after merge

After merge

After branch merge

PDB structure viewer updated

Saves features

New help files

Fixed bug dragonfly.compbio.dundee.ac.uk/mantis/view.php?id=9326 for viewing trees without explicit distances. made sure trees output from treeviewer contain only as much information (distance, bootstraps, etc) as was read in from original tree file (or algorithm).

added 3 letter IUB codes for ambiguous residues/bases

comma separated rgb values

getalignment method added

Quick fix for reading sequence

Select all cutandpaste

Don't exit if file not found and not headless

Sequence start end added for the time being

Remove float width

Request focus for new frames

Return if no searchString

Keylistener added to internalFrame

Remove development code

Remove redundancy from eclipse

Remove redundancy from Eclipse

Restore file before eclipse changes

Remove redundancy in Eclipse

Take into account scroll value

use lower case home.png

Applet frame name

Set frame size each applet

Remove latestVersion if null

Remove latestVersion if null

2.06

Put clip back in

Change font

More features for PCA

Wrap alignment with annotations

New params

Show labels in wrapped view

Draw labels, anti alias

Capture output as details

Right click copy/paste popup

Now an InternalFrame with menus

SetAnnotationVisible - ignore if wrapped

Create Instance of FormatAdapter

Dont calculate conservation for nucleotides

isNucleotide

Create instance of FormatAdapter

Add nucleotide names

Display nucleotides

Break if regex not found

If Mac user hasnt selected file format, give warning

Wrap alignment with annotations

Check if filefilter is null

Jalview

Sequences must be aligned before PCA

Next active Frame losing focus bug fixed

Use gtk icons

GTK icons

Add carriage return after memory settings

Checks end of sequence before drawing text

Format label left align

Optimise copy image

PCAPanel checks viewport selection group

PCAPanel checks viewport selection

PCAPanel just requires viewport

Help gets bounds from help map file

New methods in treePanel

Null pointer if user presses shift before anything else

Align labels format left

Optimise graphics copy object

Use selectionGroup to find chosen sequences

Make sure fontmetrics is not null

Make sure fontmetrics exists for headless state

Dont add ServiceListeners if desktop is null

Alignment of node labels modified

ShowDistances, placeHolders and bootstraps have their own methods

Check image is not null in fast paint

Set distanceMenu selected true

Memory settings added to help

Correct date

Fixed so job submission and job failure errors are reported to user and server exceptions also generate error and log messages.

Copy uses fasta format

2.05b

Add Uracil as X unknown

OptionPane warning for out of memory

remove system.out

Remove key listener

Dont add time to build date

Add main-class to jar files

Use equalsIgnoreCase

Applet has main method, excutable

Logger moved to prefs so that class not found error can be handled in main

Preferences updated

Move bootStrap/distance settings outside thread

Add end of consensus test for wrapped edit

fullSeqId should follow preference value

Make new frame selected

Remove system out tests

Copy and paste uses FASTA format

Call methods in treeCanvas on init

offy changes

OutOfMemory try catch