JAL-3192 new build-all-cores target which iterates through all classlists/.txt files in it in order to build corefiles

Merge branch 'feature/JAL-1244stretchStatusMsg' into merge/JAL-1244

Conflicts:
src/jalview/commands/EditCommand.java

Merge branch 'bug/JAL-3139colocatedFeatures' into develop

JAL-3154 disable reorder columns before adding to viewport

Merge branch 'bug/JAL-3154tableColumnDrag' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3161annotationTooltipRange' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3158selectionBroadcasts' into merge/JAL-3158

Merge branch 'bug/JAL-3164complementOverview' into merge/JAL-3164

Merge branch 'merge/JAL-3140' into develop

JAL-3140 update for change to SequenceI api

Merge branch 'feature/intervalStoreJ' into merge/JAL-3140

JAL-3140 reduced coupling to intervalstore.jar

JAL-3140 confine intervalstore imports to jalview.datamodel.features

Merge branch 'bug/JAL-2420revealAllMenu' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3166npeAllRowsHidden' into develop

Merge branch 'feature/JAL-3169cancelOverwrite' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into merge/JAL-3143

Merge remote-tracking branch 'origin/feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into merge/JAL3141

Merge branch 'feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into develop

JAL-3032 any url parameter not "j2s..." taken as Jalview args

JAL-2527 default Overview 'hide hidden' i.e. WYSIWYG

JAL-2527 default Overview 'hide hidden' i.e. WYSIWYG

JAL-3202 reduced scope of rendering flags

JAL-3202 discard zero percentages in extracted profile

Conflicts:
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

JAL-3201 JAL-2386 don't pre-select 'apply to all groups'

JAL-3201 group colour schemes distinct instances

JAL-3032 Jalview (as JS) parse query params to main arguments

JAL-3032 JalviewJS2 converts url query parameters to 'applet' args

JAL-3200 fast lookup of DSSP3 notation

JAL-3198 don't recalculate group conservation for Id Panel selection

JAL-3198 SequenceGroup 'bulk constructor' without duplicates check

JAL-2915 don't recalculate Overview on scroll to position, ever!

JAL-2738 don't set AF as feature score

JAL-3141 improved message for asking whether to delete files (file modification time and size added to info to help user decide

JAL-3141 Sensible refactoring for confirming deleting 'newer' old backup files

JAL-3141 User warning when deleting old backup files that are newer than the previous backup file

JAL-3141 re-order deletion of old files and check lastModified times with their replacements

JAL-3141 Added warning/confirmation when suffixReverse is changed without changing suffixTemplate or suffixDigits (Bad Things might happen to previous backup files)

JAL-3141 Moved 'Previously saved scheme' combo box preference out to 'Cancel changes' button.  Tidied up the Summary box display.

JAL-3032 default Autosearch to off for JalviewJS

JAL-3140 updated to latest intervalstore.jar

latest transpiler and runtime

JAL-3032  check enough sequences selected on construction

Test (passes!) for dialog message truncation

JAL-3048 JS-compatible confirm dialog on delete all

JSON parsing from a StringInputStream

SequenceFetcher JvCacheableInputBox isJS test

*new transpiler* and runtime.

refactoring for DBMODList

MIG -- explicitly sets Java9 switch to true for SwingJS

explicitly sets MIG platform defaults to WINDOWS_XP

adds protype size to JTextArea hack for nonexistent SwingJS editable
combo box

fixing array processing order

- does point out an issue with hiddenColumns joining adjacent hides
sometimes but not other times.

re-transpiled MIGLayout; JS-adapted AnnotationColumnChooser

Test suite try/catch reverted

unused - could be trashed.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

JAL-3143 update unit test for ID -> id change

fix for org.json.JSONObject writing (both in Java and JavaScript)

removes unnecessary org.xml.sax; these are in SwingJS

JAL-3141 Slight efficiency gain in detecting backupfiles in the File Chooser

Split pane removing title bar for JInternalFrames

fixes org.json.JSONObject for fully qualified method signatures

removes org.json from srcjar

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

JAL-3144 don't change comma to semi-colon if not requested!

woops.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Fix for textarea not updating value ("value", not "innerHTML")

fixes unidentified Java problem

when pasted text has white space trailing or preceding, error was
indicated that "" could not be loaded.

JAL-3056 no export as BioJS in JalviewJS

JAL-3141 Enabled the 'Include backpup files' checkbox for loading alignments from local file

classpath to include test always

JSON writing fix, JColorChooser (mnemonic change) fix

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

test package fix for List<DBRefEntry> DBrefs (untested)

JAL-3141 Found a good fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

JAL-3141 Found a (not ideal) fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblFeatures.java

JAL-3143 format alleles array for feature description

Fetch Sequences...PDB - all tabs working

Could still be a problem with panels being moved to and from being
content panes.

experiment using a register buffer instead of creating thousands of
int[]. Turns out, it's no diffent in Chrome.

timing notes; SwingJS for StringBuilder/Buffer

iterators

time check, iterators

JSON moved to swingjs/json

JSON code moved to swingjs.json.JSON

more iterators out; some time checks

JAL-3032 revert change to tooltip StringBuilder length

JAL-3141 improvement on BackupFilenameParts filename matching

JAL-3141 fixed test

final timing checks for optimization

Platform.timecheck calls removed or commented out.

removing cyclic call

Jalview.isJS() --> Platform.isJS(), DBRefEntry[] --> List<DBRefEntry>

timestamp just before major refactoring in relation to preliminary
contructor/iterator optimization

JAL-3141. This adds quite a lot of code to allow an 'Include backup files' checkbox in the 'Load Project' JalviewFileChooser. However I cannot for the life of me get the file list in the FileChooser to refresh /reliably/ on a mac at least anyway (it does about 1 time in 9git status).