JAL-3187 Viewport schema attributes for showComplementFeatures[OnTop]
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Fri, 7 Jun 2019 12:42:24 +0000 (13:42 +0100)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Fri, 7 Jun 2019 12:42:24 +0000 (13:42 +0100)
26 files changed:
schemas/jalview.xsd
src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationColourScheme.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleMatrix.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleVector.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MapListType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java
src/jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/jalview/PcaDataType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ThresholdType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.java
src/jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/package-info.java

index 07dee98..1d2235e 100755 (executable)
                                                                </xs:documentation>
                                                        </xs:annotation>
                                                </xs:attribute>
+                                               <xs:attribute name="showComplementFeatures" type="xs:boolean" use="optional" default="false" />
+                                               <xs:attribute name="showComplementFeaturesOnTop" type="xs:boolean" use="optional" default="false" />
                                        </xs:complexType>
                                </xs:element>
                                <xs:element name="UserColours" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
index 83f1ee2..112247e 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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@@ -2,7 +2,7 @@
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index b4c07bc..308125d 100644 (file)
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index 5684acf..24349cc 100644 (file)
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index ed57edc..346d74d 100644 (file)
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@@ -208,6 +208,8 @@ import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  *                   &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
  *                   &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *                   &lt;attribute name="showComplementFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
+ *                   &lt;attribute name="showComplementFeaturesOnTop" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  *                 &lt;/restriction>
  *               &lt;/complexContent>
  *             &lt;/complexType>
@@ -4808,6 +4810,8 @@ public class JalviewModel {
      *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
      *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
      *       &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+     *       &lt;attribute name="showComplementFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
+     *       &lt;attribute name="showComplementFeaturesOnTop" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
      *     &lt;/restriction>
      *   &lt;/complexContent>
      * &lt;/complexType>
@@ -4914,6 +4918,10 @@ public class JalviewModel {
         protected String id;
         @XmlAttribute(name = "complementId")
         protected String complementId;
+        @XmlAttribute(name = "showComplementFeatures")
+        protected Boolean showComplementFeatures;
+        @XmlAttribute(name = "showComplementFeaturesOnTop")
+        protected Boolean showComplementFeaturesOnTop;
         @XmlAttribute(name = "width")
         protected Integer width;
         @XmlAttribute(name = "height")
@@ -6034,6 +6042,62 @@ public class JalviewModel {
         }
 
         /**
+         * Gets the value of the showComplementFeatures property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link Boolean }
+         *     
+         */
+        public boolean isShowComplementFeatures() {
+            if (showComplementFeatures == null) {
+                return false;
+            } else {
+                return showComplementFeatures;
+            }
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the showComplementFeatures property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link Boolean }
+         *     
+         */
+        public void setShowComplementFeatures(Boolean value) {
+            this.showComplementFeatures = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link Boolean }
+         *     
+         */
+        public boolean isShowComplementFeaturesOnTop() {
+            if (showComplementFeaturesOnTop == null) {
+                return false;
+            } else {
+                return showComplementFeaturesOnTop;
+            }
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link Boolean }
+         *     
+         */
+        public void setShowComplementFeaturesOnTop(Boolean value) {
+            this.showComplementFeaturesOnTop = value;
+        }
+
+        /**
          * Gets the value of the width property.
          * 
          * @return
index 701647c..5362365 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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 //
 
 
index 3d7b5eb..9771383 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index 3cbebc0..611c450 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index 15fc45d..0e9159c 100644 (file)
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 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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index 6858f07..df3ee93 100644 (file)
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index e8c7cf2..2db832a 100644 (file)
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 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
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index e8b7e28..704b020 100644 (file)
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 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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-// Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
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index 1f68de9..25f2d97 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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-// Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
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