JAL-1805 typo corrected

JAL-1889 wrong clean for buildTest!

JAL-1270 JAL-1889 move the stevesoft test back into stevesoft package. It tests code note required for Jalview.

JAL-1788 typos corrected

JAL-1788 broken href fixed

JAL-1889 remove non-UTF8 characters so we can build on strict-UTF8 platforms

JAL-1774 JAL-1506 revised implementaion for clear highlighted column only when the cut/delete affects the entire sequence and updated the applet version to include a warning if the entire alignment is about to be deleted

merge

JAL-1506 revised implementation to clear only selected columns after a delete operation

JAL-1888 updated documentation for unit testing in jalview

JAL-1888 set verbosity and exclude the 'parallel' attribute so no parallel execution is performed for tests

JAL-1859 reinstated full path to file option (for local server)

JAL-1888 JAL-1551 format XML file (2 spaces, no tabs, align final > in wrapped tags)

JAL-1888 compile tests to separate directory and pass directly as fileset to testNG task

JAL-1888 documentation for testing target

JAL-1888 property to specify which testng groups should run (Functional is default)

JAL-1424 Ant task to report missing language bundle entries

JAL-1774 bugfix for misleading message after trying to delete solid column

merge

JAL-1486 off-by-one error bugfix

Merge branch 'JAL-1612_JAL-1439_JAL-1845_osx_icons_signing_installanywhere' into develop

JAL-1612 JAL-1439 JAL-1845 OSX Installers set Xdock:name=Jalview and Xdock:icon=<install path>/..icn file in launchAnywhere

JAL-1882 variable renamed to avoid confusion with member variable

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1885 small fix to isVersionStringLaterThan plus tests

merge

JAL-1881 Bugfix for annotation import from BioJS

JAL-1684 typo correction

JAL-1859 removed temporary test copy of pdb file

JAL-1859 refactor duplicated code to new HttpUtils class

JAL-1859 code tidy, remove 'absolute URL' option

JAL-1859 working variable to aid inspection in debugger

JAL-1859 try 1gaq.txt in /lang so it is in the built jar

JAL-1859 debug logging removed

JAL-1859 revert to resolving full path to PDB file

JAL-1859 refactor addProtocol, setProtocolState as resolveFileProtocol

JAL-1859 temporary debug output

JAL-1859 use unresolved PDB filename

JAL-1859 strip file name from applet documentbase

JAL-1859 refactoring / debugging added

JAL-1865 fixed so initial state of annotation sort options matches
display

JAL-1851 add retrieved sequence's start (-1) to match offset for start
of trimmed sequence

JAL-1880 updated mapping tests to ensure they handle subsequence offsets

JAL-1270 test added for separatorListToArray

JAL-1880 handle sequence offsets properly when mapping cDNA to protein

JAL-1684 align added alignment to match original in split frame

JAL-1684 align added alignment to match original in split frame

JAL-1684 ensure cDNA placed above protein in SplitFrame

JAL-1884 add the JNLP template to jalview_jnlp_vm.jar

JAL-1645 fix broken link in docs

JAL-1645 reformat help html - 2 spaces indents, no tabs

JAL-1645 licencing for help html

JAL-1645 licencing for doc directory files

JAL-1645 licencing for groovy files

JAL-1645 licencing for new files in test and utils

JAL-1645 licencing for new files in src

JAL-1645 source formatting and organise imports

JAL-1645 source formatting and organise imports

JAL-1684 updated example to just a fragment of the estrogen sequences

JAL-1645 add reference seq docs to index/etc

JAL-1645 formatting and updated release date

JAL-1645 formatting

JAL-736 JAL-1645 brief documentation about physicochemical property conservation tooltips

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

JAL-1645 typo

JAL-1645 JAL-1595 sort by RNA helices docs

JAL-1645 more cross-links and fixing menu entries

JAL-1645 links from whats New page

JAL-1645 yet more documentation tweaks

JAL-1370 correct i18n message for reference sequence entry in popup menu

JAL-1370 detect any type of gap character in reference sequence when showing unconserved residues

JAL-1370 mark Jpred query sequence as reference sequence

JAL-1645 rejig annotation selection dialog box

JAL-1645 rejig biojson/biojsmsa docs

JAL-1645 documentation tweaks

JAL-1645 rejig bioJSON, export and whats new

JAL-1645 relocate developer info about BioJS MSA templates to jalview/doc.

JAL-1645 update 2.9 docs

JAL-1645 JAL-1667 revised PDB sequence fetcher docs

JAL-1645 update TOC for 2.9 what’s new

JAL-1645 update release note link to v2.9

JAL-857 debug=true for Jmol example diagnosis

JAL-857 added debug output to track down document base glitch

JAL-1684 use Muscle protein alignment as guide for cDNA alignment reconstruction.

Merge branch 'release/2_9_documentation' into develop

JAL-1684 clarification of which alignment will be used to guide the reconstruction of the linked alignment

JAL-1684 aligned proteins and citation for for Estrogen cDNA/Protein

JAL-1619 update applet.currentAlignFrame on any menu action (fixes Find
in applet split frame)

JAL-1619 'align protein as cDNA' now leaves unmapped protein unchanged

JAL-1645 formatting tree distance docs

JAL-1483 more explicit description of feature similarity calculation

JAL-1483 description of the sequence feature based tree calculation

house keeping

updated Biojs msa help doc

merge

JAL-1541 doc for biojs msa

JAL-1645 Merge branch 'release/2_9_documentation' into develop

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

JAL-1645 defictionalising release notes

JAL-1645 first stab at R2.9 “What’s new”