SwingJS update (maybe nothing?)

timing code

JSON refactoring

JavaScript browser-based JSON parsing

Timing code

JAL-3141 Added a '.fa' to filename examples

JAL-3141 Change of label (change of '_' character to ' ')

JAL-3141 Change of label

JAL-3141 Removed border around example filenames in Backups Preferences pane

JAL-3141 New layout and wording of Backups Preferences pane after consultation with SD. Seriously rationalised 'backupfiles...SetEnable' to allow for more complex widget enabling/disabling depending on other widget values. Fixed a buglet or two when there's an unusual selection of options (when suffix has no '%n' or is completely empty).

JAL-3141 Eclipse re-formatting of file

JAL-3018 Ensembl version updated to 9.0

adds File..Load Project file for JS

fixes DnD

JAL-3141 Reformatted code in eclipse

added _j2sclasslist.txt for buildcore.xml and
jalview_bin_JalviewJS_core.html

Menus close properly, toolips restored

minor bug in SeqPanel I introduced some time ago.

JAL-3141 Added Presets options in the Backups Preferences pane, with several presets available and sensible 'Default' option chosen first time.

menu, slider work

JAL-3063 correct handling of absent choice element in DBRef Mapping

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Float.isInfinite, popup menus, slider, spinner redux

JAL-3141 Fixed what happens when suffix template has no '%n' index

JAL-3141 New message translations

Tests for methods of Float

recompiled libs; JSONException fixed, JSlider, JSpinner

JAL-3141 Rejigged the Preferences tab and changed some text

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

minor Platform.isAMac() clean up

removes secondary references "MAC"
changes unnecessary instance creation new Platform().isAMac()

removing indirect references to Platform.isAMac()

comments only

JAL-3141 Fixed tests for new placement of suffix after extension

fixes popup issue involving invocation from mousePressed event.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

JAL-3141 removing diagnostic output

JAL-3141 Fixed example filenames in Preferences pane (no extension in BackupFiles now), and new default template.

JAL-3141 Changed suffix position to after the extension (removed extension detection altogether), and changed initial defaults.

JAL-3141 Re-added some changes in Jalview2XML missed in the merge

menu bug preventing closing - recompiled

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into feature/JAL-3141_Create_a_backup_when_saving_projects_and_other_files
JAL-3063 switched from castor to JAXB - backupFile bits added to jalview.project.Jalview2XML

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3143 'id' not 'ID' attribute drives generation of variant link

menu bug preventing closing

I see the problem with label icons offset. Something I did when I was
doing mnemonics, I think....

canvas line/font/pixel fixes; menu accelerators;

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
.gitignore
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/commands/EditCommand.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java

JAL-3116 clear out whitespace when materialising Sequence object from Uniprot XML

JAL-3141 Remove no longer used exampleLabel

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into develop
JAL-3063 todo: add castor-1.1-cycle.jar back to libraries inorder to ensure VAMSAS functionality remains

Merge branch 'features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767' into develop

removal of AlignmentFrame lines

subimage height error

JAL-1767 test that changing view association for PCA panel can be restored

JAL-1767 refactor associated view logic to public method and synchronise PCAPanel.av/ap with RotateableCanvac.ap/av

JAL-1767 patch buggy PCA view association test

JAL-3141 Forgot this file, sorry!

JAL-3141 Added a 'Save Project as...' File menu item, always asks for filename. Altered 'Save Project' File menu item to automatically save if both 1) projectFile is set (e.g. loaded or previously saved), 2) Backups is enabled

JAL-3141 Made more constants

JAL-3186 remove Variable Colour from popup menu

JAL-3186 remove duplicate message keys

JAL-2069 wider dialog so all fields show!

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-3186 reorder popup menu slightly

JAL-2069 clear any error colour when setting threshold from slider

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

Mnemonics implemented fully for menus; will appear on standard buttons
and the RootPane menubar, but they will not be active, as they are
actually not mnemonics. They are a form of implicit ALT-X accelerators
(which use InputMap). Accelerators are next to implement. Should be
relatively easy.  Not planning to implement mouse-down-and-hold for
mnemonic cycles (multiple mnemonics with the same letter).

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

SwingJS upgrade

(commented out but potentially useful) methods to tap Java release
logging options -- used for tracing events

JS optimization for too aggressive dynamic operation when entering PDB
IDs  (proposal only)

adding (unnecessary, but informative super() call in Desktop

JAL-3141 removed redundant method to tests

JAL-1767 failing test to check if the PCA view association is correctly saved and restored

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 remove stale JAXB binding POJO

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 - ant task for regenerating JAXB schema - could be optimised further

JAL-3032 stub JS tabbed pane removed as not used

JAL-3032 tweak inner/outer class references

JAL-3032 refine 'empty status message' test (JS issue 179)

JAL-3141 language word ending corrections

JAL-3141 Added i18n for the example filenames in Preferences

JAL-3141 forgot to add this file after extracting the class!

#179 status bar; #85 table repaint; #197?; #193 frame nonresizable;

#191 JSON (String.toLowerCase$java_util_Locale missing)

simplification of FeatureSettings inner classes

No need here for additional private inner variables that cover outer
class's versions of the same thing. No need for a pointer to the outer
class, as "me" is already the "this" of the other class.

Added necessary JTable.repaint() to fix the problem that "stopping"
editing was relying upon the invalidation to be maintained throughout
the modal dialog, but JavaScript cannot keep the thread from doing its
repaints. So in JavaScript, while the modal dialog is loading, the
validate sequence from stopping editing fires. Thus, when the editing
dialog closes, it is already validated for the previous value, and we
need to explicitly repaint the table to see the update.

comment added in relation to status bar

JAL-3141 Made one more suggested change from code review

JAL-3141 Made some more suggested changes from code review

JAL-3141 Made some suggested changes from code review

JAL-3180 Disabled 'By Annotation' group colour menu item

preliminary KeyListener, CaretListener

not quite working yet

JAL-3180 fix By Annotation selection state in colour menu

JAL-1889 additional test for clover-added fields

JAL-1889 ignore 'synthetic' fields added for jacoco

JEditorPane <div>....<br><div>