JAL-3510 bump clover version in gradle build dependencies

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3341 debug for failing unit test

Merge branch 'feature/JAL-3121gffAttributeMap' into develop

JAL-3187 one more obsolete method removed

JAL-3394 Removed libjli.dylib symbolic link from embedded macOS JRE, works in 8 and 11. Preparation for non-linked Uninstall.app in DMG

JAL-3394 Variable-ise output folders -- will work better with sub-project/modularised gradle build

JAL=3121 more data format validation/tests, help text tweak

JAL-3130 removed a debug message from build.gradle

JAL-3121 update help page for GFF column 9 nested attributes

JAL-3130 Improved locations of AdoptOpenJDK JRE downloads \(locally and on build server\) and helper script download_jres.sh to update them using AdoptOpenJDK API.

JAL-3121 'attributes map' in GFF3 without special 'jvmap_' token

JAL-3252 Don't add java_location until we've got a working mechanism

JAL-3447 Minor improvement on file association creation

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3474 release notes

Merge branch 'improvement/JAL-3474_lots_of_.cvsignore_files' into develop

JAL-3210 gradle eclipse now uses/inserts utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml into the org.eclipse.jdt.core.prefs

JAL-3477 getdown jars. This commit can be left out if it conflicts.

JAL-3477 updated getdown's jalview.bin.MemorySetting

JAL-3477 Javadoc, addition of -jvmmempc and -jvmmemmax args detection and some small tidying in jalview.bin.Launcher  based on CR-JAL-189, small tidy in jalview.bin.MemorySetting

JAL-3477 getdown jars. This commit can be left out if it conflicts.

JAL-3477 Newer jalview.bin.MemorySetting jalview.bin.GetMemory source files for getdown

JAL-3477 Refactoring based on CR-JAL-189

JAL-3477 getdown jars. This commit can be left out if it conflicts.

JAL-3477 New jalview.bin.MemorySetting jalview.bin.GetMemory source files for getdown

JAL-3477 Javadoc, refactoring and slight changes to memory default decisions based on CR-JAL-189

JAL-3393 Improved background image, SVG file, and added instructions on how the image is made

JAL-3393 Improved background image, SVG file, and added instructions on how the image is made

JAL-3393 Improved background image, and generating SVG file

JAL-3210 Ensure skip transpile errors flag is 'false' when channel is RELEASE or TEST-RELEASE

JAL-3477 Fixed appbase override so it's optional\!

JAL-3477 Added appbase override option at buildtime for testing in general, but specifically on cluster

JAL-3447 minor corrections to cif and mmcif file associations

JAL-3394 catch a null pointer exception, when URI not parsed but not malformed ???

JAL-3210 Added a flag to skip transpile errors, now like in Eclipse IDE. Will want this to be false in production

JAL-3473 Checked value of def and min. Set def to min if lower than min.

JAL-3473 Checked value of def and min. Set def to min if lower than min.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3487 updates to transpiler (redone for JS/Develop branch)

JAL-3210 better diagnostics for net.sf.j2s.core.jar missing/mismatch in Eclipse IDE

JAL-3394 Fixed jalviews?:// scheme for macOS startup

JAL-3394 Added a 'jalview://' and 'jalviews://' parser into getdown, uses fragment for cli args

JAL-3449 correctly catch absence of install4j in getdown - probably for developers only

JAL-3449 don't assume install4j jar in classpath of getdown

JAL-3394 improvements to the file association progress bar

JAL-3394 jalviews scheme added

JAL-3394 file not needed

JAL-3447 Satisfactory file associations. cif, mcif and pdb now not opened by Jalview by default -- but are associated. In Windows and linux installer, are deselected by default. 'jalview://' as a URL scheme now associated in Windows and macOS.

JAL-3447 Change to install4j template version, JAL-3394 removed redundant compiler variable. Fixed help when run in Eclipse and removed redundant helpDir

JAL-2305 moved failing CrossRef tests to Functional_Failing group

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

JAL-3394 Simplified media output from install4j

JAL-3449 More whitespace in installer. Tidying

JAL-3449 Fixed Info.plist file insertion. Simplified install4j conf filename

JAL-3449 Now parsing install4j XML file to edit values.  Should be safer

JAL-3449 Work in progress improving XML replacements by gradle

JAL-3394 disableSigning=true when DEV

JAL-3394 Changed most of the token replacement for adding compiler variables

JAL-3449 Added more versions to getdown splashscreen and fixed Jalview's Java Console installer version reporting

JAL-3420 multiple file extensions for the same mime-type now work in unix installer

JAL-3449 install4j version, install4j template version, getdown version now all being reported in Javliew console

JAL-3477 merging in 3477

JAL-3393 Improved background image for DMG finder window, and associated files for creating it

JAL-3449 adding an installer template version. Really an md5 and a commit hash

JAL-3449 added an install4j compiler var

JAL-3449 JAL-3394 merged on install4j8 template

Merge branch 'improvement/JAL-3393_DMG_Finder_window_improvements' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

Merging in JAL-3393, better Finder window for DMG

JAL-3449 Using .gitignore from Jalview-JS/develop

JAL-3449 Using tidied build.gradle and gradle.properties from Jalview-JS/develop

JAL-3477 A bit of refactoring for the better

JAL-3210 cache getdown config, remove jvmmem options for better defaults

JAL-3210 removing overly complicated logging. Settling for System.out.println and System.err.println for MemorySetting output

JAL-3210 Added in the build*xml files for helper tasks

JAL-3210 use JSUtil methods getFileBytes, getApplet

JAL-3210 removed 'all' core due to problems

JAL-3477 New jvmmemmax config option in getdown and getdown config. Set to 32G cap.

JAL-3477 New sensible default decisions on memory, and new jvmmemmax setting for setting absolute memory level

JAL-3210 slight classpath adjustment for Eclipse

JAL-3210 Clean transfer site dirs after syncing when developing in Eclipse, to prevent unnecessary results in searches.

JAL-3210 oops. forgot to neaten out the buildProperties change in build.gradle. done now

JAL-3210 need this .gitignore addition for the new location of .build_properties

JAL-3210 .build_properties now created in /resources, which is found in Eclipse/buildship classpath. Does not affect jar build

JAL-3210 Auto copy j2s plugin to Eclipse IDE dropins dir. Off by default

JAL-3210 add more memory to javaexec running closure compiler

JAL-3210 task jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin compares installed net.sf.j2s.core with version in eclipse being run

JAL-3210 Possibly fixed eclipse_workspace_location disappearances, again

JAL-3210 Improved dirs in build.gradle. Fixed _all core (added exclusions). Possibly fixed eclipse_workspace_location disappearances

JAL-3210 merge.  j2sclasslist_jmol seems to be removed

JAL-3210 multiple core templates.

JAL-3210 multiple core templates. work in progress

JAL-3210 Test with coreall.z.js

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3274 resource path correction, code tidying (constants etc)

JAL-3210 working in Eclipse improvements

JAL-3210 minor fix

JAL-3210 Better ustEclipse IDE/CLI refinements

JAL-3210 Better use of ext properties, no more globals, auto detect Eclipse IDE

Revert "JAL-3210 merging in Jalview-JS/develop"

This reverts commit 9499aed89323b8f53689d6428ffc9b32250eae6c, reversing
changes made to fb616bbaa70ca0f8bbae7e076f3c403a737205a9.

Still not working right in Eclipse

JAL-3210 Moved local.properties override into ext, now picked up in Eclipse IDE