Merge branch 'Release_2_8_0b1_Branch' into try_r20b1_merge
authorJim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 3 Feb 2014 17:17:52 +0000 (17:17 +0000)
committerJim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 3 Feb 2014 17:17:52 +0000 (17:17 +0000)
updating 2.8.1 with source formatting, branding, and new examples build mechanism
Conflicts:
build.xml
examples/linkedapplets_ng.html
help/helpTOC.xml
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

100 files changed:
1  2 
build.xml
examples/linkedapplets_ng.html
help/help.jhm
help/helpTOC.xml
help/html/menus/alignmentMenu.html
help/html/menus/alwselect.html
help/html/menus/popupMenu.html
resources/lang/Messages.properties
schemas/jalview.xsd
src/MCview/AppletPDBCanvas.java
src/MCview/AppletPDBViewer.java
src/MCview/PDBViewer.java
src/jalview/analysis/AAFrequency.java
src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
src/jalview/appletgui/Finder.java
src/jalview/appletgui/FontChooser.java
src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
src/jalview/appletgui/TreePanel.java
src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
src/jalview/bin/Cache.java
src/jalview/bin/JalviewLite.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
src/jalview/gui/AppJmol.java
src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
src/jalview/gui/BlogReader.java
src/jalview/gui/Console.java
src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/EPSOptions.java
src/jalview/gui/EditNameDialog.java
src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/Finder.java
src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
src/jalview/gui/JalviewDialog.java
src/jalview/gui/PCAPanel.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/gui/Preferences.java
src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
src/jalview/gui/TreeCanvas.java
src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
src/jalview/gui/WsJobParameters.java
src/jalview/gui/WsPreferences.java
src/jalview/io/FileLoader.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java
src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
src/jalview/workers/ConsensusThread.java
src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java
src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

diff --cc build.xml
+++ b/build.xml
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
  <project name="jalviewX" default="usage" basedir=".">
 -  <!-- we use jalopy to format our sources -->
 -  <taskdef name="jalopy" classname="de.hunsicker.jalopy.plugin.ant.AntPlugin">
 -    <classpath>
 -      <fileset dir="utils/jalopy/lib">
 -        <include name="*.jar" />
 -      </fileset>
 -    </classpath>
 -  </taskdef>
 -
 -  <target name="help" depends="usage" />
 -  <target name="usage">
 -    <echo message="~~~Jalview Ant build.xml Usage~~~~" />
 -    <echo message="Targets include:" />
 -    <echo message="usage - default target, displays this message" />
 -    <echo message="buildindices - generates JavaHelpSearch from the help files" />
 -    <echo message="build - compiles all necessary files for Application" />
 -    <echo message="makedist - compiles and places all necessary jar files into directory dist" />
 -    <echo message="makefulldist - signs all jar files and builds jnlp file for full distribution" />
 -    <echo message="              this needs a keystore and key. See docs/building.html for more information." />
 -    <echo message="compileApplet - compiles all necessary files for Applet" />
 -    <echo message="makeApplet - compiles, then packages and obfuscates the Applet" />
 -    <echo message="See docs/building.html and the comments in build file for other targets." />
 -    <echo message="note: compile and makeApplet require the property java118.home to be set to point to a java 1.1.8 jdk." />
 -    <echo message="Useful -D flags: -Ddonotobfuscate will prevent applet obfuscation" />
 -  </target>
 -
 -
 -  <!-- utils is a class path to additional utilities needed for
 +      <!-- we use jalopy to format our sources -->
 +      <taskdef name="jalopy" classname="de.hunsicker.jalopy.plugin.ant.AntPlugin">
 +              <classpath>
 +                      <fileset dir="utils/jalopy/lib">
 +                              <include name="*.jar" />
 +                      </fileset>
 +              </classpath>
 +      </taskdef>
 +
 +      <target name="help" depends="usage" />
 +      <target name="usage">
 +              <echo message="~~~Jalview Ant build.xml Usage~~~~" />
 +              <echo message="Targets include:" />
 +              <echo message="usage - default target, displays this message" />
 +              <echo message="buildindices - generates JavaHelpSearch from the help files" />
