Merge branch 'develop' into features/JAL-845splitPaneMergeDevelop
authorJim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Fri, 6 Mar 2015 15:40:33 +0000 (15:40 +0000)
committerJim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
Fri, 6 Mar 2015 15:40:33 +0000 (15:40 +0000)
JAL-1645 bring JAL-845 feature branch up to date ready for develop merge

Conflicts:
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
test/jalview/analysis/DnaTranslation.java

841 files changed:
README
RELEASE
build.xml
doc/AddingGroovySupport.html
doc/JalviewRNASupport.html
doc/building.html
doc/developing.html
doc/index.html
doc/newdmobj.html
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examples-jbake/assets/css/ie7.css
examples-jbake/assets/css/reset.css
examples-jbake/assets/css/style.css
examples-jbake/assets/exampleFeatures.txt
examples-jbake/assets/javascript/jalview.js
examples-jbake/templates/header.ftl
examples-jbake/templates/jvl_embedded.ftl
examples-jbake/templates/jvl_examples.ftl
examples-jbake/templates/jvl_formComplete.ftl
examples-jbake/templates/jvl_javascriptLaunch.ftl
examples-jbake/templates/jvl_linkedapplets_ng.ftl
examples/appletParameters.html
examples/applets.html
examples/css/ie6.css
examples/css/ie7.css
examples/css/reset.css
examples/css/style.css
examples/embedded.html
examples/embeddedWJmol.html
examples/exampleFeatures.txt
examples/formComplete.html
examples/jalviewLiteJs.html
examples/javascript/jalview.js
examples/javascriptLaunch.html
examples/linkedapplets_ng.html
examples/u_applets.html
examples/u_embedded.html
examples/u_embeddedWJmol.html
examples/u_formComplete.html
examples/u_javascriptLaunch.html
examples/u_linkedapplets_ng.html
help/help.hs
help/help.jhm
help/helpTOC.xml
help/html/calculations/columnFilterByAnnotation.html
help/html/calculations/consensus.html
help/html/calculations/conservation.html
help/html/calculations/pairwise.html
help/html/calculations/pca.html
help/html/calculations/quality.html
help/html/calculations/recoverInputdata.html
help/html/calculations/redundancy.html
help/html/calculations/scorematrices.html
help/html/calculations/sorting.html
help/html/calculations/structureconsensus.html
help/html/calculations/tree.html
help/html/calculations/treeviewer.html
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help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
help/html/colourSchemes/blosum.html
help/html/colourSchemes/buried.html
help/html/colourSchemes/clustal.html
help/html/colourSchemes/conservation.html
help/html/colourSchemes/helix.html
help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
help/html/colourSchemes/index.html
help/html/colourSchemes/nucleotide.html
help/html/colourSchemes/pid.html
help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html
help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
help/html/colourSchemes/strand.html
help/html/colourSchemes/taylor.html
help/html/colourSchemes/textcolour.html
help/html/colourSchemes/turn.html
help/html/colourSchemes/user.html
help/html/colourSchemes/zappo.html
help/html/editing/index.html
help/html/features/annotation.html
help/html/features/annotationsFormat.html
help/html/features/chimera.html
help/html/features/clarguments.html
help/html/features/codingfeatures.html
help/html/features/commandline.html
help/html/features/creatinFeatures.html
help/html/features/cursorMode.html
help/html/features/dasfeatures.html
help/html/features/dassettings.html
help/html/features/editingFeatures.html
help/html/features/featuresFormat.html
help/html/features/featureschemes.html
help/html/features/featuresettings.html
help/html/features/groovy.html
help/html/features/hiddenRegions.html
help/html/features/jalarchive.html
help/html/features/jmol.html
help/html/features/multipleViews.html
help/html/features/newkeystrokes.html
help/html/features/overview.html
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help/html/features/preferences.html
help/html/features/search.html
help/html/features/seqfeatures.html
help/html/features/seqfetch.html
help/html/features/seqmappings.html
help/html/features/varna.html
help/html/features/viewingpdbs.html
help/html/features/wrap.html
help/html/features/xsspannotation.html
help/html/index.html
help/html/io/export.html
help/html/io/exportseqreport.html
help/html/io/fileformats.html
help/html/io/index.html
help/html/io/modellerpir.html
help/html/io/tcoffeescores.html
help/html/keys.html
help/html/memory.html
help/html/menus/alignmentMenu.html
help/html/menus/alwannotation.html
help/html/menus/alwannotationpanel.html
help/html/menus/alwcalculate.html
help/html/menus/alwcolour.html
help/html/menus/alwedit.html
help/html/menus/alwfile.html
help/html/menus/alwformat.html
help/html/menus/alwselect.html
help/html/menus/alwview.html
help/html/menus/desktopMenu.html
help/html/menus/index.html
help/html/menus/popupMenu.html
help/html/menus/wsmenu.html
help/html/misc/aaproperties.html
help/html/misc/aminoAcids.html
help/html/misc/geneticCode.html
help/html/na/index.html
help/html/privacy.html
help/html/releases.html
help/html/vamsas/index.html
help/html/webServices/AACon.html
help/html/webServices/JABAWS.html
help/html/webServices/RNAalifold.html
help/html/webServices/dbreffetcher.html
help/html/webServices/index.html
help/html/webServices/jnet.html
help/html/webServices/msaclient.html
help/html/webServices/newsreader.html
help/html/webServices/proteinDisorder.html
help/html/webServices/shmr.html
help/html/webServices/urllinks.html
help/html/webServices/webServicesParams.html
help/html/webServices/webServicesPrefs.html
help/html/whatsNew.html
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nbbuild.xml
nbproject/project.xml
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resources/uniprot_mapping.xml
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schemas/jalview.nodesc.properties
schemas/jalview.properties
schemas/jalview.xsd
schemas/jalviewJvV1.xsd
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schemas/vamsasJvV1.xsd
src/MCview/AppletPDBCanvas.java
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src/MCview/Bond.java
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src/MCview/PDBViewer.java
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src/MCview/Residue.java
