree leaf to sequence mapping improved
-               <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>
-       12/9/06</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id
-               panel has been resized</li>
-               <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered</li>
-               <li>Annotation files with sequence references - all elements in
-               file are relative to sequence position</li>
-               <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.1</strong><br>
-       22/8/06</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
-               <li>DAS Feature fetching</li>
-               <li>Hide sequences and columns</li>
-               <li>Export Annotations and Features</li>
-               <li>GFF file reading / writing</li>
-               <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>
-               <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
-               <li>Recently opened files / URL lists</li>
-               <li>Applet can launch the full application</li>
-               <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>
-               <li>Applet has user defined colours parameter</li>
-               <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
-               <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
-               <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>
-       2/5/06</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
-               <li>Choose to match case when searching</li>
-               <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand
-               the visible width and height of the alignment</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.08b</strong><br>
-       18/4/06</div>
-       </td>
-       <td>&nbsp;</td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
-               <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.08</strong><br>
-       10/4/06</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Editing can be locked to the selection area</li>
-               <li>Keyboard editing</li>
-               <li>Create sequence features from searches</li>
-               <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>
-               <li>Features file allows grouping of features</li>
-               <li>Annotation Colouring scheme added</li>
-               <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
-               <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
-               <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
-               descriptions saved.</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.07</strong><br>
-       12/12/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
-               <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
-               <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for
-               file output</li>
-               <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
-               <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for
-               HTML form input</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>HTML output writes groups and features</li>
-               <li>Group editing is Control and mouse click</li>
-               <li>File IO bugs</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.06</strong><br>
-       28/9/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>View annotations in wrapped mode</li>
-               <li>More options for PCA viewer</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>GUI bugs resolved</li>
-               <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td height="63">
-       <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>
-       15/9/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
-               <li>Jar files are executable</li>
-               <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
-               <li>Overview window calculated more efficiently</li>
-               <li>Several GUI bugs resolved</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.05</strong><br>
-       30/8/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Several GUI bugs resolved</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.04</strong><br>
-       24/8/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Improved JPred client reliability</li>
-               <li>Improved loading of Jalview files</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.03</strong><br>
-       18/8/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
-               <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
-               <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to
-               Colour Menu</li>
-               <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
-               <li>Unix users can set default web browser</li>
-               <li>Runs without GUI for batch processing</li>
-               <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.02</strong><br>
-       18/7/05</div>
-       </td>
-       <td>&nbsp;</td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment
-               order.</li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.01</strong><br>
-       12/7/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Use delete key for deleting selection.</li>
-               <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
-               <li>Help file updated to describe how to add alignment
-               annotations.</li>
-               <li>Version and build date written to build properties file.</li>
-               <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch
-               of Jalview.</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>Delete gaps bug fixed.</li>
-               <li>FileChooser sorts columns.</li>
-               <li>Can remove groups one by one.</li>
-               <li>Filechooser icons installed.</li>
-               <li>Finder ignores return character when searching. Return key
-               will initiate a search.<br>
-               </li>
-       </ul>
-       </td>
-</tr>
-<tr>
-       <td>
-       <div align="center"><strong>2.0</strong><br>
-       20/6/05</div>
-       </td>
-       <td>
-       <ul>
-               <li>New codebase</li>
-       </ul>
-       </td>
-       <td>&nbsp;</td>
-</tr>
-</table>
-<p>&nbsp;</p>
-</body>
-</html>
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