 +              <echo message="build - compiles all necessary files for Application" />
 +              <echo message="makedist - compiles and places all necessary jar files into directory dist" />
 +              <echo message="makefulldist - signs all jar files and builds jnlp file for full distribution" />
 +              <echo message="              this needs a keystore and key. See docs/building.html for more information." />
 +              <echo message="compileApplet - compiles all necessary files for Applet" />
 +              <echo message="makeApplet - compiles, then packages and obfuscates the Applet" />
 +              <echo message="See docs/building.html and the comments in build file for other targets." />
 +              <echo message="note: compile and makeApplet require the property java118.home to be set to point to a java 1.1.8 jdk." />
 +              <echo message="Useful -D flags: -Ddonotobfuscate will prevent applet obfuscation" />
 +      </target>
 +
 +
 +      <!-- utils is a class path to additional utilities needed for
      building docs, jars and webstart stuff -->
 -  <!--
 +      <!--
          Userdefined build property defaults
  
          wsdl.server list (plus namespace mapping info ???)  - also want
                        
                        
                        -->
 -    <!--
 +                                      <!--
                                <association mime-type="application-x/ext-file" extensions="fa"/>
          <association mime-type="application-x/ext-file" extensions="fasta"/>
+         <association mime-type="application-x/ext-file" extensions="mfa"/>
          <association mime-type="application-x/ext-file" extensions="fastq"/>
          <association mime-type="application-x/ext-file" extensions="blc"/>
          <association mime-type="application-x/ext-file" extensions="msf"/>
          <include name="ap_${jmolJar}" />
        </fileset>
      </signjar>
-       </target>
-       <target name="sourcedoc" description="Create jalview source documentation pages" depends="init">
-        <javadoc destdir="${javadocDir}">
-               <packageset dir="${sourceDir}" includes="jalview/*,MCView/*">
-               </packageset>
-               </javadoc>
-       </target>
-       
+     <!-- bizarre bug causes JmolApplet to always get signed, even if excluded from above. so copy explicitly -->
+     <copy file="appletlib/${jmolJar}" tofile="${packageDir}/examples/u_${jmolJar}" overwrite="true" />
+   </target>
+   <target name="sourcedoc" description="Create jalview source documentation pages" depends="init">
+     <javadoc destdir="${javadocDir}">
+       <packageset dir="${sourceDir}" includes="jalview/*,MCView/*">
+       </packageset>
+     </javadoc>
+   </target>
 -
  </project>
@@@ -1,7 -1,7 +1,7 @@@
 -<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 +<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"> 
  <!--
-  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
-  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
   * 
diff --cc help/help.jhm
Simple merge
  <!DOCTYPE toc PUBLIC "-//Sun Microsystems Inc.//DTD JavaHelp TOC Version 1.0//EN" "http://java.sun.com/products/javahelp/toc_1_0.dtd">
  <toc version="1.0">
  <tocitem text="Jalview Documentation" target="home" expand="true" >
-       <tocitem text="What's new" target="new" expand="true">
-     <tocitem text="Protein Disorder Prediction" target="disorder"/>
-     <tocitem text="Alignment Conservation Analysis" target="aacon"/>
-       <tocitem text="RNAalifold RNA Secondary Structure Prediction" target="rnaalifold"/>
-               <tocitem text="Viewing RNA structure" target="varna" />
-               <tocitem text="RNA Structure Consensus" target="calcs.alstrconsensus"/>
-               <tocitem text="RNA Helices coloring" target="colours.rnahelices"/>
-               <tocitem text="HTML annotation report" target="io.seqreport"/>
-               <tocitem text="T-COFFEE Alignment Score display" target="io.tcoffeescores"/>
-               <tocitem text="Per-sequence Annotation Colouring" target="colours.annotation"/>
-         <tocitem text="Sequence Database Retrieval Dialog" target="seqfetch"/>
-         <tocitem text="JABAWS Web Service Preferences" target="wsprefs"/>
-         <tocitem text="DNA or Protein PCA calculation" target="pca"/>
-         <tocitem text="Normalised sequence logo display" target="calcs.consensus"/>
-       </tocitem>
-     <tocitem text="Editing Alignments" target ="edit"/>       
-     <tocitem text="Cursor Mode" target="cursor"/>
-       <tocitem text="Key Strokes" target="keys"/>