src/MCview/Zsort.java
src/castor.properties
src/ext/vamsas/IRegistry.java
src/ext/vamsas/IRegistryService.java
src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
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src/ext/vamsas/JpredService.java
src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
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src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
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src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
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src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
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src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java
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src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java
src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java
src/jalview/api/AlignViewControllerI.java
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
src/jalview/api/FeatureRenderer.java
src/jalview/api/OOMHandlerI.java
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src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java
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src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
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src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
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src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
src/jalview/appletgui/Finder.java
src/jalview/appletgui/FontChooser.java
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src/jalview/appletgui/IdPanel.java
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src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
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src/jalview/bin/Jalview.java
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src/jalview/binding/AnnotationElement.java
src/jalview/binding/Colour.java
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src/jalview/binding/FeatureSettings.java
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src/jalview/binding/PdbentryItem.java
src/jalview/binding/Pdbids.java
src/jalview/binding/Property.java
src/jalview/binding/Sequence.java
src/jalview/binding/SequenceSet.java
src/jalview/binding/SequenceType.java
src/jalview/binding/Setting.java
src/jalview/binding/Tree.java
src/jalview/binding/UserColourScheme.java
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src/jalview/binding/VamsasModel.java
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src/jalview/commands/CommandI.java
src/jalview/commands/EditCommand.java
src/jalview/commands/OrderCommand.java
src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
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src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
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src/jalview/datamodel/Annotation.java
src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
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src/jalview/datamodel/Mapping.java
src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
src/jalview/datamodel/Provenance.java
src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
src/jalview/datamodel/SearchResults.java
src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java
src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java
src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
src/jalview/datamodel/SequenceI.java
src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
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src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
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src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
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src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
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src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
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src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
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src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/Finder.java
src/jalview/gui/FontChooser.java
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src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
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src/jalview/gui/IdPanel.java
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src/jalview/gui/PaintRefresher.java
src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
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src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
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src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
src/jalview/gui/SVGOptions.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/ScriptWindow.java
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src/jalview/gui/SeqPanel.java
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src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
src/jalview/gui/SliderPanel.java
src/jalview/gui/SplashScreen.java
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src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
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src/jalview/io/AnnotationFile.java
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src/jalview/io/ClansFile.java
src/jalview/io/ClustalFile.java
src/jalview/io/DBRefFile.java
src/jalview/io/FastaFile.java
src/jalview/io/FeaturesFile.java
src/jalview/io/FileLoader.java
src/jalview/io/FileParse.java
src/jalview/io/FormatAdapter.java
src/jalview/io/HTMLOutput.java
src/jalview/io/IdentifyFile.java
src/jalview/io/InputStreamParser.java
src/jalview/io/JPredFile.java
src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
src/jalview/io/JalviewFileView.java
src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
src/jalview/io/MSFfile.java
src/jalview/io/MatrixFile.java
src/jalview/io/ModellerDescription.java
src/jalview/io/NewickFile.java
src/jalview/io/PIRFile.java
src/jalview/io/PfamFile.java
