Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

JAL-2374 unit test for (modified) Alignment.findGroup()

JAL-2374 fix popup out by one and multiple groups bugs

JAL-2371 add test for toggling ignore gaps with PID colour scheme

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into
features/JAL-2371collectionColourScheme

Conflicts:
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java

JAL-2373 set state of Above PID, By Conservation in Popup Menu

JAL-2371 tests added

JAL-2371 CollectionColourScheme wraps ColourSchemeI

JAL-2630 first pass groovy colour scheme (with slight refactoring)

JAL-2360 removed UserDefinedColours.userColourSchemes

JAL-2120 JAL-2360 remove obsolete PDBViewer

JAL-2360 fix bug that prematurely created a SequenceGroup

JAL-2360 structure viewers now using ColourMenuHelper, obsolete methods
and fields removed, more methods pulled up

JAL-2360 set new/loaded colour scheme name correctly

JAL-2360 simplified code to create a new colour scheme

JAL-2360 added a table to show score colours

JAL-2360 ColourMenuHelper now builds and selects items in colour menu
for align frame and popup menus

JAL-2360 comment only

JAL-2360 tidy up, simplify isApplicableTo test

JAL-2360 no RNAHelices colouring for groups

JAL-2361 Blosum is enabled for peptide

JAL-1421 add types to Map

JAL-2360 fix incorrect action on Cancel user defined colour for group

JAL-2360 tidy spelling and file contents order only

JAL-2360 Javadoc and test cases for findAnnotation

JAL-2360 testRegisterColourScheme to demonstrate a 'plug-in' scheme

JAL-2360 ColourSchemes holds configured schemes, AlignFrame colour menu
construction and actions done dynamically

JAL-2360 amended toAppletParameter() for reproducible behaviour

JAL-2361 select colour menu item by matching its name to colour scheme
name

JAL-2316 Added database name column to URL links table in preferences

JAL-2356 enhanced unit test to verify reuse (or not) of file from cache

JAL-2346 ensure view updates when annotation options are rebuilt

JAL-2360 report line number when threshold cannot be parsed as a value

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2346annotationChoice

JAL-2360 added UserColourScheme.toAppletParameter+test, hid
parseAppletParameter()

JAL-2360 getColour() renamed to getColourScheme(), handling of "None"
corrected, tests added

JAL-1705 JAL-98 use SortedMap as more accurate type than Map

JAL-2360 refactoring for JalviewColourScheme enum,
ColourSchemeI.getSchemeName(), isApplicableTo()

JAL-1354 use i18n text for expected value

JAL-2316 Changes following review.

JAL-2360 test added

JAL-2360 added check for null annotations array

JAL-1544 JAL-2360 reformatted help page a bit nicer + spelling fix

Merge branch 'patch/JAL-2197_jpredforjnets' into develop
merge was missed for 2.10.1 release!

Merge branch 'develop' into features/JAL-2316

Conflicts (resolved):
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/gui/Preferences.java

JAL-2365 test for lightgray, darkgray not lightGray, darkGray

JAL-2360 code formatting only and if-else changed to switch

JAL-2361 adding items to applet colour menus, TCoffee colour to desktop
popup menu, extracted PopupMenu.buildColourMenu()

JAL-2316 Documentation update

JAL-2361 extract methods to (re-)build colour menu

JAL-2360 simplify nucleotide flag, remove setter

JAL-2361 use consistent colour names on menus

JAL-1544 backgroud -> background

JAL-2316 Added GUI checks for duplicate link ids

JAL-2316 Unit test update to UrlLinkTableModel and associated tidies

JAL-2316 Added jalview.urls.* packages

JAL-2316 Missed change from previous checkin

JAL-2316 More unit testing and adjustments

JAL-2362 return correct lower-case colour; Javadoc; unit test

JAL-2632 corrected lookup of residue colour

JAL-2316 Unit tests

JAL-2316 Unit test updates and associated minor changes and fixes.

JAL-2105 updated for reviewed REST version 4.8

JAL-2316 Unit testing, relax constraint that default url is in menu

JAL-1895 suppress RNA interaction colour option

Merge branch 'develop' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

JAL-2359 add Window menu entry only after all danger of error is passed

JAL-2356 use cached Sifts file if not expired

JAL-2316 Unit test for download client

JAL-2354 handle error response when fetching features

JAL-2344 handle null format, simplify JalviewFileChooser constructor

JAL-2316 Restructure identifiers.org download

JAL-2346 JAL-1553 pull-up / push-down of fields and methods

JAL-2316 Added UrlProvider factories. Tidied up labelling.

JAL-1753 JAL-1596 JAL-1933 ensure AWT updates are on AWT thread

JAL-2316 Adjusted unit tests. Tidied UrlLinkProviderI interface.

Merge branch 'features/JAL-1933_occupancy' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

JAL-1933 show occupancy count as a tooltip

JAL-1933 switch from gap count to occupancy

Merge branch 'features/JAL-1933_occupancy' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

Merge branch 'develop' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

Conflicts:
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

JAL-1933 gap value as description; minor formatting

JAL-2316 GUI to allow to insert tokens into new URL by pressing button

JAL-2346 Javadoc correction

Unit tests added, minor refactoring

JAL-2346 fixed bug (in code not reached by Jalview)

JAL-2316 GUI updates to Connections tab in Preferences dialog

JAL-2346 unit test for annotation drop-down list builder

JAL-2346 unused method removed

JAL-2346 save annotation id instead of label with annotation colouring,
resolve either on load

JAL-2346 restore choice of annotation for colouring faithfully

JAL-1933 update the bounds for the Gap annotation row each time it is computed

JAL-1933 basic hack to get gap counts shown as an annotation row.

Merge branch 'features/JAL-2320_closeChimeraAction' into develop
also tidied up javadoc

Merge branch 'develop' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

JAL-2344 use ".cif" for saved mmCIF file (and refactor fetch as file)

Merge branch 'develop' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

JAL-2329 tests to confirm behaviour of Java extended for loops