kkv change

Map arbitrary series of non-overlapping integer intervals on one range to another on another range - with an integer ratio for each range

Page setup added

boolean for internal copies

Hidden representatives moved from sequence to viewport

refactoring (added seqIndex/resIndex state for incremental search)

refactored search algorithm from gui classes

transfer resnum features now returns features (could be passed to feature renderer)

reoganization of PDB sequence fetching for sequence annotation generated by PDBFile

PDBChain maintains reference to dataset of sequences created by PDBfile reader.

datasetSequence derive method and some checks

export features/annotations not for import

Applet can output and load annotations, features

Neeed to know protocol for annotation loading

Need to know protocol to load anntotations

javadoc

added sequence feature copy constructor.

transfer and update of sequenceFeatures for associated alignment sequence
fixed mapping bug for sequences that do not start at 1.

random ';'

transfer and update of sequenceFeatures for associated alignment sequence

fixed last-residue bug and added sequence feature creation and transfer for resNum+insCode annotation for each sequence residue

added resNum+insCode string field for truly unambiguous PDB atom entry referencing/display

Add the last sequence before annotations

Take scrollOffset into account

Tool tip for annotation description

Set description on copy

Set tooltip

1.1 enabled

put vamsas bit back in

File Parsing returns Alignments, not Sequence[]

Is secondary structure label modified

Display description

Descriptions can be added to annotations

Edit name/description added to applet

Fit to Window bug fixed

made atom attributes public (rather than put in get/set pairs)

Dont set the font of alignFrameMenubarcvs update appletgui/AlignFrame.java

Send new sequences when firing alignment changed

Reads in anything following seq id as a description

HEADER and ATOM must be position 0

type change

description from vamsas sequence and file type change

check on sequence length

getSequenceAsString

getSequenceAsString

remove unnecessary import

type change

org.vamsas is now uk.ac.vamsas

description may be null

set sequence_ref alignment

Watch out for - symbol lin jnet files

Are the labels all secondary Strutures? are the displayChars actually descriptions?

one less cast

fixed introduced bug (doh)

clarified help documentation for annotation file format and tweaked reader code to ensure input commutes with output.

ensure lastSeq is refreshed if new feature added

set labels null if not being used

dont add char[] ref to a string

type change

typo fix.

general pairwise substitution score models for pairwise alignments and trees.

protected ok

Change text of ok if viewport not null

textfield has focus

Set startRes 0 for switch to wrap view

sequence is char []

Sequence is char []

random notes on putting a Groovy interpreter into Jalview.

indexOf replaces contains

char array replaces string for cuts

DasRegistry moved again

sg might be null if mouse released after coloumns removed

Return true or false if file saved

Warning message if file was not saved, repaint ids on multiple views

fix bad grammar in new alignment title

version 2.2

Format changes

jpg replaces gif

replace with jpg

Close strong tag

lower case file

CurrentColour must not be accessed by multiple sequence renderers

EBI web service interface update (and SequenceFetcher bugfix)

CurrentColour must not be accessed by multiple sequence renderers

Dont change ap font from treePanel

Dont change ap font from treePanel

2.2 documentation

Tree title

REmove system.out

border 1

2.2 documentation

2.2 documentation

2.2 documentation

Loads PDB files from jar file, new views can open PDB file

No need to create tmpAnnotationPanel every paint

Translation should not be adjusted outside annotation loop

off by one group consensus calculation

2.2 documentation

Cant save to a URL loaded Jar file

Cant save to a URL loaded Jar file