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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 604cbee)
JAL-2189 license header
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 5 Oct 2016 16:52:54 +0000 (17:52 +0100)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 5 Oct 2016 16:52:54 +0000 (17:52 +0100)
examples/biojson-doc/index.html patch | blob | history
examples/biojson-doc/tests/test.html patch | blob | history
examples/embeddedWJmol.html patch | blob | history
examples/example_biojs.html patch | blob | history
examples/index.html patch | blob | history
help/html/features/mmcif.html patch | blob | history
help/html/features/siftsmapping.html patch | blob | history
src/jalview/gui/AlignViewport.java patch | blob | history

diff --git a/examples/biojson-doc/index.html b/examples/biojson-doc/index.html
index ba607f4..e0e5741 100755 (executable)
--- a/examples/biojson-doc/index.html
+++ b/examples/biojson-doc/index.html
@@ -1,4 +1,24 @@
 <!DOCTYPE html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <html>
 <head>
     <title>BioJSON Format Documentation</title>
@@ -358,4 +378,4 @@ This page describes the data available in BioJSON format, the main content secti
 </html>
 
 
- 
\ No newline at end of file
+ 
diff --git a/examples/biojson-doc/tests/test.html b/examples/biojson-doc/tests/test.html
index 2cbbd50..c6bebd6 100755 (executable)
--- a/examples/biojson-doc/tests/test.html
+++ b/examples/biojson-doc/tests/test.html
@@ -1,3 +1,23 @@
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <!DOCTYPE html>
 <html>
 <head>
diff --git a/examples/embeddedWJmol.html b/examples/embeddedWJmol.html
index 1ecff58..501c20e 100644 (file)
--- a/examples/embeddedWJmol.html
+++ b/examples/embeddedWJmol.html
@@ -1,5 +1,25 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML+RDFa 1.1//EN">
-<html lang="en" dir="ltr" version="HTML+RDFa 1.1"
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+ <html lang="en" dir="ltr" version="HTML+RDFa 1.1"
        xmlns:content="http://purl.org/rss/1.0/modules/content/"
        xmlns:dc="http://purl.org/dc/terms/"
        xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/" xmlns:og="http://ogp.me/ns#"
diff --git a/examples/example_biojs.html b/examples/example_biojs.html
index b6f7bec..6738672 100644 (file)
--- a/examples/example_biojs.html
+++ b/examples/example_biojs.html
@@ -1,4 +1,24 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <header><title>BioJS viewer</title></header>
 
 <body>
diff --git a/examples/index.html b/examples/index.html
index 46df4eb..37edb8e 100644 (file)
--- a/examples/index.html
+++ b/examples/index.html
@@ -1,5 +1,25 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML+RDFa 1.1//EN">
-<html lang="en" dir="ltr" version="HTML+RDFa 1.1"
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+ <html lang="en" dir="ltr" version="HTML+RDFa 1.1"
        xmlns:content="http://purl.org/rss/1.0/modules/content/"
        xmlns:dc="http://purl.org/dc/terms/"
        xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/" xmlns:og="http://ogp.me/ns#"
diff --git a/help/html/features/mmcif.html b/help/html/features/mmcif.html
index dbf497b..b507fe1 100644 (file)
--- a/help/html/features/mmcif.html
+++ b/help/html/features/mmcif.html
@@ -1,4 +1,24 @@
 <!DOCTYPE html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <html>
 <head>
 <meta charset="UTF-8">
@@ -32,4 +52,4 @@
   <em>Support for importing 3D structure data from flat file and
     EMBL-PDBe as mmCIF was added in Jalview 2.10</em>
 </body>
-</html>
\ No newline at end of file
+</html>
diff --git a/help/html/features/siftsmapping.html b/help/html/features/siftsmapping.html
index 3f4f002..b508bcb 100644 (file)
--- a/help/html/features/siftsmapping.html
+++ b/help/html/features/siftsmapping.html
@@ -1,4 +1,24 @@
 <!DOCTYPE html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <html>
 <head>
 <meta charset="UTF-8">
@@ -67,4 +87,4 @@
   </p>
 
 </body>
-</html>
\ No newline at end of file
+</html>
diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
index 51e50e2..d0a0f11 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -18,24 +18,6 @@
  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  */
-/*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
- * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
- *
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
- *
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
- */
 package jalview.gui;
 
 import jalview.analysis.AlignmentUtils;