 -      <tocitem text="What's new" target="new" expand="false"/>
++ <tocitem text="What's new" target="new" expand="true">
++ <tocitem text="Protein Disorder Prediction" target="disorder"/>
++   <tocitem text="Alignment Conservation Analysis" target="aacon"/>
++  <tocitem text="RNAalifold RNA Secondary Structure Prediction" target="rnaalifold"/>
++  </tocitem>
+   <tocitem text="Editing Alignments" target ="edit"/> 
+   <tocitem text="Cursor Mode" target="cursor"/>
 -      <tocitem text="Key Strokes" target="keys"/>
++  <tocitem text="Key Strokes" target="keys"/>
        <tocitem text="Input / Output" target="io"/>
        <tocitem text="Making Figures" target="export"/>
        <tocitem text="Hidden Regions" target="hiddenRegions"/>
Simple merge
Simple merge
Simple merge
index 53a05dd,0000000..f9356ce
mode 100644,000000..100644
--- /dev/null
@@@ -1,389 -1,0 +1,389 @@@
 +action.cancel = Cancel\r
 +action.create = Create\r
 +action.update = Update\r
 +action.delete = Delete\r
 +action.snapshot = Snapshot\r
 +action.clear = Clear\r
 +action.accept = Accept\r
 +action.select_ddbb = --- Select Database ---\r
 +action.undo = Undo\r
 +action.redo = Redo\r
 +action.reset = Reset\r
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 +action.remove_right = Remove right\r
 +action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns\r
 +action.remove_all_gaps = Remove All Gaps\r
 +action.boxes = Boxes\r
 +action.text = Text\r
 +action.by_pairwise_id = by Pairwise Identity\r
 +action.by_id = by Id\r
 +action.by_length = by Length\r
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 +action.pairwise_alignment = Pairwise Alignments...\r
 +action.by_rna_helixes = by RNA Helices\r
 +action.user_defined = User Defined...\r
 +action.by_conservation = By Conservation\r
 +action.wrap = Wrap\r
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 +action.find = Find...\r
 +action.undefine_groups = Undefine Groups\r
 +action.make_groups_selection = Make Groups For Selection\r
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 +action.font = Font...\r
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 +action.help = Help\r
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 +action.hide_sequences = Hide Sequences\r
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 +action.find_next = Find next\r
 +action.file = File\r
 +action.view = View\r
 +action.change_params = Change Parameters\r
 +action.apply = Apply\r
 +action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups\r
 +action.apply_all_groups = Apply to all Groups\r
 +action.by_chain = By chain\r
 +action.by_sequence = By Sequence\r
 +action.paste_annotations = Paste Annotations\r
 +action.format = Format\r
 +action.select = Select\r
 +action.new_view = New View\r
 +action.close = Close\r
 +action.add = Add\r
 +action.save_as_default = Save as default\r
 +action.cancel_fetch = Cancel Fetch\r
 +action.save_omit_hidden_columns = Save / Omit Hidden Columns\r
 +action.change_font = Change Font\r
 +action.colour = Colour\r
 +action.calculate = Calculate\r
 +action.select_all = Select all\r
 +action.deselect_all = Deselect all\r
 +action.invert_selection = Invert selection\r
 +action.using_jmol = Using Jmol\r
 +action.link = Link\r
 +action.show_chain = Show Chain\r
 +label.str = Str:\r
 +label.seq = Seq:\r
 +label.structures_manager = Structures Manager\r
 +label.nickname = Nickname:\r
 +label.url = URL:\r
 +label.input_file_url = Enter URL or Input File\r
 +label.select_feature = Select feature:\r
 +label.name = Name:\r
 +label.name_param = Name: {0}\r
 +label.group = Group:\r
 +label.colour = Colour:\r
 +label.description = Description:\r
 +label.start = Start:\r
 +label.end = End:\r
 +label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:\r
 +label.service_action = Service Action:\r
 +label.post_url = POST URL:\r
 +label.url_suffix = URL Suffix\r
 +label.sequence_source = Sequence Source\r
 +label.per_seq = per Sequence\r
 +label.result_vertically_separable = Results are vertically separable\r
 +label.amend = Amend\r
 +label.undo_command = Undo {0}\r
 +label.redo_command = Redo {0}\r
 +label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis\r
 +label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity\r
 +label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity\r
 +label.status_bar = Status bar\r
 +label.out_to_textbox = Output to Textbox\r
 +label.clustalx = Clustalx\r
 +label.zappo = Zappo\r
 +label.taylor = Taylor\r
 +label.hydrophobicity = Hydrophobicity\r
 +label.helix_propensity = Helix Propensity\r
 +label.strand_propensity = Strand Propensity\r
 +label.turn_propensity = Turn Propensity\r
 +label.buried_index = Buried Index\r
