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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 651a944)
group/annotation association, logos, autocalc group annotation and sequence id tooltip
authorjprocter <Jim Procter>
Wed, 28 Apr 2010 10:21:05 +0000 (10:21 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Wed, 28 Apr 2010 10:21:05 +0000 (10:21 +0000)
help/html/features/preferences.html patch | blob | history

diff --git a/help/html/features/preferences.html b/help/html/features/preferences.html
index 2e1cf43..caa951e 100755 (executable)
--- a/help/html/features/preferences.html
+++ b/help/html/features/preferences.html
@@ -6,7 +6,7 @@
 
 <body>
 <p><strong>Preferences</strong></p>
-<p>There are four tabs in the Preferences dialog box: 
+<p>There are four tabs in the Preferences dialog box:
 <ul>
        <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
        Preferences</a> tab allows you to configure the default display for a new
@@ -20,7 +20,7 @@
        <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong>
        Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
        alignments and EPS files.</li>
-       <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;DAS
+       <li>The <a href="dassettings.html"><strong>&quot;DAS
        Settings&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to select which DAS sources
        to use when fetching DAS Features.</li>
 </ul>
@@ -35,7 +35,13 @@ for a new alignment window.</p>
 will display an annotation panel below the sequences. This annotation
 panel may have several rows describing the whole alignment. The 3
 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em>
-  may be shown or hidden by default.</p>
+for the alignment may be shown or hidden by default using the checkboxes
+below.</p>
+<p><em>Show group: Conservation and Consensus</em> controls the
+display of per-group automatic annotation.</p>
+<p><em>Consensus: Histogram and Logo</em> checkboxes control the
+display of the consensus histogram and sequence logo for consensus
+annotation rows.</p>
 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display
 the name of a sequence plus the start and end residues in the format
 name/start-end. If not selected, the displayed ID will be the name of
@@ -45,6 +51,9 @@ the left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
 edge of the alignment display window.</p>
 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set
 for a new alignment window.</p>
+<p><em>Sequence ID Tooltip</em>: Control the display of Database
+References and Non-positional annotation in the tooltip displayed when
+the mouse is over a sequence's ID.</p>
 <p><em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
 vbersion of the font to sequence labels.</p>
 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster
@@ -108,8 +117,7 @@ style for EPS export:
 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If
 these are ticked, then Jalview will write files with the start and end
-sequence positions appended to each sequence id:
-<pre>
+sequence positions appended to each sequence id: <pre>
   >ID/1-10
   AACDEAAFEA
 </pre>
@@ -134,8 +142,6 @@ sequence edit. New alignment windows will have their &quot;Autocalculate
 Consensus&quot; option set according to this setting.</p>
 <p><em>Pad gaps when editing</em> - New alignment windows will
 &quot;Pad Gaps&quot; according to this setting.</p>
-<p><a name="editing"><strong>DAS Settings </strong></a></p>
-<p>See <a href="dassettings.html">DAS Settings</a></p>
 <p>&nbsp;</p>
 <p>&nbsp;</p>
 </body>