src/jalview/io/PileUpfile.java
src/jalview/io/RnamlFile.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
src/jalview/io/packed/DataProvider.java
src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
src/jalview/io/vamsas/Tree.java
src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java
src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java
src/jalview/javascript/JsCallBack.java
src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java
src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
src/jalview/jbgui/GDesktop.java
src/jalview/jbgui/GFinder.java
src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java
src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
src/jalview/math/Matrix.java
src/jalview/math/RotatableMatrix.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
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src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java
src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java
src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
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src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
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src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
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src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
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src/jalview/structure/VamsasSource.java
src/jalview/structures/models/SequenceStructureBindingModel.java
src/jalview/util/AWTConsole.java
src/jalview/util/BrowserLauncher.java
src/jalview/util/ColorUtils.java
src/jalview/util/Comparison.java
src/jalview/util/DBRefUtils.java
src/jalview/util/Format.java
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src/jalview/util/ImageMaker.java
src/jalview/util/MapList.java
src/jalview/util/MessageManager.java
src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java
src/jalview/util/Platform.java
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src/jalview/util/TableSorter.java
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src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java
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src/jalview/viewmodel/PCAModel.java
src/jalview/workers/AlignCalcManager.java
src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java
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src/jalview/workers/ConservationThread.java
src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
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src/jalview/ws/AWsJob.java
src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
src/jalview/ws/HttpClientUtils.java
src/jalview/ws/JobStateSummary.java
src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
src/jalview/ws/WSClient.java
src/jalview/ws/WSClientI.java
src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java
src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java
src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java
src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java
src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java
src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java
src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java
src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java
src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java
src/jalview/ws/jws2/JPred301Client.java
src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java
src/jalview/ws/jws2/JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker.java
src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java
src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java
src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
src/jalview/ws/params/OptionI.java
src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
src/jalview/ws/params/ParamManager.java
src/jalview/ws/params/ParameterI.java
src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
src/jalview/ws/params/simple/Option.java
src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
src/jalview/ws/rest/InputType.java
src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
src/jalview/ws/rest/RestClient.java
src/jalview/ws/rest/RestJob.java
src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java
src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java
src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java
src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java
src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
src/uk/ac/ebi/www/Data.java
src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
src/vamsas/IMsaWS.java
src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/Object.java
src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/Result.java
src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java
test/jalview/bin/CommandLineOperations.java
test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java
test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java
test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java
test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java
test/jalview/io/FileIOTester.java
test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
test/jalview/io/NewickFileTests.java
test/jalview/io/RNAMLfileTest.java
test/jalview/io/StockholmFileTest.java
test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java
test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java
test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java
test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java
test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java
test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java
test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java
test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java
test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java
test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java
test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java
utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml
utils/getJavaVersion.java
utils/gff2annot.pl
utils/help2Website.java
utils/jarunsigner.pl
utils/patchGt.pl
utils/splitstockholm.pl

