Merge branch 'develop' into features/JAL-2316 features/JAL-2316
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Thu, 9 Feb 2017 11:50:07 +0000 (11:50 +0000)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Thu, 9 Feb 2017 11:50:07 +0000 (11:50 +0000)
1  2 
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

@@@ -138,8 -138,7 +138,8 @@@ action.view_flanking_regions = Show fla
  label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
  label.structures_manager = Structures Manager
  label.nickname = Nickname:
 -label.url = URL:
 +label.url = URL
 +label.url\: = URL:
  label.input_file_url = Enter URL or Input File
  label.select_feature = Select feature
  label.name = Name
@@@ -414,6 -413,7 +414,6 @@@ label.couldnt_import_as_vamsas_session 
  label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
  label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
  label.url_not_found = URL not found
 -label.no_link_selected = No link selected
  label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
  label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
  label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
@@@ -721,7 -721,8 +721,8 @@@ label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlin
  label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
  label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
  label.case_sensitive = Case Sensitive
- label.lower_case_colour = Lower Case Colour
+ label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
+ label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
  label.index_by_host = Index by Host
  label.index_by_type = Index by Type
  label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
@@@ -1270,21 -1271,4 +1271,21 @@@ label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQ
  label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
  label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
  label.do_not_display_again = Do not display this message again
 +exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
 +exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
 +label.filter = Filter text:
 +action.customfilter = Custom only
 +action.showall = Show All
 +label.insert = Insert:
 +action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
 +action.db_acc = $DB_ACCESSION$
 +label.primary = Double Click
 +label.inmenu = In Menu
 +label.id = ID
 +label.database = Database
 +label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
 +label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
 +warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
 +label.invalid_name = Invalid Name !
  label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
 +label.urllinks = Links
@@@ -135,8 -135,7 +135,8 @@@ action.view_flanking_regions = Mostrar 
  label.view_flanking_regions = Mostrar los datos de la secuencia a ambos lados de las subsecuencias implicadas en este alineamiento
  label.structures_manager = Administrar estructuras
  label.nickname = Sobrenombre:
 -label.url = URL: 
 +label.url\: = URL:
 +label.url = URL 
  label.input_file_url = Introducir URL en el fichero de entrada
  label.select_feature = Seleccionar característica
  label.name = Nombre
@@@ -381,6 -380,7 +381,6 @@@ label.couldnt_import_as_vamsas_session 
  label.vamsas_document_import_failed =  Fallo en la importación del documento Vamsas
  label.couldnt_locate = No se pudo localizar {0}
  label.url_not_found = URL no encontrada
 -label.no_link_selected = Enlace no seleccionado
  label.new_sequence_url_link = Enlace a una nueva secuencia URL
  label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = No se pueden editar anotaciones en vista envolvente
  label.wrapped_view_no_edit = Vista envolvente - no editar
@@@ -665,7 -665,8 +665,8 @@@ label.mark_unlinked_leaves = Marcar la
  label.associate_leaves_with = Asociar hojas con
  label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Guarde el esquema cromáticos con un nombre único y se añadirá al menú de colores
  label.case_sensitive = Sensible a mayúsculas
- label.lower_case_colour = Color para las minúsculas
+ label.lower_case_colour = Colorear todas las minúsculas
+ label.lower_case_tip = El color elegido se aplicará a todas las minúsculas
  label.index_by_host = Indizar por host
  label.index_by_type = Indizar por tipo
  label.enable_jabaws_services = Habilitar servicios JABAWS
@@@ -1270,21 -1271,4 +1271,21 @@@ label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQ
  label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Por favor, revise sus URLs en la pestaña 'Conexiones' de la ventana de Preferencias:
  label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL enlaza usando '$SEQUENCE_ID$' para accesiones DB ahora usar '$DB_ACCESSION$'.
  label.do_not_display_again = No mostrar este mensaje de nuevo
 +exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} es una id MIRIAM y no puede ser usada como nombre url personalizado
 +exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} no puede ser usada como etiqueta en más de un enlace
 +label.filter = Filtrar texto:
 +action.customfilter = Sólo personalizado
 +action.showall = Mostrar todo
 +label.insert = Insertar:
 +action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
 +action.db_acc = $DB_ACCESSION$
 +label.primary = Doble clic
 +label.inmenu = En Menú
 +label.id = ID
 +label.database = Base de datos
 +label.urltooltip = Sólo una url, que debe usar una id de secuencia, puede ser seleccionada en la opción 'On Click'
 +label.edit_sequence_url_link = Editar link de secuencia URL
 +warn.name_cannot_be_duplicate = Los nombres URL definidos por el usuario deben ser únicos y no pueden ser ids de MIRIAM
 +label.invalid_name = Nombre inválido !
  label.output_seq_details = Seleccionar Detalles de la secuencia para ver todas
 +label.urllinks = Enlaces
@@@ -210,7 -210,7 +210,7 @@@ public class APopupMenu extends java.aw
    Menu menu1 = new Menu();
  
    public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 -          Vector<String> links)
 +          List<String> links)
    {
      // /////////////////////////////////////////////////////////
      // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
      SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
      if (sg != null && sg.getSize() > 0)
      {
+       if (sg.isNucleotide())
+       {
+         conservationColour.setEnabled(false);
+         clustalColour.setEnabled(false);
+         BLOSUM62Colour.setEnabled(false);
+         zappoColour.setEnabled(false);
+         taylorColour.setEnabled(false);
+         hydrophobicityColour.setEnabled(false);
+         helixColour.setEnabled(false);
+         strandColour.setEnabled(false);
+         turnColour.setEnabled(false);
+         buriedColour.setEnabled(false);
+       }
+       else
+       {
+         purinePyrimidineColour.setEnabled(false);
+         nucleotideColour.setEnabled(false);
+       }
        editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
                "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
        showText.setState(sg.getDisplayText());