JAL-3633 Small changes to allow future fitting with ApplicationSingletonI/Jalview-JS, Most NPE fixes for tests

JAL-3275 JAL-3633: JAL-3275 Turned Preferences into a Singleton that checks renews if it's been closed.  Removed some debugging for JAL-3633. Added focus/highlight to proxy password box when needed. Forced WS lookup wheb proxy settings changed.

JAL-3633 Set proxy preferences before web calls in jalview.bin.Jalview. Fixed call to open Preferences->Connections with message when required.

JAL-3633 Memory only proxy auth password storage. Open Preferences->Connection tab when proxy password needed

JAL-3633 Added Proxy Authentication credentials in Preferences and set via java.net.Authenticator

JAL-3633 Added Preferences for Proxy Authentication. No jalview_properties yet

JAL-3633 label.proxy_server -> label.proxy_servers

JAL-3633 Remember system set proxy properties. Add options in Preferences for No proxy, system proxy, or custom proxy servers.

JAL-3633 pass getdown proxy settings in proxy.txt on to Jalview

JAL-3633 ensure check both  or https:// for urls

JAL-3628 Error when saving alert box has been moved in develop for JS, adding Platform.isHeadless test to new isSaveAlignmentSuccessful method.

JAL-3676 More explicit tooltip about resetting log level on Console close. Also clarified code to set initial log level and re-set on close to previously set level.

JAL-3676 Removed BACKUPFILESPRESETENTRY logging for opening the file browser. Changed most BACKUPFILES logging from DEBUG to TRACE level. Minor wording changes.

JAL-3628 Fixed oddly worded and non-formatted error popups when saving fails

JAL-3676 improvement for visual selection of console text - fg color change if required

JAL-3676 code review -- added non-listed Level into dropdown list

JAL-3676 Added Log Level ComboBox and Copy to Clipboard button in Java Console

JAL-3628 Fix for slightly incorrect boolean usage to determine success when rolling backup files

JAL-3628 Even more Cache.log.debug statements

JAL-3628 More Cache.log.debug statements

JAL-3628 Changed other calls to renameTo to use BackupFiles.moveFileToFile

JAL-3628 Changed all file1.renameTo(file2) calls to Files.move(path1,path2,REPLACE_EXISTING) in jalview.io.BackupFiles. This fixes a problem in Windows with renameTo when destination file already exists.

JAL-3609 formatting save after cherry-picks

JAL-3609 Allow pass-through of setHiDPIScale property to tests via (e.g.) gradle test -Ptest_HiDPIScale=2

JAL-3609 Report when scale setting used.

JAL-3609 New auto-scale 'formula' for linux HiDPI.  Tested to work for UHD screen in various OS display settings.

JAL-3609 corrected maxdimension to mindimension. Adjusted tallscreen limit

JAL-3609 removed debugging prints

JAL-3609 changed property names to something more palatable and catered for portrait screens

JAL-3609 system properties to force a scale, or automatically choose based on OS, Screen DPI and Screen height in pixels

JAL-3609 Added a -DforceHiDPISetting=true option mainly for testing, and updated getdown HiDPISetting

JAL-3608 cherry pick of 92cb745e7

JAL-3248 Added mention of version 'TEST' in shadow jar filename in building.md/html since develop branch currently uses this by default.

JAL-3248 Fixed path typos in building.md/html and corrected shadow jar filename

JAL-3760 fix tests for changed behaviour

JAL-3760 refactor nucleotide proportion test to per-sequence and return false if any sequence appears protein-like

Merge branch 'portforward/JAL-3765_patch_to_2112' into develop

JAL-3765 fix test

fix for JAL-3765

JAL-3248 Added step to create the eclipse files before project import. Noted non-fatal NPEs during build with gradle 6.6+

Cherry pick from release, generated new building.html as it's a different process. Also added in a "**/*.md" into build.gradle (wasn't finding anything with "*.md")

Merge branch 'develop' into blocker/JAL-3611_space_character_in_jalview_install_path

JAL-3753 ensure correct dependencies for shadowJar task

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3753_resources_duplicated_in_jalview_jar

JAL-3577 Removed default JALVIEW_VERSION from gradle.properties. Now being set by build.gradle

JAL-3577 Quick fix adding quotation marks for findProperty("JALVIEW_VERSION")==null...