diff --git a/README b/README
index 10f032b..cbc93b1 100755 (executable)
--- a/README
+++ b/README
@@ -4,7 +4,7 @@ Jalview Readme
 
 The source is available as a tar file and comes complete with the GNU General Public License. 
 
-To build the application you will need a J2SDK 1.6+. 
+To build the application you will need a J2SDK 1.7+. 
 
 An Ant build file (build.xml) is provided, you will need to install Apache Ant first. 
 Run ant to view usage which will display a list of useful build targets.
diff --git a/RELEASE b/RELEASE
index 11598ab..72e42f6 100644 (file)
--- a/RELEASE
+++ b/RELEASE
@@ -1,2 +1,2 @@
-jalview.release=Release_2_8_2_Branch
-jalview.version=2.8.2
+jalview.release=Release_2_8_2b1_Branch
+jalview.version=2.8.2b1
index 478e936..49fd37e 100755 (executable)
--- a/build.xml
+++ b/build.xml
@@ -1,7 +1,7 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <!--
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- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
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  * 
             <exclude name="jalview.jar" />
                <exclude name="*jnilib.jar"/>
           </fileset>
+       </resources>
+        <resources os="Mac OS X">
           <property name="jalview.version" value="${JALVIEW_VERSION}" />
-               <fileset dir="${packageDir}" os="Mac OS X">
+               <fileset dir="${packageDir}">
                        <include name="*quaqua*.jnilib.jar"/>
                </fileset>
         </resources>
   </signjar>
   <!-- bizarre bug causes JmolApplet to always get signed, even if excluded from above. so copy explicitly -->
   <copy file="appletlib/${jmolJar}" tofile="${packageDir}/examples/u_${jmolJar}" overwrite="true" />
+       <!-- finally, replace any launchApp servlet tags with a version specification -->
+       <replace value="http://www.jalview.org/services/launchApp?version=${JALVIEW_VERSION}&quot;">
+               <replacetoken><![CDATA[http://www.jalview.org/services/launchApp"]]></replacetoken>
+               <fileset dir="${packageDir}/examples">
+                       <include name="**/*.html"/>
+               </fileset>
+       </replace>
+       <replace value="http://www.jalview.org/services/launchApp?version=${JALVIEW_VERSION}'">
+               <replacetoken><![CDATA[http://www.jalview.org/services/launchApp']]></replacetoken>
+               <fileset dir="${packageDir}/examples">
+                       <include name="**/*.html"/>
+               </fileset>
+       </replace>
+
 </target>
 <target name="sourcedoc" description="Create jalview source documentation pages" depends="init">
   <javadoc destdir="${javadocDir}">
index 0cb58c6..41e34ce 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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 <!--
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index 23124f4..4c0500a 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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 <!--
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index 59f4dc3..3a39691 100755 (executable)
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index 0e73294..b7f1d51 100644 (file)
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index c551491..793fd11 100644 (file)
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 <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
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index d77fc97..cc6e5c6 100644 (file)
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index 85fd06f..adb1745 100755 (executable)
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index 7890854..dfe8c26 100644 (file)
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index b0daf29..a32ffc9 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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index b61c7a9..62d58b0 100644 (file)
@@ -8,7 +8,7 @@
     <li><a href="plantfdx.annotations">plantfdx.annotations</a> -
       Jalview Alignment Annotations File</li>
   </ul>
-  <@jvlitebutton appjar="${content.jvl}" width=756 height=560 
+  <@jvlitebutton appjar="${content.jvl},${content.jmol}" width=756 height=560 
                 params={
                 "file":"plantfdx.fa",
                 "annotations":"plantfdx.annotations",
index f2bf8b1..ec5c684 100644 (file)
@@ -12,7 +12,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
   <table width="90%">
     <tr>
       <td width="10%" valign="center">
-       <@jvlitebutton appjar="${content.jvl}" params={ "permissions":"all-permissions" , "file":"uniref50.fa"
+       <@jvlitebutton appjar="${content.jvl},${content.jmol}" params={ "permissions":"all-permissions" , "file":"uniref50.fa"
                       , "treeFile":"ferredoxin.nw"
                       , "userDefinedColour":"C=yellow; R,K,H=FF5555; D,E=5555FF"
                       , "showFullId":"false"
@@ -24,7 +24,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
        group consensus and sequence logos are shown below the alignment.</td>
     </tr>
     <tr>
-      <td width="10%" valign="center"><@jvlitebutton appjar="${content.jvl}" params={ "permissions":"all-permissions",
+      <td width="10%" valign="center"><@jvlitebutton appjar="${content.jvl},${content.jmol}" params={ "permissions":"all-permissions",
        "file":"uniref50.fa"
                                                     , "features":"exampleFeatures.txt"
                                                     , "showFeatureSettings":"true"
@@ -49,7 +49,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
        FER1_MAIZE</td>
     </tr>
     <tr>
-      <td width="10%" valign="center"><@jvlitebutton appjar="${content.jvl}" params={ "permissions":"all-permissions"
+      <td width="10%" valign="center"><@jvlitebutton appjar="${content.jvl},${content.jmol}" params={ "permissions":"all-permissions"
