for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)
{
Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);
Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);
Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");
Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");
for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)
{
Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);
Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);
Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");
Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");