JAL-1551 formatting

diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLite.java b/src/jalview/bin/JalviewLite.java
index 095cfd3..13e4b7e 100644 (file)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLite.java
+++ b/src/jalview/bin/JalviewLite.java
@@ -100,6 +100,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSelectedSequences()
    */
+  @Override
   public String getSelectedSequences()
   {
     return getSelectedSequencesFrom(getDefaultTargetFrame());
@@ -110,6 +111,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSelectedSequences(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getSelectedSequences(String sep)
   {
     return getSelectedSequencesFrom(getDefaultTargetFrame(), sep);
@@ -122,6 +124,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSelectedSequencesFrom(jalview.appletgui
    * .AlignFrame)
    */
+  @Override
   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf)
   {
     return getSelectedSequencesFrom(alf, separator); // ""+0x00AC);
@@ -134,6 +137,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSelectedSequencesFrom(jalview.appletgui
    * .AlignFrame, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf, String sep)
   {
     StringBuffer result = new StringBuffer("");
@@ -162,6 +166,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#highlight(java.lang.String,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void highlight(String sequenceId, String position,
           String alignedPosition)
   {
@@ -175,6 +180,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#highlightIn(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void highlightIn(final AlignFrame alf, final String sequenceId,
           final String position, final String alignedPosition)
   {
@@ -231,6 +237,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#select(java.lang.String,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void select(String sequenceIds, String columns)
   {
     selectIn(getDefaultTargetFrame(), sequenceIds, columns, separator);
@@ -242,6 +249,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#select(java.lang.String,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void select(String sequenceIds, String columns, String sep)
   {
     selectIn(getDefaultTargetFrame(), sequenceIds, columns, sep);
@@ -253,6 +261,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#selectIn(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void selectIn(AlignFrame alf, String sequenceIds, String columns)
   {
     selectIn(alf, sequenceIds, columns, separator);
@@ -264,6 +273,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#selectIn(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void selectIn(final AlignFrame alf, String sequenceIds,
           String columns, String sep)
   {
@@ -489,6 +499,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSelectedSequencesAsAlignment(java.lang.
    * String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getSelectedSequencesAsAlignment(String format, String suffix)
   {
     return getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(),
@@ -502,6 +513,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(jalview
    * .appletgui.AlignFrame, java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(AlignFrame alf,
           String format, String suffix)
   {
@@ -531,6 +543,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignmentOrder()
    */
+  @Override
   public String getAlignmentOrder()
   {
     return getAlignmentOrderFrom(getDefaultTargetFrame());
@@ -543,6 +556,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignmentOrderFrom(jalview.appletgui.AlignFrame
    * )
    */
+  @Override
   public String getAlignmentOrderFrom(AlignFrame alf)
   {
     return getAlignmentOrderFrom(alf, separator);
@@ -555,6 +569,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignmentOrderFrom(jalview.appletgui.AlignFrame
    * , java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getAlignmentOrderFrom(AlignFrame alf, String sep)
   {
     AlignmentI alorder = alf.getAlignViewport().getAlignment();
@@ -572,6 +587,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#orderBy(java.lang.String,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String orderBy(String order, String undoName)
   {
     return orderBy(order, undoName, separator);
@@ -583,6 +599,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#orderBy(java.lang.String,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String orderBy(String order, String undoName, String sep)
   {
     return orderAlignmentBy(getDefaultTargetFrame(), order, undoName, sep);
@@ -595,6 +612,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#orderAlignmentBy(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String orderAlignmentBy(AlignFrame alf, String order,
           String undoName, String sep)
   {
@@ -651,6 +669,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignment(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getAlignment(String format)
   {
     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, TRUE);
@@ -663,6 +682,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignmentFrom(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format)
   {
     return getAlignmentFrom(alf, format, TRUE);
@@ -674,6 +694,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignment(java.lang.String,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getAlignment(String format, String suffix)
   {
     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, suffix);
@@ -686,6 +707,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAlignmentFrom(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format,
           String suffix)
   {
@@ -708,6 +730,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#loadAnnotation(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void loadAnnotation(String annotation)
   {
     loadAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame(), annotation);
@@ -720,6 +743,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#loadAnnotationFrom(jalview.appletgui.AlignFrame
    * , java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void loadAnnotationFrom(AlignFrame alf, String annotation)
   {
     if (new AnnotationFile().annotateAlignmentView(alf.getAlignViewport(),
@@ -739,6 +763,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#loadAnnotation(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void loadFeatures(String features, boolean autoenabledisplay)
   {
     loadFeaturesFrom(getDefaultTargetFrame(), features, autoenabledisplay);
@@ -751,6 +776,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#loadAnnotationFrom(jalview.appletgui.AlignFrame
    * , java.lang.String)
    */
+  @Override
   public boolean loadFeaturesFrom(AlignFrame alf, String features,
           boolean autoenabledisplay)
   {
@@ -763,6 +789,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getFeatures(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getFeatures(String format)
   {
     return getFeaturesFrom(getDefaultTargetFrame(), format);
@@ -775,6 +802,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getFeaturesFrom(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getFeaturesFrom(AlignFrame alf, String format)
   {
     return alf.outputFeatures(false, format);
@@ -785,6 +813,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAnnotation()
    */
+  @Override
   public String getAnnotation()
   {
     return getAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame());
@@ -797,6 +826,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getAnnotationFrom(jalview.appletgui.AlignFrame
    * )
    */
+  @Override
   public String getAnnotationFrom(AlignFrame alf)
   {
     return alf.outputAnnotations(false);
@@ -807,6 +837,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#newView()
    */
+  @Override
   public AlignFrame newView()
   {
     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame());
@@ -817,6 +848,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#newView(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public AlignFrame newView(String name)
   {
     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame(), name);
@@ -827,6 +859,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#newViewFrom(jalview.appletgui.AlignFrame)
    */
+  @Override
   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf)
   {
     return alf.newView(null);
@@ -838,6 +871,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#newViewFrom(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf, String name)
   {
     return alf.newView(name);
@@ -849,6 +883,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#loadAlignment(java.lang.String,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public AlignFrame loadAlignment(String text, String title)
   {
     AlignmentI al = null;
@@ -875,6 +910,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setMouseoverListener(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void setMouseoverListener(String listener)
   {
     setMouseoverListener(currentAlignFrame, listener);
@@ -889,6 +925,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setMouseoverListener(jalview.appletgui.AlignFrame
    * , java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void setMouseoverListener(AlignFrame af, String listener)
   {
     if (listener != null)
@@ -921,6 +958,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setSelectionListener(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void setSelectionListener(String listener)
   {
     setSelectionListener(null, listener);
@@ -933,6 +971,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setSelectionListener(jalview.appletgui.AlignFrame
    * , java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void setSelectionListener(AlignFrame af, String listener)
   {
     if (listener != null)
@@ -971,6 +1010,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setStructureListener(java.lang.String,
    *      java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void setStructureListener(String listener, String modelSet)
   {
     if (listener != null)
@@ -1004,6 +1044,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#removeJavascriptListener(jalview.appletgui
    * .AlignFrame, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void removeJavascriptListener(AlignFrame af, String listener)
   {
     if (listener != null)
@@ -1053,12 +1094,14 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
     }
   }
 