 +label.purine_pyrimidine = Purine/Pyrimidine\r
 +label.percentage_identity = Percentage Identity\r
 +label.blosum62_score = BLOSUM62 Score\r
 +label.tcoffee_scores = T-Coffee Scores\r
 +label.average_distance_bloslum62 = Average Distance Using BLOSUM62\r
 +label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62\r
 +label.show_annotations = Show annotations\r
 +label.colour_text = Colour Text\r
 +label.show_non_conversed = Show nonconserved\r
 +label.overview_window = Overview Window\r
 +label.none = None\r
 +label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold\r
 +label.nucleotide = Nucleotide\r
 +label.to_new_alignment = To New Alignment\r
 +label.to_this_alignment = Add To This Alignment\r
 +label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups\r
 +label.modify_identity_thereshold = Modify Identity Threshold...\r
 +label.modify_conservation_thereshold = Modify Conservation Threshold...\r
 +label.input_from_textbox = Input from textbox\r
 +label.centre_column_labels = Centre column labels\r
 +label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling\r
 +label.documentation = Documentation\r
 +label.about = About...\r
 +label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits\r
 +label.feature_settings = Feature Settings...\r
 +label.sequence_features = Sequence Features\r
 +label.all_columns = All Columns\r
 +label.all_sequences = All Sequences\r
 +label.selected_columns = Selected Columns \r
 +label.selected_sequences = Selected Sequences\r
 +label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)\r
 +label.selected_region = Selected Region\r
 +label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns\r
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 +label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram\r
 +label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo\r
 +label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo\r
 +label.apply_all_groups = Apply to all groups\r
 +label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation\r
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 +label.max_colour = Max Colour\r
 +label.use_original_colours = Use Original Colours\r
 +label.threshold_minmax = Threshold is min/max\r
 +label.represent_group_with = Represent Group with\r
 +label.selection = Selection\r
 +label.group_colour = Group Colour\r
 +label.sequence = Sequence\r
 +label.view_pdb_structure = View PDB Structure\r
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 +label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!\r
 +label.not_enough_sequences = Not enough sequences\r
 +label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.\r
 +label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned\r
 +label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.\r
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 +label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file\r
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 +label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.\r
 +label.translation_failed = Translation Failed\r
 +label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.\r
 +label.implementation_error  = Implementation error:\r
 +label.automatically_associate_pdb_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} PDB files with sequences in the alignment that have the same name?\r
 +label.automatically_associate_pdb_files_by_name = Automatically Associate PDB files by name\r
 +label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>\r
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 +label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease try downloading them manually.\r
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 +label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.\r
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++label.jalview_authors_1 = Authors: :  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Lauren Lui, Jan Engelhardt, Natasha Sherstnev,\r
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 +label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)\r
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-  * This class was automatically generated with 
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-  * Schema.
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+  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+  * 
+  * This file is part of Jalview.
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+  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+  *  
+  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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+  * 
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