JAL-1705 refactored cross-reference fetching (CCDS, Uniprot, PDB)

merge from develop

JAL-1979 refactor out duplicated similar block of code in StructureSelectionManger to a single method

JAL-1705 fetch Uniprot and PDB xrefs for Ensembl protein products

JAL-1705 copy feature settings when opening a split frame for show
product

JAL-1705 more correct title (CDS not cDNA) on split frame

JAL-1705 refine feature copying to including 5' and 3' overlaps

JAL-1705 tests added, minor bugfix and refactoring

Merge branch 'develop' into JAL-1705_trialMerge

Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/analysis/CrossRef.java
src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java
test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

JAL-1551 wrap enum declarations

JAL-1705 merge contiguous ranges when constructing a MapList (e.g. for
exons in cDNA)

JAL-1705 add exon name to features and render on peptide (to show
boundaries)

JAL-1479 fixed off-by-one error in SIFTS mapping output and added the flag 'isGetEntityIdDirectly' to control how an entity to process is determined.

JAL-1705 use GET for single queries; set gene name as description on
transcript

JAL-1705 derive transcript sequences from gene sequence/GFF; handle CDS
phase != 0

develop merge

JAL-1999 JAL-1479 implemented configurable fail-safe mechanism for SIFTS mapping based on a PID threshold. Also added config threshold parameter for auto-computing time-based caching of downloaded SIFTS

JAL-1998 bugfix for division by zero error for PDB entries with chain(s) consisiting of a single residue

JAL-1705 EnsemblGene added, and related refactoring

JAL-1997 database browser support tooltip if available

JAL-1355 get dialog title from message bundle

JAL-1705 copy 'show sequence features' setting in 'show products'

JAL-1705 todo comment re writing DBRefEntry/SequenceFeature to dataset

JAL-1705 compute peptide variants from dna; add "consequence" feature on
CDS

JAL-1479 JAL-1979 bugfix to check entire annotation property of a resDetail object for NOT_OBSERVED rather than just the topmost value. Intially thought the multiplicity was 0..1 rather than 0..* which it turned out to be following the N2NScan test

JAL-1705 transfer features to the dataset sequence if there is one

JAL-1705 reworked Ensembl clients now fetching and mapping features &
peptide

JAL-653 refactor / tidy

JAL-653 JAL-1705 set strand for GFF sequence feature

JAL-1705 removed (only) usage of otherwise unused constant

JAL-653 comments/javadoc tidy only

JAL-1796 parse ensembl genomic coordinates to set start position

JAL-1705 AlignmentUtils method renamed

JAL-1705 ENSEMBL added, unused constants removed

JAL-1705 features transferred to CDS sequence; makeExon renamed makeCds

JAL-1705 redundant comment removed

JAL-1705 suppress jvsuffix (for sequence id matching to work)

JAL-1705 unused import removed

JAL-1705 include dummy sequences in returned alignment

JAL-1479 JAL-1979 updated the modified-aminoacid triplet code dictionary in Jalview using data from SCOP/PDB provided by Fabio

JAL-1705 tidy and todo comment, no functional change

JAL-1705 tests for amended toString

JAL-1705 added isSequenceVariant(), commonly used SO terms as constants

JAL-1705 isFromForwardStrand added; toString (for debug) tweaked

JAL-1705 canonicalise ENSEMBL name; code tidy

JAL-1705 get xrefs only for dna/peptide; code tidy

JAL-1705 toString() added (for debugging)

JAL-1705 isEmpty() and (debug) toString() methods added

merge

JAL-1986 JAL-1996 separated out appletDeploment page from appletParameter page, updated the applet deployment docs, and updated necessary links. Also, having resolved JAL-1994, I've updated the json jars in all applet example pages.

JAL-1995 remove jalviewApplet.jar from tree and added it to .gitignore

merge

merge

JAL-1994 bugfix in build.xml to prevent proguard from obfuscating dynamically accessed classes used in generating json in jalview. Also added some compile-time dependencies

JAL-1919 basic support for importing and viewing mmCIF files - mapping support not yet available

JAL-1191 cache isA (great-)grandparents as well for fast isA testing

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1989 additional ways to 'mirror' show/hide columns in split frame

JAL-1990 added a progress indicator for Structure Chooser interface

merge

JAL-1991 bug fix for some flat-file printers to check for exact modulus in order to avoid outputing an extra redundant header line with empty sequences

JAL-1989 map hidden column ranges

JAL-1989 more unit tests and encapsulation for ColumnSelection

JAL-1544 "more than" not "more that"

JAL-1705 DbSourceProxy properties converted to methods, tidy/format code

merge

JAL-1479 implemented timestamp based caching of SIFTS by providing code which checks if an already downloaded SIFTS file has exceeded a certain threshold upon processing. Also added a method to handle SIFTS entries for cases when an 'entityId' is NOT EQUAL TO 'chainId', this is a heuristic measure achieved using greedy search.

JAL-653 updating 'align as' tests to match latest tweaks to algorithm

Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-1705_ensembl' into
features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-653 typed map for feature colours in method signature

JAL-1191 check for obsolete term when descriptions are duplicated

JAL-1191 unzipped OBO file removed

JAL-1191 zipped SO OBO file added to /resources, more tests added

JAL-1191 more test cases

JAL-1191 and provide the SO OBO file in /resources :-)

JAL-1191 SequenceOntology wrapping/caching SO.OBO via BioJava library

JAL-1191 stub class for a SequenceOntology wrapper

JAL-1551 don't autoformat /* comments */

JAL-1421 parameterised map constructor used

JAL-653 encapsulate Strand, Attributes, Status of SequenceFeature

JAL-653 realise virtual mappings and align when adding sequences

JAL-391 new Calculate options to Reverse, Reverse Complement nucleotide

JAL-653 AlignedCodonFrame collections changed from Set to List

JAL-653 set showSequenceFeatures=true on loading a FeaturesSourceI

JAL-653 GFF new/refactored helper classes

JAL-653 AlignedCodonFrame internal refactor, merge ranges with
MapList.addMapList

JAL-653 hold AlignedCodonFrame collections as list rather than set

JAL-1982 hotfix to prevent NPE with applet launch on Jpred4 site

JAL-653 code tidy / tests for 'realise gff mappings'

JAL-653 handle reverse strand mapping in SearchResults matches

JAL-653 mappings always reside on the dataset alignment if there is one

JAL-653 handle reverse strand mappings also

JAL-1827 code and comment tidy up

JAL-1827 refactored to handle missing residues better

JAL-1827 added overloaded method for convenience

JAL-1827 reverted text on generic sequence fetcher to not refer to PDB

JAL-1421 generics loop syntax; 'bug?' comment added

JAL-653 test for 'resolving GFF mappings to sequences' (wip)

JAL-653 small comment change only

JAL-652 refactored to remove one method