font chooser added

allows deletion of chars, font chooser added

allows deletion of chars

dont perform blast search at present

add lower case residue props

fixed interface for PID method.

fixed so that alignment percentage ID is used for distance calculation

fixed signing bug (also updated to latest javahelp library)

more precise methods information in help description.

fixed some of the jar/wsdl deployment problems.

removed conservation calculation from calculations.

Tree fits to window by default

getCharwidth directly

Dont set paintFlags

dont set seqPanel paint flag

only set graphics black once at beginning of text

dont color gaps in sequence features

if resIndex > 19 return color.white

Obsolete. Explanation within the conservation colourscheme entry.

added uniquify sequence id assertion.

partial implementation of JNet server prediction.

first stab at a JPredClient.

basic jpred concise prediction reader.

new resources location.

rearranged project structure

making Jemboss client more configurable.

bug fix for unaligned sequence sets and clustal colours (obviated by
'aligned' test).

rearranged project structure

new ant build for Jalview.

add titles

add history for cut and paste

updated help files

images moved

note of user_defined_colours added

image moved

Sets USER_DEFINED_COLOUR as property

images in image folder

Updated help pages

treepanel is now internalframe, has a menu

show sequence features is false by default

tree is printable

treepanel is now internalframe

featuresAdded = false

wrap alignment id drawing bug fixed

Save as jpg added

Fix bug when creating treepanel

abovePIDThreshold added to viewport

no action if supplied colour isnull

catch any pid or conservation related bugs here

add applytoallgroups colouring option

must add all features even if start and end res are beyond sequence length

move sequences up and down

add VK_F key, up down

end of seq adjustments

dont add new seqs to group

watch out for end of seq in findposition

update start and end res when copying

add control a key to select all

bug fixed if featureEnd is beyond end of sequence

watch end of sequence when asking for (start, end)

dont add new sequences to null groups!

change of label text

cut and paste now in main menu

trimmed down

Key listener works!!

Cut and paste implemented

check that we're not off the end of a sequence

check that mouse is over sequence if unaligned

edit sequence name method

remove try catch loop

isAligned method added, check before making tree

isAligned method added

removed

Start the thread

Display tooltip updated

Correct number of ids is drawn

Fixed display bugs when feature is off the screen

Blasts asynchronously

Set property returns key

Looks for missing ids using BlastClient

new class

formatting imports.

Properties bug fixed

New class

Use Cache.getProperty

Settooltip for sequence feature

load properties on startup

Properties added

Now displays sequence features

New class for fetching sequence features

SequenceFeature display added

Modified for wrapAlignement

Remove test image

Modified for wrappingAlignment

Apply to all groups method added

Update PID or conservationSlider if necessary

Bugs in column selection fixed

Conservation and PID colouring methods updated, also remove group added

Conservation and PID colouring methods updated

Secondary panel is hidden for the moment