+  @Override
   public void stop()
   {
     System.err.println("Applet " + getName() + " stop().");
     tidyUp();
   }
 
+  @Override
   public void destroy()
   {
     System.err.println("Applet " + getName() + " destroy().");
@@ -1115,6 +1158,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#mouseOverStructure(java.lang.String,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void mouseOverStructure(final String pdbResNum,
           final String chain, final String pdbfile)
   {
@@ -1152,6 +1196,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#scrollViewToIn(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void scrollViewToIn(final AlignFrame alf, final String topRow,
           final String leftHandColumn)
   {
@@ -1491,6 +1536,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
         add(launcher);
         launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
         {
+          @Override
           public void actionPerformed(ActionEvent e)
           {
             LoadingThread loader = new LoadingThread(file, file2,
@@ -1613,6 +1659,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
     frame.setTitle(title);
     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
     {
+      @Override
       public void windowClosing(WindowEvent e)
       {
         if (frame instanceof AlignFrame)
@@ -1637,6 +1684,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
         frame.dispose();
       }
 
+      @Override
       public void windowActivated(WindowEvent e)
       {
         if (frame instanceof AlignFrame)
@@ -1674,6 +1722,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @param g
    *          graphics context
    */
+  @Override
   public void paint(Graphics g)
   {
     if (!fileFound)
@@ -1725,6 +1774,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
   {
     private boolean running = false;
 
+    @Override
     public void run()
     {
       if (running || checkedForJmol)
@@ -1869,6 +1919,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
       applet = _applet;
     }
 
+    @Override
     public void run()
     {
       LoadJmolThread jmolchecker = new LoadJmolThread();
@@ -2569,6 +2620,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getFeatureGroups()
    */
+  @Override
   public String getFeatureGroups()
   {
     String lst = arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame()
@@ -2583,6 +2635,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getFeatureGroupsOn(jalview.appletgui.AlignFrame
    * )
    */
+  @Override
   public String getFeatureGroupsOn(AlignFrame alf)
   {
     String lst = arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroups());
@@ -2594,6 +2647,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getFeatureGroupsOfState(boolean)
    */
+  @Override
   public String getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
   {
     return arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame()
@@ -2607,6 +2661,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getFeatureGroupsOfStateOn(jalview.appletgui
    * .AlignFrame, boolean)
    */
+  @Override
   public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrame alf, boolean visible)
   {
     return arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroupsOfState(visible));
@@ -2618,6 +2673,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setFeatureGroupStateOn(jalview.appletgui.
    * AlignFrame, java.lang.String, boolean)
    */
+  @Override
   public void setFeatureGroupStateOn(final AlignFrame alf,
           final String groups, boolean state)
   {
@@ -2639,6 +2695,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setFeatureGroupState(java.lang.String,
    * boolean)
    */
+  @Override
   public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
   {
     setFeatureGroupStateOn(getDefaultTargetFrame(), groups, state);
@@ -2649,6 +2706,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getSeparator()
    */
+  @Override
   public String getSeparator()
   {
     return separator;
@@ -2659,6 +2717,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * 
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#setSeparator(java.lang.String)
    */
+  @Override
   public void setSeparator(String separator)
   {
     if (separator == null || separator.length() < 1)
@@ -2703,6 +2762,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#addPdbFile(jalview.appletgui.AlignFrame,
    * java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String)
    */
+  @Override
   public boolean addPdbFile(AlignFrame alFrame, String sequenceId,
           String pdbEntryString, String pdbFile)
   {
@@ -2719,6 +2779,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
     return alignPdbStructures;
   }
 
+  @Override
   public void start()
   {
     // callInitCallback();
@@ -2752,6 +2813,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
    * @see jalview.bin.JalviewLiteJsApi#getJsMessage(java.lang.String,
    * java.lang.String)
    */
+  @Override
   public String getJsMessage(String messageclass, String viewId)
   {
     Hashtable<String, String[]> msgset = jsmessages.get(messageclass);