                                                       , "file":"jpred_msa.fasta"
                                                       , "jnetfile":"jpred_msa.seq.concise"
                                                       , "defaultColour":"Clustal"
@@ -71,7 +71,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
   </p>
   <table width="90%">
     <tr>
-      <td width="10%" valign="center"><@jvlitebutton appjar="${content.jvl}" params={ "permissions":"all-permissions"
+      <td width="10%" valign="center"><@jvlitebutton appjar="${content.jvl},${content.jmol}" params={ "permissions":"all-permissions"
                                                     , "file":"RF00031_folded.stk"
                                                     , "defaultColour":"Purine/Pyrimidine"
                                                     , "showAnnotation":"true"
index cab6cc3..ff82339 100644 (file)
@@ -5,7 +5,7 @@ instance on the page.</p>
 View the source in your browser to see how it has been done. <br/>
 <a name="api">View the full <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite API documentation</a>.</a>
 <applet code="jalview.bin.JalviewLite" width="0" height="0"
-       archive="${content.jvl}" name="Jalview">
+       archive="${content.jvl},${content.jmol}" name="Jalview">
   <#if content.permissions?exists><param name="permissions" value="${content.permissions}"/></#if>
   <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
   <param name="features" value="plantfdx.features"/>
index 43ae6c2..a6ce80a 100644 (file)
@@ -83,7 +83,7 @@ function startJalview(aligURL,title,alwvar) {
 </SCRIPT>
   <form name="Form1">
 <applet name="JalviewLite"  code="jalview.bin.JalviewLite"
-archive="${content.jvl}" width="0" height="0">
+archive="${content.jvl},${content.jmol}" width="0" height="0">
 <param name="debug" value="true"/>
 <param name="showbutton" value="false"/>
 <#if (content.permissions?exists)>
index 1de2e58..6c0e6d5 100644 (file)
@@ -24,7 +24,7 @@
        <script> 
   var attributes = {
     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-    archive : '${content.jvl}',
+    archive : '${content.jvl},${content.jmol}',
     width : 800,
     height : 300,
     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
@@ -57,7 +57,7 @@
 <script> 
   var attributes = {
     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-    archive : '${content.jvl}',
+    archive : '${content.jvl},${content.jmol}',
     width : 800,
     height : 300,
     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
index 2f34c46..e7b00b5 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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index cc85e86..9d94c69 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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@@ -189,7 +189,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
       <td width="10%" valign="center">
        <applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="uniref50.fa"/>
 <param name="treeFile" value="ferredoxin.nw"/>
@@ -215,7 +215,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
     <tr>
       <td width="10%" valign="center"><applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="uniref50.fa"/>
 <param name="features" value="exampleFeatures.txt"/>
@@ -266,7 +266,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
     <tr>
       <td width="10%" valign="center"><applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="jpred_msa.fasta"/>
 <param name="jnetfile" value="jpred_msa.seq.concise"/>
@@ -297,7 +297,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
     <tr>
       <td width="10%" valign="center"><applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="RF00031_folded.stk"/>
 <param name="showFullId" value="false"/>
index 11c7f65..2a70fa1 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /**
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index 27a3f0d..47ba859 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /**
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index 71df1ed..de3e422 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 61a39e9..3184fde 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
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index a14dd75..ce17f7d 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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@@ -185,7 +185,7 @@ var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_tr
   </ul>
   <applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="756" height="560"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
 <param name="features" value="plantfdx.features"/>
index f482ebe..e8c9df3 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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@@ -138,7 +138,7 @@ function genHref()
  var _jvA=new Object();
  _jvA.attributes = {
   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-  archive : 'jalviewApplet.jar',
+  archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
   width : '500',
   height : '350',
   mayscript : 'True',
index 85fd06f..adb1745 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 #-------------------------------------------------------------------------------
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 # 
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 # 
index b37c65e..36adb22 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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@@ -180,7 +180,7 @@ instance on the page.</p>
 View the source in your browser to see how it has been done. <br/>
 <a name="api">View the full <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite API documentation</a>.</a>
 <applet code="jalview.bin.JalviewLite" width="0" height="0"
-       archive="jalviewApplet.jar" name="Jalview">
+       archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar" name="Jalview">
   
