(JAL-893) update to VARNAv3.9-dev version

Merge branch 'Release_2_7_Branch' into develop

(JAL-1016) noted position where race condition occurs

(JAL-1022) ensure all Jmol model filenames are normalised with File().getAbsolutePath() before binding to associated sequences in the structure manager.

(JAL-1022) reverted to original strategy of escaping filenames in Jmol scripts because File.toURI().getPath().substring(1) stripped the leading '/' in OSX/Unixen.

(JAL-1050) ensure all filenames passed in to the load command are updated and their pdb associations added to the Jmol view.

(JAL-1025 JAL-1022) File based equivalence used to match Jmol and jalview paths. Use Jmol style '/' paths for local PDB file strings

(JAL-1049) only store state reference for sequence we are creating PDBentry for

JAL-1025 JAL-1022 use File based equivalence to map between jalview
string pdb handles and Jmol filenames

JAL-715 - remove platform dependent includes

Merge branch 'JAL-1040_jar_manifest_fix' into develop

Merge branch 'JAL-1023_viewall2structsw7' into Release_2_7_Branch

removed empty lines and fields in manifest like:
Name: org/castor/xml

which don't play well with Java 1.6.0_29 javaws when caching is turned off.

(JAL-1023) ensure filename is properly escaped before embedding it in script

remove commented lines

simple escape utility class for JAL-1023 patch

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into develop

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into Release_2_7_Branch

(JAL-368) ensure window never gets a negative Y coordinate when dragged or resised.

Merge branch 'patch_JAL-1004' into develop

Merge branch 'patch_JAL-1004' into Release_2_7_Branch

(JAL-1004) add mouse listener to internal panel

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

todo

JAL-975 - ensure sequences are padded with gaps before submission

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into JAL-976_jabaws2supp

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into JAL-976_jabaws2supp

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into develop

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-986) rendering to imageMap counts as rendering offscreen

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into develop

Conflicts:
.classpath

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-985,JAL-986) documentation and tooltips

(JAL-985,JAL-986) allow different ID margin calculation for on and off screen rendering

(JAL-985,JAL-986) preference widgets for settings

(JAL-985,JAL-986) preferences documentation

(JAL-986) getter for integer user preference properties

(JAL-980) jmol classpath patch

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

fix NPE when no annotation workers present ...

(JAL-974) - remove sun-internal class and use message to determine if we should ignore exception because we're working with a JABAWS annotation client that produces no statistics

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

(JAL-976,JAL-975) disorder client menu items and check type of input sequence for aacons and disorder

(JAL-974,JAL-975) refactor common code for a JABAWS sequence annotation client to base JabawsAlignCalcWorker

(JAL-975) formatting

(JAL-975) ensure AACons is only run on protein sequences. (note - should really fix JAL-536 here)

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into develop

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into Release_2_7_Branch

(JAL-980) patch netbeans and installAnywhere builds

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into develop

Conflicts:
.classpath
examples/appletParameters.html

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into Release_2_7_Branch

(JAL-980) use proper release number for Jmol libs (ahem)

(JAL-980,JAL-982) - applet console only allows console to be popped up in own window

(JAL-980) update binding for refactored Jmol constants and new interface methods

(JAL-980) update Jmol library to 12.2.16452 (built from SVN)

(JAL-976) JABAWSv2 client for InstallAnywhere build

cleanup imports

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

update build notes

(JAL-975) client for amino acid conservation service that allows dynamic recalculation if alignment is changed or service parameters reconfigured

(JAL-974,JAL-975) new handler for JABAWS sequence and alignment annotation services

(JAL-976) refactored common code for JABAWS v2 service clients

tidy imports

(JAL-978) discover JABA1 and JABA2 services and generate GUI elements for each service category

(JAL-978) refactored JABAWS2 service handle class to own package

(JAL-976) upgrade to jabaws-2.0 min-client library

(JAL-812,JAL-811) - generic test for 'calculation involving annotation' in progress and generic way of (re)starting alignment dependent calculations.

(JAL-811) - workers hold references to generated annotation rows

(JAL-812) javadoc and api method to relayout annotation panel after annotation is modified by a third party

(JAL-811) new 'annotation type' field for marking annotation rows generated by alignment calculations

ensure we have valid fontMetrics - (NPE was raised when wrap mode enabled on view in application otherwise)

Merge branch 'updaternasecstr_JAL-889' into develop

(JAL-885) RNA helix and purine pyrimidine colouring styles in applet

JAL-885 - catch race condition when rna structure width is different to alignment annotation width (may be a finesse here)

JAL-969 - refactor initialisation of automatic annotation rows to base class

JAL-885 more efficient calculation and robust for mismatch between WUSS and alignment data

(JAL-885 JAL-580) ignore invalid RNA structure lines

JAL-902 structure conservation row for applet

(JAL-970) interactive editing of RNA helix annotation in applet

(JAL-966) efficiency

(JAL-889) ensure annotation row is revalidated after an edit occurs

(JAL-885,JAL-580) structure consensus should only be calculated for valid RNA structure annotation

(JAL-889) ensure latest version of RNA pairlist is used to generate helical colouring

JAL-580 - display position where wuss parsing error occured

JAL-580 ensure WUSS annotation string is up to date, pair list regenerated if necessary and cope with parse errors

use stack rather than vector and throw parse exceptions

JAL-580 ensure WUSS annotation is reparsed if necessary and cope with parse errors

NPE exception if annotation manually edited

extend API

refactor to use model API

(JAL-963) refactor RNA helix helper class to schemes

Merge branch 'refactor_aligcalcs' into develop

(JAL-969) efficiency

(JAL-969) fix logic bug introduced during refactoring

(JAL-969) removed TODOs

renamed menu entry to avoid field name clash

(JAL-969) todo test re refactoring and possible change in semantics

(JAL-969) refactored alignmentViewport base class to own package and pulled up most base attributes for a jalview alignment viewport

(JAL-961) refactored consensus and rna structure consensus workers from alignViewport(s)

(JAL-961) use simplified notification logic to test if calculation can start