type change

description from vamsas sequence and file type change

check on sequence length

getSequenceAsString

getSequenceAsString

remove unnecessary import

type change

org.vamsas is now uk.ac.vamsas

description may be null

set sequence_ref alignment

Watch out for - symbol lin jnet files

Are the labels all secondary Strutures? are the displayChars actually descriptions?

one less cast

fixed introduced bug (doh)

clarified help documentation for annotation file format and tweaked reader code to ensure input commutes with output.

ensure lastSeq is refreshed if new feature added

set labels null if not being used

dont add char[] ref to a string

type change

typo fix.

general pairwise substitution score models for pairwise alignments and trees.

protected ok

Change text of ok if viewport not null

textfield has focus

Set startRes 0 for switch to wrap view

sequence is char []

Sequence is char []

random notes on putting a Groovy interpreter into Jalview.

indexOf replaces contains

char array replaces string for cuts

DasRegistry moved again

sg might be null if mouse released after coloumns removed

Return true or false if file saved

Warning message if file was not saved, repaint ids on multiple views

fix bad grammar in new alignment title

version 2.2

Format changes

jpg replaces gif

replace with jpg

Close strong tag

lower case file

CurrentColour must not be accessed by multiple sequence renderers

EBI web service interface update (and SequenceFetcher bugfix)

CurrentColour must not be accessed by multiple sequence renderers

Dont change ap font from treePanel

Dont change ap font from treePanel

2.2 documentation

Tree title

REmove system.out

border 1

2.2 documentation

2.2 documentation

2.2 documentation

Loads PDB files from jar file, new views can open PDB file

No need to create tmpAnnotationPanel every paint

Translation should not be adjusted outside annotation loop

off by one group consensus calculation

2.2 documentation

Cant save to a URL loaded Jar file

Cant save to a URL loaded Jar file

2.2 documentation

Allow new window from output sequences

2.2 documentation

*** keyword substitution change ***

2.2 documentation

New feature type, new colour set

Some reason final radioButtons added to ButtonGroups are reset fixed

2.2 documentation

2.2 documentation

seqColours null

Fix load 1 col hidden bug

Invert col sel with hidden cols bug fixed

new and corrected docs for 2.2 release

Dont make groups of hidden sequences

If alignment is closed, then undo performed in visible window

If alignment is closed, then undo performed in visible window

If alignment is closed, then undo performed in visible window

Transparency......

If alignment is closed, then undo performed in visible window

defaultConnectTimeout and NO REPONSE message

Settooltips null

Associate PCA with multiple views

REmove component when frame is closed

set icon false if raising windows

Register TreePanel with paintrefresher

TreePanel added to PaintRefresher, not TreeCanvas

Dynamically build tree sort menu when sort menu is selected

sort menuListener

menus renamed

Associate trees with views

Renaming viewNames

View name

frameListener must call close if AlignFrame

applet has multiple views

Seq may be null if hide has occurred

corrected subtree colour dialogbox title

Copy to this implemented

Get alignPanel from treeCanvas

remove unnesccessary lines

Set start seq and end seq correctly