   <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
   <param name="features" value="plantfdx.features"/>
index 891e46e..c72e801 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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index 7890854..dfe8c26 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /**
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index 4a9abfe..24e4516 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
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@@ -258,7 +258,7 @@ function startJalview(aligURL,title,alwvar) {
 </SCRIPT>
   <form name="Form1">
 <applet name="JalviewLite"  code="jalview.bin.JalviewLite"
-archive="jalviewApplet.jar" width="0" height="0">
+archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar" width="0" height="0">
 <param name="debug" value="true"/>
 <param name="showbutton" value="false"/>
 </applet>
index 9c88710..e7e9bec 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"> 
 <!--
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@@ -201,7 +201,7 @@ var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_tr
        <script> 
   var attributes = {
     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-    archive : 'jalviewApplet.jar',
+    archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
     width : 800,
     height : 300,
     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
@@ -234,7 +234,7 @@ var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_tr
 <script> 
   var attributes = {
     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-    archive : 'jalviewApplet.jar',
+    archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
     width : 800,
     height : 300,
     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
index 9402c43..514d4b8 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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index 8821474..bd42b60 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
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index 1d2e03b..f744f8e 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
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index 005e29a..057156e 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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index 1ed627b..ec4b077 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
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index ac07168..594231d 100755 (executable)
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index 01d9f64..318c112 100755 (executable)
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index 72691ce..eeee788 100755 (executable)
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@@ -207,7 +207,7 @@ Group association is turned off for subsequent annotation rows by:
 </p>
 <hr/>
 <p><strong><a name="refsandviews">VIEW_SETREF, VIEW_HIDECOL and HIDE_INSERTIONS</a></strong><br/>
-Since Jalview 2.9, the Annotations file has also supported the definition of views on the alignment, and definition of hidden regions.</p>
+Since Jalview 2.8.3, the Annotations file has also supported the definition of views on the alignment, and definition of hidden regions.</p>
 <!--   <p>
                <em>VIEW_DEF</em> allows the current view to be named according to the
                first argument after the tab character. If a second argument is
index dbaad73..31ca419 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
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index 2a040fe..8a72d4d 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
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index d0a46a0..763a4f2 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 612ec76..9680235 100644 (file)
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@@ -49,7 +49,7 @@
                                currently selected groups of the alignment will be subdivided
                                according to the contents of the currently selected region. <br />Use
                                this to subdivide an alignment based on the different combinations
-                               of residues at marked columns. (since Jalview 2.9)
+                               of residues at marked columns. (since Jalview 2.8.3)
                </em></li>
                <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
   </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
index e8fce84..e55a7f7 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 153a79a..374aa9c 100755 (executable)
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index 7e1ed70..bd5c107 100755 (executable)
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index 63bb815..6bb2e3a 100755 (executable)
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index 9b8d66c..cf5b157 100755 (executable)
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index d65ca4d..8c1e3e0 100755 (executable)
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index 5d93f95..df5312a 100755 (executable)
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index 5695dc4..83fcfea 100755 (executable)
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index 844b6b7..11549fd 100644 (file)
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index e19122c..1635475 100644 (file)
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index 890f343..49d4c3f 100755 (executable)
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                        </td>
                </tr>
                <tr>
+                       <td width="60" nowrap>
+                               <div align="center">
+                                       <strong><a name="Jalview.2.8.2b1">2.8.2b1</a><br /> <em>15/12/2014</em></strong>
+                               </div>
+                       </td>
+                       <td>
+                               <div align="center">
+                               </div>
+                       </td>
+                       <td>
+                               <div align="center">
+                                       <ul><li>Reinstated the display of default example file on startup</li>
+                                       <li>All pairs shown in Jalview window when viewing result of pairwise alignment</li>
+                                       </ul>
+                               </div>
+                       </td>
+               </tr>
+               <tr>
                        <td><div align="center">
-                                       <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>23/2/2015</em></strong>
+                                       <strong><a name="Jalview.2.8.3">2.8.3</a><br /> <em>13/4/2015</em></strong>
                                </div></td>
                        <td><em>General</em>
                                <ul>
index fcc9b0c..292b2b6 100644 (file)
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index 9653e2c..6c1e7ec 100644 (file)
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index 8c964b4..6a6921e 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 6c3c6b5..461c720 100644 (file)
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index b02f940..0840768 100644 (file)
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index 29c74a9..c4d1e8d 100755 (executable)
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index 5555c73..cf914d3 100755 (executable)
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@@ -110,11 +110,15 @@ The annotation bars below the alignment are as follows:
        invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
 </ul>
 </p>
-<em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions can be displayed on other alignments via the <a href="">Add reference annotation</a></em>
-<em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
+       <em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions
+               can be displayed on other alignments via the <a
+               href="../features/annotation.html#seqannots">Add reference
+                       annotation</a> Sequence ID popup menu option.
+       </em>
+       <em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
 'Secondary structure prediction' submenu should be considered a legacy
 Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future by a
-JABAWS Jnet service (now available in the Jalview 2.9 development version).</em>
+JPred4 Rest service.</em>
 