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3753_resources_duplicated_in_jalview_jar

JAL-3477 Added 10k leeway to amount of memory reserved for OS test for float rounding errors (needed to fix failing test)

JAL-3753 Resources seen in tests and appropriate filters now being used as file opt-in rather than opt-out.

Merge branch 'merge_review/JAL-3490_2_11_2_develop' into develop

JAL-3753 put resources in gradle run and test path

JAL-3753 JAL-3754 first rejig

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown jar and version files

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown src files

Merge branch 'feature/JAL-3615gzipXfam' into develop

JAL-3609 HiDPI scale setting done via system prop in getdown or halview.bin.Launcher

JAL-3679 Added externally specified plugins dir to J2sPlugin check

JAL-3746 bump release version for 2.11.2 series (currently on develop)

JAL-3518 removed unneeded override in ChimeraCommands

JAL-3679 Added externally specified plugins dir to J2sPlugin check

JAL-3648 resize annotation panel after dragging to resize graph height

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3680 merged description of individual cursor key actions

JAL-3732 - sequences can be moved up/down in cursor mode via alt-up/down arrow
JAL-3733 TODO - provide an undo for sequence/group up/down moves

JAL-3018 Ensembl reviewed REST version updated to 13.0

JAL-1191 use Cache.log for logging

JAL-1191 reduce logging level for warnings

JAL-3018 updated reviewed REST version to 12.0

JAL-3615 code tidy, improve unit test

JAL-2656 better read of (potential) gzip magic bytes

JAL-2656 Java 8 compatible test for gzipped, refactored for unit test

JAL-3490 don't init the combo box's history cache for JS execution

JAL-3490 merged with 2.11.2 develop

Merge branch 'task/JAL-3597memoryLeakTest' into develop

JAL-3597 Increased heap passmark to <= 45MB and report smallest of failed attempts heap size

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-3608_property_set_laf_and_tests' into develop

JAL-3691 Changed .toUppoerCase().startsWith(...) to .regionMatches(true,...) as upper-cased 'i' in Turkish is not 'I'.

JAL-3477 Improved command line arguments description in memory.html

JAL-3477 Added -help text for jvmmempc and jvmmemmax. Fixed typo and slight rewording in help/memory.html

JAL-3477 added help documentation for executable jar command line arguments -jvmmempc and -jvmmemmax

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-3371 JAL-2983 don't modify 'extent' of slider - this is managed by look and feel

Merge branch 'feature/JAL-3615gzipXfam' into develop

JAL-3615 JAL-2656 missing import after cherrypick

JAL-2656 recognise non-HTTP URI input streams as gzipped by detecting the gzip magic header

JAL-2656 recognise Gzipped file input streams by their content, not their filename

Conflicts:
src/jalview/io/FileParse.java
cherypicked from 2.11.1.1 release patch

JAL-3615 update tests for Rfam/Pfam specific gzip endpoints

JAL-3697 show total number of features not shown

JAL-3696 log the error message from the exception to the console

JAL-3695 htsjdk 2.12 -> 2.23 (library change only, no code change. needs gradle refresh in eclipse)

JAL-3597 slight tidying of code and Javadoc, passmark now heap <= 38MB

JAL-1421 last change tidied up properly

JAL-1421 types added to nameHash and nodeHash maps

JAL-3597 additional references nulled, bug in test corrected

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

JAL-1424 streamlined message checker, corrected applet lookup keys

JAL-1424 slight tidying of reporting

JAL-3311 JAL-3141 JAL-3144 tidying obsolete message bundle entries

JAL-3518 Spanish text for 'write features'