merge

JAL-1824 corrected copy'n'paste error introduced from JAL-1821 refactor which causes the IndexOutOfBoundException

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1821 formatting

JAL-1821 launch the structure view in a separate thread to avoid blocking the UI

JAL-1822 create dataset sequences if they aren’t already created before checking for cDNA/protein mapping
note JAL-407 - should really search for copies of the nucleotides in the local dataset and merge rather than create new ones willynilly!

JAL-1821 JAL-1759 make sure we wait around until the current script has finished before starting superposition

JAL-1821 patch for completeness - first model number is zero

JAL-1816 fixed bug in identify file preventing it from identifying a Fasta file containing a right angle bracket in its annotation

JAL-1821 updated implementation of launchStructureViewer method to use currently selected sequences instead of trying to collate them from the viewport (as suggested by Jim)

updated the reference sequence column of cached structure  summary table to hold the actual object

JAL-1788 updated biojson docs

JAL-1821 updated the reference sequence column of structure chooser summary table to hold the actual object

JAL-1821 JAL-1759 reinstate rotation speed configuration - parameter has some effect in 14.2

JAL-1821 JAL-1759 updated Jmol has different model behaviour - select model * to show all models. Need to check behaviour with multimodel files


JAL-1821 avoid race condition when multiple structures loaded in Jmol where getFiles() returns {null} and waitUntilLoad times out rather than performs superposition

JAL-1443 modified exception notifications

JAL-1710 filtered colons(:) from structure chooser query as it conflicts with solr queries and results in exceptions

JAL-1821 discarded sequence name truncation in summary table

Merge branch 'features/JAL-1759jmolUpdate' into develop
updates from revisions due to JAL-1805

JAL-1759 formatting


JAL-1759 reinstate changes from bdfde6ef989da0702cef90f03858f0f30e0bc83a
 lost during merge.

JAL-1759 formatting

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-1794_jettyExamplesServer' into develop

Resolved merge conflict in EdtiCommandTest.java

JAL-1805 modified test setup's so the are ran for groups which requires them

JAL-1819 Test cases for Identify file

Merge branch 'bug/JAL-1819_isNaN' into develop

JAL-1819 commented out debugging message to stderr

JAL-1551 JAL-1819 formatting/imports

JAL-1819 use Float.isNaN() to check for NaNs!

JAL-1805 add group spec to the BeforeMethod setup - updated the TESTNG entry to show improvement.

JAL-1782 added summary test report for Release_2_9_Branch - Functional tests only

JAL-1667 JAL-1668 JAL-1553 help docs update

Merge

JAL-1443 bugfix to prevent loading of unidentifiable gibberish data

Merge branch 'ismb/2015_demo' into develop

revision for JAL-1749 - ensure view 2D structure menu is removed when no structures are available

fix for JAL-1776 renamed popup menu entry

updated version info in seqfetch.html

JAL-1553 reviewed & updated docs

JAL-1667 JAL-1668 updated reviewed and updated docs

JAL-1788 updated docs

JAL-1813 only pair up A-Z with a-z if annotation is RNA

JAL-1769 updated test data

JAL-1788 added help documentation for biojson

JAL-1759 corrected jmol applet lib name

JAL-1759 code fix to enable testng ant task compile and run

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1769 increased timeout period for eps generation

JAL-1806 bug fix to loop through the entire data file to check for a html or rnaml tag when the data file starts with <

JAL-1769 added test for commandline input operations

JAL-1759 merge from develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1598 replaced faulty regex, amended Varna call, to get pseudo-knots

JAL-1641 biojson documentation with docson

JAL-1769 fixed output to jalview (.jpv) file in headless mode. Initial cause of failure: NPE while trying to save varna viewers (Desktop.destop is null in headless mode)

JAL-1805 test envirionment separation

Merge branch 'features/1769_headless-mode-test' into develop

JAL-1641 added json schema for jalview JSON model, the schema is employed for documentation but can be more usefull for validation in the future

JAL-1769 fixed headless execution mode and created test for all possible outputs

JAL-1081 unit tests added

JAL-1782 refactored test to ensure it passes in TestNG

JAL-1421 generics used for leaner safer code

JAL-1799 tweaked calculation for applet, now showing 2 not 3 seqs

JAL-1799 equivalent logic in applet

JAL-1759 updated Jmol version in nbproject, install anywhere,
THIRDPARTYLIBS, (but not yet appletParameters.html)

JAL-892 jnlp, installAnywhere, build, licence references updated to 3.93

Merge branch 'develop' into features/JAL-892varnaToProject

JAL-892 1 second delay for correct initial rendering; code tidy up

Merge branch 'bug/JAL-1443_loading-empty-file' into develop

JAL-1443 data validation for empty content before loading alignment from file or clipboard

JAL-1677 check all response lines when parsing REST server port

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1681 more condensed tooltip where codons share same percentage

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

house keeping

JAL-1802 explanatory comment added

JAL-1802 handle slide sequences edits in split frame mode

Merge branch 'develop' into features/JAL-1759jmolUpdate

JAL-1799 deduct more space for decorators on Windows

JAL-1619 align the added sequences to match what they are added to

JAL=1759 fix Jmol state command bug; remove debug output

JAL-1759 unused JmolPopup removed, code tidy for generics

JAL-1759 deprecated EnfinEnvision2OneWay removed

JAL-1759 JMol now Jmol !

JAL-1759 unused field / methods removed

Merge branch 'features/JAL-1641_JSON-tests-and-docs' into develop

JAL-1641 round trip test/refactoring

JAL-1691 trackpad scrolling goes to full width even with short sequences

JAL-1799 adjusted annotation height calculation

JAL-1759 correct conversion of Jmol Chain.chainId (int) to string +
tests

JAL-1641 fixed broken functionalities after refactor

JAL-1782 BeforeMethod added to fix test in NG

Merge branch 'develop' into features/JAL-892varnaToProject

JAL-1759 changed to non-deprecated Viewer.renderScreenImage()

Merge branch 'develop' into features/JAL-1759jmolUpdate

Conflicts:
.classpath
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
test/jalview/io/NewickFileTests.java

JAL-1759 updates for Jmol 14.2.14_25.06.11

merge