 </body>
 </html>
index d1bedcb..6ba604f 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 79709fd..cb46eca 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index c267269..1f53a87 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 5d67f8a..28bd82e 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index c9d9832..27ec782 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index ba4a161..dbff597 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
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index c00b7f0..9f4c639 100644 (file)
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index a5d5d4a..3ee9b32 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 6260057..980e4e6 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
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index 1fbf3c9..3d8f3a1 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
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index b6aae2c..7199354 100644 (file)
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index edfc92d..c33b8a4 100644 (file)
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@@ -1318,7 +1318,12 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
   {
     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);
 
-    url.append("?open="
+    // allow servlet parameters to be passed in applet parameter
+    String firstSep = url.lastIndexOf("?") > url.lastIndexOf("/") ? "&"
+            : "?";
+    url.append(firstSep);
+
+    url.append("open="
             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));
 
     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)
index 58b2644..a216c29 100644 (file)
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index 6f843d0..9896ee7 100644 (file)
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index cc2e530..5fa7d6e 100644 (file)
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index fdbf1ff..ce50cee 100755 (executable)
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index 1b4c8c4..32d528c 100755 (executable)
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
 package jalview.ext.rbvi.chimera;
 
 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
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  */
 package jalview.ws.seqfetcher;
 
-import static org.junit.Assert.*;
+import static org.junit.Assert.assertEquals;
+import static org.junit.Assert.assertNotNull;
+import static org.junit.Assert.assertTrue;
+import jalview.analysis.CrossRef;
+import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.DBRefEntry;
+import jalview.datamodel.DBRefSource;
+import jalview.util.DBRefUtils;
+import jalview.ws.SequenceFetcher;
 
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.List;
 
-import jalview.datamodel.DBRefSource;
-import jalview.ws.DBRefFetcher;
-import jalview.ws.SequenceFetcher;
-import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
-
 import org.junit.AfterClass;
 import org.junit.BeforeClass;
 import org.junit.Test;
@@ -94,4 +97,23 @@ public class DbRefFetcherTest
             uniprot != null && i < 2);
   }
 
+  @Test
+  public void testEmblUniprotProductRecovery() throws Exception
+  {
+    String retrievalId = "CAA23748"; // "V00488";
+    DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(DBRefSource.EMBL).get(0);
+    assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client",embl);
+    AlignmentI alsq = embl.getSequenceRecords(retrievalId);
+    assertNotNull("Couldn't find the EMBL record " + retrievalId, alsq);
+    assertEquals("Didn't retrieve right number of records", 1, alsq.getHeight());
+    DBRefEntry[] dr = DBRefUtils.selectRefs(alsq.getSequenceAt(0).getDBRef(), DBRefSource.PROTEINSEQ);
+    assertNotNull(dr);
+    assertEquals("Expected a single Uniprot cross reference", 1, dr.length);
+    AlignmentI sprods = CrossRef.findXrefSequences(alsq.getSequencesArray(), true, dr[0].getSource(), alsq.getDataset());
+    assertNotNull(
+            "Couldn't recover cross reference sequence from dataset. Was it ever added ?",
+            sprods);
+    
+    
+  }
 }
index de1e865..6310934 100644 (file)
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index fc961f7..afd6402 100644 (file)
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index de27673..6699035 100644 (file)
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index ef174c4..e9e9ce7 100755 (executable)
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index 76ff05b..a924c2d 100644 (file)
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