proper copy constructor (not clone)

Applet remembers PDBEntries, can launch multiple structures from popupmenu

Add system.out for Mcview / Jmol detection

Remove system.out

drawSequence must be synchronized

Too many calls to paintAlignment

FeatureRenderer takes alignmentPanel

Check alignment has same sequence

basic support for multi-exon CDS features

Number pad keys can be used in cursor mode

SetTargetColour before dialog.show

Modified to compile applet with Jmol jar present

fixed for display of 'null' group features

fixed base lookup bug in dna pairwise alignment and ensured abiguous and non-standard aa and na codes are preserved in aligned sequences.

Can add features with no group

Adjustment for hidden columns

Use same mouse events as scalePanel

Amend features/annotations in applet

Used several places

If hiddenColumns are null, then column is viisble

featureAdded not in applet

Paste menu item dispalyed on right click. Memory settings visible in this version

Pasted file doesnt have title and not reloadable

call getAllframes on desktop instance

newFEatures flag for seq type

Use newFeatures flag

combobox for overlapping features

paintALignment

flag for dasCoordSysFound added

Throw exception if pdb result size is zero

doco change.

update settings for new groups (always displayed) and new feature types (containing group is checked and type is checked and displayed on top)

bugfix + create/amend whilst feature panel open (still fixing)

typo fix.

Allow for scroll bar height

featuresAdded method introduced for consistency with application for notifying gui when features have been modified/created.

fr==null check.

feature group state and type order preference storage/retrieval.

featuresAdded call for transferred PDB features

featuresAdded() method, state change support between feature setting box and featureRenderer, feature ordering conserved between group selections, new features appear on top of old, and 'optimise' feature ordering button added.

added feature type order preference attribute and visible feature group state element

New seq feature name not added here

getAllFeaturesAtRes replace by findFeaturesAtRes

addElement

destroy destroyed

destroy destroyed

Destroy alignment moved to finalize

Chain might be null

Destroy Alignment when closing frame

Destroy aligment method added

Must allow for scrollbar height

Pick atom highlighted

Updated PDB loading params

Jmol calls user colours

Jalview colour schemes added

Add seq mapping for multiple seq 2 pdbs

Menu changes

fix single sequence features added rendering bug.

PDB residue numberings transfered and alignment view refreshed to update featureRenderer.

grammar.

updates to console

slide is transparent to hidden columns

generalised feature attribute parsing slightly (no embl specs to work from yet)

bugfix for 1.1 conversion.

reenable canceldas after a cancel and subsequence fetch

lastSeq==null to force refresh of sequencefeature array reference

removed Iterator usage.

run and halt buttons must have listeners added

loadingFromArchive flag added

run halt hidden, help moved to menu item for stupid mac users

save structures

Commented out userDefColours for compilation. Class now redundant anyway

Now a JPanel, plus some modifications

Check exploded pos is not the same as current frame

Set gatherViewsHere false when making a new tab

Saves structures

Jalview colours added to Jmol

Saves Jmol status

DAS features mapped to local reference frame

translate aligned cDNA to aligned peptide

retrieve and parse EMBL records to view exons.

convenience method to get visible selected region.

null exception when annotation created with no description.

New method for mapping from common database sources to canonical jalview name. Added EMBL to list of mappings between internal DBRefSources and das coordinate system.

note about selenocystine.

disambiguate jalview.datamodel.Mapping from castor's Mapping object.

initial support for EMBL file parsing.

equals operation used for canonicalisation of DBRefList (rather than explict 'equals' on attributes)

mapping implemented by MapList added to DBRefEntry.

javadoc typo

copy constructor

Uncomment graphics 2d bit

Launch applet jmol

Use paintAlignment

check conservation length

Structure listener

remove p+3 < query.length

No longer use ref to seqcanvas for painting

blank space for chain name if empty

keep record of atomIndeX